Puis, quelque temps après, Pie IX ayant réprimandé les ecclésiastiques fidèles à l’empereur, Napoléon, las de cette ingérence continue de Rome dans ses affaires, se rapprocha de l’Italie unifiée, en ordonnant le rappel du corps d’occupation.
Cependant, comme il apparaissait de bonne politique de ménager les ultramontains, il déclara respecter la souveraineté temporelle du Saint-Siège.
Mais il n’est nulles transactions qui puissent tempérer l’ardeur du clergé militant; l’œuvre laïque de Duruy était maintenant le point de mire des attaques de l’Eglise. Que prétendait-il inaugurer? La soumission des congrégations enseignantes au droit commun. Rome encourageait ses fidèles de France de ses prédications théocratiques. Pie IX, au mois de juin 1867, exaltait le Syllabus devant quatre cent cinquante évêques et projetait, ce même jour, la réunion d’un concile œcuménique pour décider que la politique nouvelle du Saint-Siège sera enseignée comme un dogme et que l’infaillibilité pontificale deviendra un acte de foi. Il rêvait d’une monarchie papale et tenait à s’assurer le concours des évêques dans les luttes futures; ceux-ci, après la destruction de l’Eglise monarchique, n’avaient plus que le pape comme objet de sincère attachement. Contre les révolutions politiques et sociales, qui pouvaient de nouveau survenir, ils estimaient que l’Eglise trouverait la force de résister aux assauts de ses adversaires dans la fusion intime des pouvoirs ecclésiastiques, dans l’absolutisme de ses doctrines et de ses commandements. Ce coup d’Etat religieux jugé nécessaire, un concile œcuménique fut convoqué pour le 8 décembre 1869.
Dans sa bulle d’induction de 1868, le pape indiquait que le but du concile était de fortifier la discipline ecclésiastique; d’examiner et de déterminer ce qu’il convient de faire «en ces temps si calamiteux» pour proscrire les «sectes impies» et «redresser les erreurs qui bouleversent la société civile.»
De nouveau, le gouvernement impérial allait être anathémisé par le prochain concile; ce n’était point douteux. Et pourtant, il avait sacrifié à cette Rome intolérante la précieuse amitié de la jeune Italie, vaincue à Mentana par l’armée même de Napoléon. Contre ce pouvoir exorbitant du Saint-Siège, qu’il avait à la fois louangé et blâmé, critiqué et protégé, il ne lui était plus possible de conclure une alliance pour la suprême sauvegarde du droit moderne.
Les intentions de l’Eglise ne pouvaient cependant faire allusion aux gouvernements des puissances dites catholiques. Pour lutter contre «l’esprit du siècle», contre le «mal», il n’était à ses yeux qu’un procédé: ériger en lois positives, en dogmes, le contenu et de l’Encyclique et du Syllabus, affirmer les droits inébranlables du Siège apostolique.
Du reste, la bulle de convocation, le 29 juin 1868, fut commentée dans la basilique de Saint-Pierre en des termes tels que les fidèles et les dirigeants des nations purent avoir un avant-goût de ce que seraient les prochains débats du concile. Le concile, disait le doyen des pronotaires apostoliques, devra «réprimer tout vice et repousser toute erreur, afin que notre auguste religion et sa doctrine salutaire reprennent partout une vigueur nouvelle, qu’elles se propagent de jour en jour, qu’elles reconquièrent leur légitime empire».
Les convocations furent faites aux cardinaux, aux archevêques, aux évêques, aux abbés, selon les traditions des précédents conciles. Seulement, pour la première fois, les «princes laïques» ne reçurent aucune invitation. N’étaient-ce pas eux cependant qui, autrefois, convoquaient les conciles, les imposaient aux papes? Benoît XIV remarquait même que la présence des princes ou celle de leurs ambassadeurs relevait l’éclat des conciles.
La bulle de Pie IX ne faisait que s’adresser indirectement à ces «princes laïques» en un langage quelque peu dédaigneux: «Nous voulons croire, disait-elle, que les souverains et les chefs des peuples, particulièrement les princes laïques, reconnaissent de plus en plus avec quelle abondance tous les biens découlent de l’Eglise sur la société humaine...»
Mais n’était-ce pas consacrer, par une situation de fait, la rupture politique entre les Etats modernes et l’Eglise, que de ne point inviter les princes laïques à assister aux travaux du concile? Par la publication de l’Encyclique et du Syllabus, Pie IX s’était inscrit en faux contre l’esprit même du Concordat de 1801: la reconnaissance par la papauté de la Révolution de 1789 et de toutes les réformes juridiques, politiques et sociales qui en découlaient, sécularisation de l’Etat, expropriation des biens du clergé, abolition des corporations religieuses, etc. Ne point consulter le pouvoir civil, c’était donc confirmer ouvertement la dénonciation du Concordat par Rome elle-même.