L'intention des commissaires était très-certainement de frapper les superbes et les grands coupables, les chefs de l'insurrection, et d'épargner les humbles qui s'étaient laissés entraîner par faiblesse ou par erreur. Deux systèmes de tribunaux bien distincts devaient juger à part ces deux catégories d'insurgés.
A Paris, combien fut différente l'impression produite par la prise de Lyon, après une longue et sanglante résistance! «Qui osera réclamer votre indulgence pour cette ville rebelle?» s'écria Barère, parlant le 12 octobre au nom du comité de Salut public. «Elle doit être ensevelie sous ses ruines. Que devez-vous respecter dans votre vengeance? la maison de l'indigent, l'asile de l'humanité, l'édifice consacré à l'instruction publique; la charrue doit passer sur tout le reste. Le nom de Lyon ne doit plus exister.»
Et la Convention, voulant donner un terrible exemple aux villes révoltées, décréta qu'une commission extraordinaire ferait punir militairement et sans délai les contre-révolutionnaires, que la ville serait détruite; qu'on ne laisserait debout que les maisons des pauvres, les habitations des patriotes égorgés ou proscrits, les édifices consacrés à l'industrie, les hôpitaux, les écoles; que la réunion des maisons conservées prendrait désormais le nom de Commune Affranchie; enfin que sur les ruines de la ville rebelle s'élèverait une colonne portant l'inscription suivante: «Lyon fit la guerre à la liberté, Lyon n'est plus.»
Ce décret ne fut jamais appliqué à la lettre. Couthon, l'homme de Robespierre, se contenta d'un simulacre de démolition légale. Infirme, il se fit transporter dans un fauteuil sur la place de Bellecour; là, armé d'un petit marteau d'argent, il donna deux ou trois coups à l'une des maisons de la place, en disant la loi te frappe! La maison resta debout, et ne s'en porta pas plus mal pour avoir été démolie moralement.
La ville de Lyon perdit son nom, il est vrai; mais «Qu'y a-t-il dans un nom?» dit le grand poëte Shakspeare.
Il faut ajouter que beaucoup de Conventionnels, parmi ceux-mêmes qui avaient voté le décret, encourageaient Couthon à persévérer dans cette voie d'indulgence et de sagesse. «Sauvez Lyon à la République, lui écrivait Hérault de Séchelles; arrachez ce malheureux peuple à son égarement; punissez, écrasez les monstres qui l'asservissent, vous aurez bien mérité de la patrie. Ce nouveau service sera un grand titre de plus dans votre carrière politique.»
Non content d'épargner la population ouvrière de Lyon, Couthon cherchait à l'éclairer. «Je vis, écrivait-il à Saint-Just, dans un pays qui avait besoin d'être entièrement régénéré; le peuple y avait été tenu si étroitement enchaîné par les riches, qu'il ne se doutait pour ainsi dire pas de la Révolution. Il a fallu remonter avec lui jusqu'à l'alphabet, et quand il a su que la déclaration des droits existait, et qu'elle n'était pas une chimère, il est devenu tout autre.»
Cette modération déconcerta les enragés, les hébertistes, les vengeurs de Chalier; ils s'indignèrent et crièrent au scandale. Couthon n'en persévéra pas moins dans sa politique de clémence. Sauveur de Lyon, il revint à Paris.
A peine s'était-il éloigné, que l'incendie mal éteint, se ranima. Le Comité de salut public eut alors la malheureuse idée d'envoyer à Lyon Collot d'Herbois et Fouché, le futur duc d'Otrante. Qui oserait défendre les atrocités commises par ces deux hommes, leur règne odieux, leurs fureurs de tigres? Collot essaya pourtant de se justifier après le 9 thermidor. «Lorsqu'il arriva à Lyon, dit-il, la première chose qu'il apprit, c'est qu'à Montbrison on pendait les patriotes à leurs fenêtres. On brûlait les soldats dans les hôpitaux. Eux aussi, les aristocrates, poussaient le cri sauvage: A la lanterne. Précy, le général de la contre-révolution, faisait fusiller des femmes pendant qu'il était à table. On tuait à coup de pistolets les républicains dans les rues, on citait les noms d'officiers municipaux qu'on avait enfermés dans les caves et laissés mourir de faim. La populace réactionnaire avait écrasé, sous une meule de moulin, des soldats de l'Ardèche, et dansé tout autour une carmagnole royaliste.»
Debout sur un pareil volcan, il avait été pris de vertige, la tête lui avait tourné; il était devenu fou furieux.