L’action cléricale se manifesta, à cette occasion, sous différentes formes. L’agitation gagna la rue. La Bretagne fut en proie aux excitations cléricales les plus violentes. Des officiers en service commandé refusèrent de procéder aux expulsions. Enfin, le 15 octobre, se produisit la manifestation traditionnelle de l’épiscopat ultramontain. Une pétition fut adressée par soixante-douze archevêques et évêques aux membres du Parlement pour les prier de se montrer favorables aux demandes d’autorisation formulées par certaines congrégations religieuses. C’était une nouvelle et flagrante violation du Concordat. Le Conseil des Ministres déféra comme d’abus au Conseil d’Etat cette pétition des membres de l’épiscopat. Puis le traitement de M. Perraud fut supprimé. L’année suivante, en avril et mai 1903, des moines furent accueillis dans les églises concordataires. Il y eut, à ce propos, des bagarres, notamment dans les églises d’Aubervilliers et de Belleville.
Le 19 mai, M. Combes dut répondre à une interpellation sur «la légalité des circulaires par lesquelles était interdite la prédication dans les églises aux moines sécularisés.» Dans sa réponse à M. Gayraud, le Président du Conseil se demande si «le Concordat et les articles organiques, qui en sont le développement prévu et voulu, ne créent les obligations qu’à l’Etat, ou si leurs prescriptions s’imposent également au pouvoir ecclésiastique.»
«Tout le monde sait, ajoutait M. Combes, que l’Etat n’a à sa disposition que des armes insuffisantes pour garantir ses droits et les faire triompher.
«L’appel comme d’abus fait sourire, et, lorsqu’il est réclamé par le Ministre des Cultes pour l’honneur des principes, il lui attire le plus souvent, de la part de l’ecclésiastique incriminé, une belle protestation publique, à laquelle nombre de ses collègues s’empressent de s’associer.
«La suppression du traitement est d’un mode moins solennel et d’un usage plus efficace, comme tous les coups qui frappent à la bourse. La généralité du bas clergé la redoute. Pour le haut clergé, c’est un jeu de la braver, quand ce n’est pas un calcul prémédité, en raison des avantages pécuniaires qu’il en retire, sous forme de souscriptions et d’offrandes. Reste la prison sur la paille très peu humide... On peut se demander seulement s’il serait sage d’y recourir systématiquement.
«... Quant à nous, déclarait M. Combes, puisqu’on nous demande notre sentiment, nous estimons préférable de faire l’opinion publique juge de la conduite de l’épiscopat. Notre raison est que les rapports entre l’Etat et l’Eglise catholique sont entrés, depuis quelque temps, dans une phase nouvelle.»
Le Président du Conseil montre comment la procédure de l’entente préalable, imposée par le pape Pie IX et le cardinal Antonelli à la faiblesse des Ministres de la République, a permis au pouvoir ecclésiastique d’installer à la tête de la plupart des diocèses de France les candidats de ses préférences par le refus d’agrément dont il a frappé les candidats du pouvoir civil. Alors de constantes violations du Concordat se sont produites, si bien que l’opinion publique se demande ce qu’elle doit augurer d’un tel spectacle.
«Pour peu que le spectacle se prolonge, elle sera amenée à rejeter sur le Concordat la responsabilité d’un ordre de chose, où les écarts de conduite et les intempérances du clergé s’enhardissent par l’insuffisance même des moyens de répression. Puis, la logique aidant, l’opinion publique inclinera forcément à conclure que le Concordat de 1801 a fait son temps, et que le seul remède au désordre moral dont il s’agit ne peut se trouver que dans l’une ou l’autre de ces solutions: ou bien la séparation de l’Eglise et de l’Etat suivant une formule qui fera l’Eglise libre sous la souveraineté de l’Etat, ou bien une revision sérieuse et efficace des règlements de police jugés nécessaires pour le maintien de la tranquillité publique par l’auteur même du Concordat.»
A la suite de ce discours, on se demanda vers quelle solution penchait alors M. Combes. Dans les discours qu’il prononça ensuite aux banquets démocratiques de Marseille, de Tréguier et de Clermont-Ferrand, il parle de légiférer sur les rapports de l’Eglise et de l’Etat, mais sans autre précision. Sans doute, il souhaitait une transformation prochaine des liens concordataires entre le Vatican et la France; mais se fera-t-elle dans le sens de la liberté pour les Eglises ou dans le sens d’une aggravation des articles organiques?
Ce n’est qu’au banquet d’Auxerre que M. Emile Combes se prononça ouvertement en faveur de la séparation des Eglises et de l’Etat. Une commission parlementaire s’était constituée à la Chambre et un projet de loi était résulté de ses travaux. De plus en plus, au sein du Parlement, une opinion se formait, nettement favorable au principe de la séparation. M. Combes vit une indication assez nette et il collabora même, on le verra, par le dépôt d’un projet de loi, à l’œuvre qui s’élaborait dans le sein de votre Commission.