Mais en faisant la part des exagérations contenues dans le parallèle de Fea pour soutenir sa thèse, on est forcé de reconnaître que, sous beaucoup de rapports, Jules II à tout autant fait pour les lettres et les arts que son successeur.
Nonobstant les chances diverses des guerres qu'il eut à soutenir presque constamment pendant les dix années de son pontificat, Jules ne cessa pas d'attirer à Rome et de protéger les artistes et les savants.
Parmi les premiers, il sut distinguer et honorer d'une protection toute particulière Bramante, Michel-Ange et Raphaël; ce qui suffirait seul pour sa gloire.
Dès l'époque où il était cardinal sous le titre de Saint-Pierre-aux-Liens, il avait fait élever, de concert avec le cardinal Raphaël Riario de Saint-Georges, et sous la direction de Bramante, l'imposant palais de la grande chancellerie et l'église annexée de Saint-Laurent in Damaso.
Devenu pape, il ouvrit la longue et belle rue Julia, qu'il voulait faire aboutir à l'ancien pont triomphal, dont il avait résolu la reconstruction. Il fit ouvrir aussi la rue de'Banchi, et y fit élever la Monnaie où furent frappés, en 1508, les Jules, premières pièces qui aient porté l'effigie d'un pape.
On lui doit la magnifique cour du Vatican, dite il Cortile di Bramante, et la jonction du Vatican au Belvédère, cause première de la nouvelle bibliothèque érigée par Sixte-Quint, du nouveau musée, et des autres magniques galeries, salles et dépendances qui existent aujourd'hui. Il fit creuser le conduit souterrain qui, de Saint-Antoine, dans une étendue d'environ deux milles et à la profondeur de plus de cinquante palmes romaines[82], apporte l'eau dans le jardin du Vatican, ensuite au Belvédère et à la cour de Saint-Damas. Enfin il restaura une grande quantité d'églises, de monastères et d'autres édifices publics, parmi lesquels nous citerons seulement les églises de Saint-Pierre-aux-Liens, où il voulut placer son tombeau, monument du génie de Michel-Ange; des Saints-Apôtres, de Sainte-Agnès hors les murs et de Notre-Dame de Lorette; la forteresse de Civita-Vecchia, réparée en 1508 sur les dessins du Buonarotti; celle d'Ostie, qu'il avait fait reconstruire par Giuliano Giamberti, dit San-Gallo, lorsqu'il n'était que cardinal[83].
Tous ces travaux, tous ces embellissements avaient été exécutés par Jules II dans l'espace de moins de dix années; aussi Thomas Inghirami, en prononçant son oraison funèbre devant le sacré collège, put-il dire avec l'assentiment de l'auguste assemblée: «Cette ville, de fangeuse, sale et humble qu'elle était, il l'a rendue brillante, magnifique, superbe et digne entièrement du nom romain; de telle sorte que si l'on pouvait enfermer dans une seule enceinte tous les édifices élevés depuis quarante ans dans cette ville par les Liguriens originaires de Savone (Sixte IV, le cardinal Riario et Jules II), ce serait là seulement qu'on trouverait la véritable ville de Rome: le reste, sans vouloir en dire du mal, pourrait passer pour un amas de cabanes et de misérables échoppes.»
C'est grâce à la protection de Jules II, que Raphaël, présenté au pontife par son oncle Bramante, put donner l'essor à son génie, en commençant les fresques des Stanze du Vatican. Depuis 1508, époque où il vint se fixer à Rome, jusqu'au mois de février 1513, date de la mort du pontife, le Sanzio travailla presque continuellement à ces fresques avec une ardeur sans égale, et avec un progrès marqué dans chaque oeuvre. Pendant ces cinq années, il exécuta la Dispute du Saint-Sacrement, l'École d'Athènes, la Jurisprudence, le Parnasse, l'Héliodore et la Messe de Bolsène; compositions qui suffiraient à elles seules pour remplir la carrière de plusieurs peintres de nos jours.
Michel-Ange ne fut pas moins occupé par Jules II: il travailla d'abord à son tombeau, dont l'admirable statue de Moïse ne devait former que la moindre partie. Plus tard, il peignit la voûte de la chapelle Sixtine, qui fut découverte et livrée aux regards du public le 1er novembre 1512[84]. Il est donc vrai de dire que Léon X n'eut qu'à continuer, aux deux grands maîtres de l'art, la protection que leur accordait son illustre prédécesseur.
Jules II fut le véritable fondateur du musée du Vatican; car c'est à lui qu'on doit la réunion des premières statues antiques qui furent découvertes et placées, sous son pontificat, dans la cour du Belvédère. Le pontife encourageait la recherche de ces antiques, et les achetait, en récompensant généreusement ceux qui les avaient découvertes. Le groupe du Laocoon en est un célèbre exemple.