L'empereur admit pareillement la réforme de Bâle. Les Pères en conçurent une telle audace qu'ils citèrent le pape Eugène à leur tribunal et, sur son refus d'y paraître, le déposèrent comme désobéissant, opiniâtre, rebelle, violateur des canons, perturbateur de l'unité ecclésiastique, scandaleux, simoniaque, parjure, incorrigible, schismatique, hérétique endurci, dissipateur des biens de l'Église, pernicieux et damnable[1059]. Ainsi s'exprimèrent à l'endroit du Saint-Père, entre autres docteurs, maître Jean Beaupère, maître Thomas de Courcelles et maître Nicolas Loiseleur, qui avaient tous trois si durement reproché à Jeanne de ne se point vouloir soumettre au pape[1060]. Maître Nicolas, qui s'était tant démené au procès de la Pucelle, faisant tour à tour le prisonnier lorrain et madame sainte Catherine, et qui, lorsqu'elle fut conduite au bûcher, courut après elle comme un fou[1061], maître Nicolas s'agita beaucoup aussi dans le synode et s'y donna une certaine importance. Il y soutint l'opinion que le Concile général, canoniquement assemblé, était au-dessus du pape et pouvait le déposer; et, bien que ce chanoine fût seulement maître ès arts, il parut assez habile aux Pères de Bâle pour qu'ils l'envoyassent, en 1439, comme jurisconsulte à la diète de Mayence. Pendant ce temps, son attitude désolait le chapitre qui l'avait député au synode. Les chanoines de Rouen prenaient le parti du Souverain Pontife contre les Pères et, sur ce point, se séparaient de l'Université de Paris. Désavouant leur mandataire, ils lui signifièrent sa révocation le 28 juillet 1438[1062].
Maître Thomas de Courcelles, l'un de ceux qui déclarèrent le pape désobéissant, opiniâtre, rebelle et le reste, fut nommé commissaire pour l'élection d'un nouveau pape, et, comme Loiseleur, délégué à la diète de Mayence. Mais il ne fut pas, comme Loiseleur, désavoué par ses commettants, car il était député de l'Université de Paris qui reconnaissait le pape du Concile, Félix, pour le vrai père des fidèles[1063]. Dans l'assemblée du clergé de France, tenue à Bourges, au mois d'août 1440, maître Thomas prit la parole au nom des Pères de Bâle; il parla pendant deux heures, à l'entière satisfaction du roi[1064]. Charles VII, tout en demeurant dans l'obéissance du pape Eugène, maintenait la pragmatique. Maître Thomas de Courcelles était désormais une des colonnes de l'Église de France.
Pendant ce temps, le gouvernement anglais se déclarait pour le pape contre le Concile[1065]. Monseigneur Pierre Cauchon, devenu évêque de Lisieux, était l'ambassadeur du roi Henri VI au synode; il lui advint à Bâle une mésaventure assez déplaisante. À raison de sa translation au siège de Lisieux, il devait à la cour de Rome, à titre d'annates, une somme de 400 florins d'or. Le trésorier général du pape en Germanie lui signifia que, pour avoir manqué à payer cette somme à la Chambre apostolique, bien que de longs délais lui eussent été accordés, il avait encouru l'excommunication; que, de plus, pour s'être permis, quoique excommunié, de célébrer l'office divin, il avait encouru l'irrégularité[1066]. Il en dut éprouver une contrariété assez vive; mais ces sortes d'affaires, en somme, étaient fréquentes et sans grande conséquence; de telles foudres tombaient dru sur les gens d'Église sans leur faire grand mal.
À partir de 1444, le royaume de France, débarrassé de ses ennemis et de ses défenseurs, laboura, travailla à tous les métiers, fit le négoce et s'enrichit. Le gouvernement du roi Charles conquit vraiment la Normandie dans l'intervalle des guerres et durant les trêves, en faisant avec elle le commerce des marchandises et l'échange des denrées; il la gagna, peut-on dire, en abolissant les péages et les droits sur les rivières de Seine, d'Oise et de Loire; il n'eut plus ensuite qu'à la prendre. Ce fut si facile que, dans cette rapide campagne de 1449[1067], le connétable lui-même ne fut pas battu, ni le duc d'Alençon. Charles VII reprit sa ville de Rouen à sa manière royale et douce, comme vingt ans auparavant il avait pris Troyes et Reims, par entente avec ceux du dedans, moyennant amnistie et octroi de franchises et privilèges aux bourgeois. Il y fit son entrée le lundi 10 novembre 1449. Le gouvernement français se sentit même assez fort pour reprendre l'Aquitaine, si profondément anglaise. En 1451, monseigneur le Bâtard, maintenant comte de Dunois, s'empara de la forteresse de Blaye; Bordeaux et Bayonne se rendirent la même année. Voici comme le seigneur évêque du Mans célébra ces conquêtes, dignes de la majesté du roi très chrétien:
«Le Maine, la Normandie, l'Aquitaine, ces belles provinces, sont rentrées sous l'obéissance du roi, presque sans effusion de sang français, sans qu'il ait été nécessaire de renverser les remparts de tant de villes si bien murées, sans qu'on ait eu à démolir leurs forts, sans que les habitants aient eu à souffrir ni pillages ni meurtres[1068].»
En effet, la Normandie et le Maine se revoyaient françaises avec un plein contentement. La ville de Bordeaux, seule, regrettait les Anglais dont le départ la ruinait. Elle se révolta en 1452; on eut quelque peine à la reprendre, mais ce fut pour la garder toujours.
Dès lors, riche et victorieux, le roi Charles voulut effacer la tache imprimée à son honneur royal par la sentence de 1431. Soucieux de prouver au monde entier qu'il n'avait pas été mené à son sacre par une sorcière, il s'efforça d'obtenir que le procès de la Pucelle fût cassé. C'était un procès d'Église et le pape seul pouvait en ordonner la revision. Le roi pensait l'y amener, bien qu'il sût que ce ne serait pas facile. Il fit procéder, au mois de mars 1450, à une information préalable[1069]; et l'affaire en resta là jusqu'à la venue en France du cardinal d'Estouteville, légat du Saint-Siège. Le pape Nicolas l'avait envoyé pour négocier, auprès du roi de France, la paix avec l'Angleterre et la croisade contre les Turcs. Le cardinal d'Estouteville, issu d'une famille normande, put plus facilement qu'un autre découvrir le fort et le faible du procès de Jeanne. Pour se concilier les bonnes grâces du roi Charles, il ouvrit comme légat une nouvelle information à Rouen, avec l'assistance de Jean Bréhal, de l'ordre des frères prêcheurs, inquisiteur de la foi au royaume de France. Mais l'intervention du légat ne fut point approuvée par le pape[1070]; durant trois ans, la revision demeura suspendue. Nicolas V ne consentait pas à laisser croire que le sacré tribunal de la très sainte Inquisition fût faillible et pût avoir, ne fût-ce qu'une fois, rendu une sentence injuste. On avait à Rome une raison plus forte encore de ne point toucher au procès de 1431: les Français demandaient la revision; les Anglais s'y opposaient, et le pape ne voulait pas fâcher les Anglais qui étaient alors aussi catholiques et plus catholiques même que les Français[1071].
Pour tirer le pape d'embarras et le mettre à l'aise, le gouvernement de Charles VII trouva un biais. Le roi ne parut plus dans l'affaire; il céda la place à la famille de la Pucelle. La mère de Jeanne, Isabelle Romée de Vouthon, qui vivait retirée à Orléans[1072], et ses deux fils, Pierre et Jean du Lys, demandèrent la revision[1073]. Par cet artifice de procédure, l'affaire cessait d'être politique et ne concernait plus que des particuliers. Sur ces entrefaites, Nicolas V vint à mourir (24 mars 1455). Son successeur, Calixte III Borgia, vieillard de soixante-dix-huit ans, par un rescrit en date du 11 juin 1455, donna l'autorisation d'instruire la cause. À cet effet, il désigna Jean Jouvenel des Ursins, archevêque de Reims, Guillaume Chartier, évêque de Paris, et Richard Olivier, évêque de Coutances, qui devaient agir concurremment avec le Grand Inquisiteur de France[1074].
Il fut bien convenu, tout d'abord, qu'il ne s'agissait point de mettre en cause tous ceux qui avaient eu part au procès, «car ils avaient été trompés». On admit spécialement que la fille des rois, la mère des études, l'Université de Paris, avait été induite en erreur par la rédaction frauduleuse des douze articles; on s'accorda pour tout rejeter sur l'évêque de Beauvais et sur le promoteur Guillaume d'Estivet, tous deux décédés. La précaution était utile, car, si l'on n'y avait pris garde, on aurait terriblement embarrassé certains docteurs puissants auprès du roi et chers à l'Église de France.
Le 7 novembre 1455, Isabelle Romée et ses deux fils, suivis d'un long cortège d'honorables hommes ecclésiastiques et séculiers et de prudes femmes, vinrent en l'église Notre-Dame de Paris demander justice aux prélats, commissaires du pape[1075].