Mais les opinions qui y furent si ardemment défendues ayant produit un certain ébranlement dans l’Eglise, le pape, par son encyclique du 15 août 1832, fulminait contre les principes de 1789, que le Concordat approuvait; et, fait étrange, la séparation y était condamnée, comme attentatoire à la puissance spirituelle.

Les amis de Lamennais poursuivirent la lutte dans un sens qui ne pouvait que plaire à Rome. Ils ne parlèrent plus de séparation, mais réclamèrent la liberté d’enseignement et la liberté d’association.

La monarchie de Louis-Philippe s’inféodant de jour en jour au clergé, on ne voit pas ce qui pouvait empêcher le Gouvernement de céder aux instances de l’Eglise. Le budget des cultes atteignait la somme de 34.491.000 francs en 1840; et il augmentait, chaque année, selon une proportion constante. Grâce à un nombre considérable de sociétés religieuses militantes, les associations s’emparaient de tout le territoire français. Les couvents et fabriques ouvraient leurs caisses aux dons et aux legs; la «mainmorte», devenait formidable. Les congrégations non autorisées violaient la loi, sûres de l’impunité et essaimaient leurs établissements en tous les départements, en toutes les régions. On disait que les jésuites sortaient «de dessous terre»; et, dès qu’ils apparaissaient en quelque endroit, c’étaient des acclamations enthousiastes. Les doctrines des disciples d’Ignace de Loyola formaient la substance de l’enseignement donné dans les écoles religieuses. Une «Association catholique», composée d’éléments divers, se posait comme l’état-major de cette guerre à outrance contre la société civile; elle encourageait les combattants et leur indiquait les tactiques pour démolir les institutions laïques et faire triompher Rome.

La mission des soldats du Christ était aisée, le Gouvernement lui-même ouvrant les portes aux ennemis de l’Etat.

Dès lors, grassement renté, officiellement protégé, libre de s’enrichir, le clergé eût été bien stupide s’il ne s’était plaint que la monarchie ne lui accordait pas les faveurs, les avantages auxquels il déclarait avoir droit. Selon ses dires, l’autorité laïque n’avait pas à lui mesurer ses libéralités ou, plutôt, la restitution des pouvoirs spirituel et temporel dont la Révolution l’avait frustré.

Louis-Philippe pensait sans doute comme le clergé. Et quand l’archevêque de Paris vint lui dire que l’Eglise réclamait la liberté de l’enseignement, s’il n’avait tenu qu’à lui de la décréter, il n’aurait pas su refuser à l’Eglise un régime sous lequel elle comptait écraser les dernières libertés.

Mais elle ne doutait pas du succès. Guizot, en 1836, lui avait donné des preuves certaines de son dévouement en autorisant la création d’établissements libres. En 1843, ses dispositions d’esprit ne paraissaient pas moins favorables; il se devait d’élaborer une loi enfin efficace, démolissant les derniers remparts du monopole universitaire.

En effet, le principe de la liberté de l’enseignement fut consacré par la loi; mais le ministre Villemain, peu favorable aux jésuites, l’ayant présentée, le parti clérical ne voulut pas considérer la force qu’il en retirait. La surveillance et l’inspection de l’Etat étaient à ses yeux des survivances d’une époque impie, et l’article qui obligeait les directeurs à déclarer qu’ils n’appartenaient à aucune congrégation non autorisée était condamnable au premier chef par les lois de l’Eglise. Il disait que la liberté d’ouvrir des institutions, presque sous conditions, n’avait rien de loyal. Et Villemain se voyait voué aux gémonies, alors qu’il s’était efforcé de plaire à Montalembert et de mécontenter les Troplong, les Dupin, qui proclamaient les droits de l’Etat sur l’éducation publique.

De nouveau, l’Eglise fit entendre un branle-bas de combat. Elle réédita ses accusations contre l’Etat, qui, dans ses écoles, encourageait le parricide, l’homicide, l’inceste, l’adultère, l’infanticide, etc... Le Gouvernement subissait les pires affronts, souffrait les menaces. Il n’était plus possible de faire face au débordement des passions cléricales. C’est alors que l’on remarqua au Palais-Bourbon, parmi les partis de gauche, un courant d’opinion en faveur d’une rupture entière avec l’Eglise. Déjà, en 1843, Lamartine, à la tribune, avait avoué qu’il ne connaissait qu’un moyen à l’Etat pour résister aux assauts des factions cléricales: la séparation. Quand, un an après, la loi de Villemain fut mise en discussion, cette opinion, bien que prévalant chez les républicains, n’osa s’affirmer avec force et conviction.

Le 24 mai 1854, à la suite de débats passionnés, la loi sur l’enseignement secondaire, amendée dans un sens nettement clérical, fut adoptée par la Chambre des Pairs. La surveillance et l’inspection n’appartenaient plus à l’Etat, mais à un Conseil de l’enseignement. C’était dire que l’Université n’avait plus la confiance du pays.