Ainsi Napoléon, par cet ensemble de mouvements, retenant en observation devant la Dwina ses troupes de gauche, portant vivement sur le Dniéper une partie de ses troupes de droite, tandis que son centre, après s'être reposé à Nowoi-Troki, s'apprêtait à venir se mettre en ligne, Napoléon donnait aux deux tiers de son armée le temps de se rallier, et en faisait agir un tiers tout au plus pour couper la retraite au prince Bagration. On ne pouvait pas combiner avec une habileté plus profonde les mouvements d'une armée immense, en sachant allier tout à la fois le besoin de repos avec la nécessité de certaines opérations actives. Quant à lui, tandis qu'il entrait avec sa prodigieuse activité dans tous les détails administratifs qui intéressaient ses troupes, il donnait en même temps ses soins à la Pologne, dont il était urgent de s'occuper, car on était chez elle, on semblait être venu pour elle, et, si on voulait rendre la guerre heureuse et sérieuse, on ne pouvait pas se passer d'elle.
Pendant que ses corps marchent, Napoléon organise la Lithuanie, et s'efforce d'établir l'ordre sur les derrières de l'armée. Dans ce moment en effet on s'agitait à Varsovie, et au bruit du passage du Niémen par 400 mille soldats sous le grand homme du siècle, on proclamait la reconstitution de la Pologne, on décrétait la réunion de toutes ses provinces en un seul État, on votait enfin l'une de ces confédérations générales par lesquelles les Polonais avaient jadis défendu leur sol et leur indépendance. Il n'était pas possible de faire autrement ni moins, en présence des événements qui se préparaient. Puisque Napoléon était obligé, en s'avançant jusqu'au sein même de la Russie, d'agiter la grave question de la Pologne, dont il traversait le territoire et dont il allait demander les bras, il eût peut-être bien fait d'en prendre son parti, et d'essayer de la reconstituer complétement. Dans ce cas, il aurait dû, comme nous l'avons déjà indiqué, réunir l'armée polonaise en une seule masse de 70 à 80 mille hommes, en former son aile droite, et la porter, en remontant le Bug, vers la Volhynie et la Podolie. Cette aile droite eût plus fidèlement gardé ses flancs, et aurait eu plus de chances d'insurger la Volhynie que les Autrichiens. Il aurait dû en outre, au lieu de constituer à part le gouvernement de la Lithuanie, le réunir immédiatement au gouvernement général de la Pologne. Il eût ainsi, par cette double unité de l'armée et du gouvernement, rendu à la Pologne le sentiment complet de son existence, et lui aurait peut-être imprimé l'élan national dont il avait besoin pour réussir dans l'accomplissement de ses vastes desseins. Motifs qui le portent à organiser la Lithuanie à part. Mais plein à cet égard des doutes que nous avons déjà exposés, ne voulant pas prendre un engagement trop grand sans savoir si les Polonais l'aideraient suffisamment à le tenir, il hésita, comme dans plusieurs occasions décisives de cette campagne, par un sentiment de prudence qui ne répondait pas à la témérité de son entreprise, et s'appliqua à ne rien faire de trop prononcé, à cause de l'Autriche qu'il craignait de s'aliéner, et de la Russie à laquelle il n'entendait pas déclarer une guerre à mort. Ayant déjà divisé l'armée polonaise en plusieurs détachements, qu'il avait placés partout où il y avait des alliés douteux à contenir, il renonça à réunir la Lithuanie à la Pologne, et lui donna une administration séparée. Il faut ajouter qu'il avait pour agir ainsi une raison administrative des plus puissantes. Il était au milieu de la Lithuanie, et c'est là qu'il allait combattre, peut-être s'établir pour une année ou deux: or, la faire dépendre d'un gouvernement placé à plus de cent lieues, gouvernement agité, disputeur, et inactif dans les premiers moments du moins, c'était renoncer à tirer de cette province les ressources dont il avait besoin, et qu'il était certain d'en obtenir en l'administrant lui-même.
Organisation du gouvernement lithuanien. Napoléon donna donc à la Lithuanie une administration distincte et indépendante. C'était à l'égard de la Russie une menace, mais point encore une déclaration de guerre implacable. Il forma une commission de sept membres, et la composa des seigneurs lithuaniens les plus considérables parmi ceux que la Russie n'avait pu gagner, ou avait négligé de s'attacher. Persistant à relier la Pologne à la Saxe, il nomma auprès de cette commission un représentant qui devait en même temps être gouverneur de la province, et choisit pour ces fonctions le comte Hogendorp, officier hollandais dont il avait fait son aide de camp. Les quatre gouvernements secondaires de Wilna, de Grodno, de Minsk, de Byalistok, entre lesquels se sous-divisait la Lithuanie, furent formés chacun d'une commission de trois membres, et d'un intendant dépendant du gouverneur général. Des agents exécutifs furent établis dans chaque district sous le titre de sous-préfets. Ce gouvernement de la Lithuanie, ainsi organisé, fut chargé de recueillir et de conserver les propriétés publiques, de percevoir les impôts, de lever les troupes, de maintenir l'ordre, de rappeler les habitants, de veiller à ce que la moisson fût faite, de rétablir la sûreté des routes, de créer des magasins et des hôpitaux, de contribuer en un mot à la reconstitution de la Pologne par le plus puissant de tous les moyens, celui qui consistait à seconder activement l'armée française. Ce gouvernement, placé sous l'action directe de Napoléon, était du reste autorisé à adhérer à la grande confédération polonaise, qui venait d'être décrétée à Varsovie.
Création de quelques régiments lithuaniens. Le premier acte du nouveau gouvernement fut d'instituer une force publique. Il vota la création de quatre régiments d'infanterie, et de cinq régiments de cavalerie. Sans doute on aurait pu faire davantage avec la population de la Lithuanie, mais les ressources financières et les officiers manquaient. Ces neuf régiments, formant un total de douze mille hommes, devaient coûter quatre millions au moins de première création. Or on n'avait pas la moindre partie de cette somme. Napoléon, qui, une fois engagé dans une semblable aventure, aurait dû ne ménager aucun moyen, ne consentit à avancer que 400 mille francs. On choisit pour colonels de grands propriétaires, ayant servi autrefois, et attirés par l'appât d'un haut grade. On demanda les officiers de grade inférieur au prince Poniatowski. La population lithuanienne, quoique déjà un peu façonnée au joug de la Russie, comme nous l'avons dit, n'était pas sans zèle pour la cause de son indépendance, mais les seigneurs ne pouvaient se défendre de craindre le retour des Russes, et redoutaient singulièrement les exils et les séquestres. La population des campagnes craignait les pillages et la dévastation. La bourgeoisie des villes, moins les Juifs, était parfaitement disposée, mais peu nombreuse et fort gênée. Tous, pauvres ou riches, avaient été ruinés par le blocus continental et le séjour des troupes russes. Enfin on leur parlait de leur indépendance avec une certaine réserve, dont Napoléon ne voulait pas se départir, et on ne mettait de la véhémence qu'en leur parlant de la nécessité des sacrifices à faire. Ces causes atténuant le zèle sans le détruire, les créations dont on avait à s'occuper, déjà fort difficiles par elles-mêmes, en étaient devenues plus difficiles encore.
Juillet 1812. Institution d'une garde nationale à pied dans la ville, et d'une garde nationale à cheval dans les campagnes. Aux régiments de ligne on ajouta des gardes nationales. On commença par créer celle de Wilna, qui devait être de 1500 hommes. La campagne ayant spécialement besoin d'une milice pour le maintien de l'ordre, on créa des gardes-chasse, espèce de garde nationale à cheval, qui convenait aux mœurs du pays, et aux distances à parcourir. Elle fut portée d'abord à quatre escadrons de 120 hommes chacun, un par gouvernement. La garde à cheval doit servir de guide à des détachements de vieille cavalerie qui sont chargés de rétablir l'ordre dans les campagnes et sur les routes. Ces gardes à cheval devaient servir de guides à des détachements de cavalerie française chargés de poursuivre les pillards, les maraudeurs, les bandits. Cette répression du maraudage avait paru à Napoléon le premier soin à prendre, afin d'empêcher la dissolution de l'armée, et de ramener, en la rassurant, la population dans ses demeures. Il fut donc formé des colonnes de vieille cavalerie, qui, ayant en tête des détachements de gardes-chasse polonais, se mirent à courir la campagne, à secourir les seigneurs assaillis dans leurs châteaux, à ramener les paysans cachés dans les bois, à recueillir les hommes de bonne volonté qui n'étaient qu'égarés, à saisir et à fusiller les pillards. Des commissions militaires suivaient ces colonnes de cavalerie, et le lendemain même de leur institution, c'est-à-dire dans la première semaine de juillet, elles firent juger et fusiller des Allemands, des Italiens, des Français, sur la place publique de Wilna.
Malheureusement le mal était déjà bien grand, et le nombre de 25 ou 30 mille débandés s'accroissait au lieu de diminuer par les marches précipitées de plusieurs des corps de l'armée. Il y avait notamment dans le 1er corps, quelque bien tenu qu'il fût par le maréchal Davout, le 33e léger, régiment hollandais, qui s'était presque débandé en entier, et qui pillait impitoyablement le canton de Lida, l'un des plus fertiles du pays. Les châteaux étaient dévastés, les vivres détruits, ce qui, après le passage des Cosaques, avait achevé la ruine de ce canton. Le sous-préfet de Nowoi-Troki, se rendant à son poste, avait été attaqué en route, et était arrivé sans aucune espèce de bagage à Nowoi-Troki. Des courriers venant de Paris avaient déjà été dévalisés. Heureusement les colonnes à cheval commençaient à mettre les pillards en fuite, à rassurer un peu les seigneurs, à ramener les paysans, mais ne pouvaient rattraper les traînards qui s'enfonçaient dans les bois, ou regagnaient le Niémen pour le repasser. Ceux qui prenaient ce dernier parti étaient, du reste, les moins dangereux pour l'armée.
Grand nombre de cadavres d'hommes et de chevaux infectant les routes. Un autre inconvénient à faire cesser sur les routes, était celui des cadavres d'hommes et de chevaux gisant sans sépulture, et infectant l'air, surtout par l'étouffante chaleur qu'on ressentait depuis quelques jours. En Italie, en Allemagne, pays très-peuplés, dès qu'il y avait des morts par le feu ou par toute autre cause, les habitants, intéressés eux-mêmes à la salubrité de leurs contrées, se hâtaient de les ensevelir. Ordinairement même, l'empressement à les dépouiller portait les paysans à ne pas perdre de temps. Mais ici, avec des villages distants de cinq à six lieues les uns des autres, quelquefois de dix, ce genre de soin était absolument négligé, et indépendamment de quelques jeunes soldats morts de fatigue, de faim ou de saisissement, par suite des mauvais temps, huit mille cadavres de chevaux infectaient l'atmosphère. Les colonnes mobiles chargées de les faire ensevelir. Napoléon ajouta aux devoirs imposés aux colonnes qui parcouraient les routes, celui de faire enterrer les cadavres d'hommes et d'animaux.
Il fit établir, de Kœnigsberg à Wilna, une suite de postes militaires, où devaient se trouver un commandant, un magasin, un petit hôpital, un relais de chevaux, et une patrouille chargée de veiller à la sûreté de la route et à l'enterrement des morts.
En même temps qu'il s'occupait de ces divers objets, Napoléon donna tous ses soins à une affaire devenue la plus urgente de toutes celles qui pouvaient attirer son attention, l'affaire des vivres et des convois. Construction des fours. D'abord, avec les maçons de la garde et ceux du maréchal Davout, il ordonna la construction à Wilna de fours capables de cuire cent mille rations par jour. Les charpentiers manquant pour façonner des cintres, on les prit dans les corps. Les briques, seul genre de matériaux qu'on pût employer dans ce pays où la pierre était rare, ne se trouvaient malheureusement qu'à quelque distance de Wilna. À défaut des chevaux de l'artillerie presque tous épuisés, Napoléon n'hésita point à requérir les chevaux de voiture des états-majors, afin de transporter les briques à pied d'œuvre. Chaque jour il allait lui-même examiner le degré d'avancement de ces travaux.
La construction des fours n'était pas la seule des difficultés à vaincre pour assurer à Wilna la subsistance de l'armée. Les grains, malgré les ravages de l'ennemi, étaient assez abondants. Mais les Russes, n'ayant pas toujours le temps de les détruire, s'attaquaient particulièrement aux moulins. Réparation des moulins. Il fallait donc les réparer, ou requérir ceux qui étaient intacts, pour convertir le grain en farine. Provisoirement, on prit les farines du 1er corps, toujours le mieux approvisionné, sauf à lui en tenir compte plus tard. Quant aux boulangers pour pétrir et cuire le pain, on en avait suffisamment, grâce à ceux dont la garde et le 1er corps s'étaient pourvus.