Mais cette collaboration intime de la royauté et de l’Eglise ne favorise nullement les prétentions romaines. Malgré les tentatives que fera Rome pour se rapprocher de la France, après les déboires de sa politique germanique, il lui faudra patienter jusqu’au concordat de Bologne (1516) pour ressaisir son influence prépondérante dans les affaires intérieures de notre pays.
Elle s’est faite d’ailleurs de plus en plus arrogante avec Grégoire VII. Elle a accru ses prétentions à la domination universelle. Elle les a précisées dans des textes définitifs, dans des formules, sous des images. Seul, le pontife romain peut être appelé œcuménique. Son nom est unique dans le monde. Il ne peut être jugé par personne. L’Eglise romaine ne s’est jamais trompée et ne se trompera jamais. Le pontife romain a le droit de déposer les empereurs. Il y a ainsi vingt-sept propositions, qui affirment à la face du monde, la suprématie du pape sur l’Eglise et sur les princes.
Ces principes n’ont pas été inventés de toutes pièces par Grégoire VII. Ils sont en germe dans le droit canonique et dans les décisions antérieures des conciles; mais c’est ce pape, célèbre à juste titre dans l’histoire de l’Eglise, qui a coordonné ces éléments divers et a dressé le monument juridique de la théocratie romaine.
Armée de cette charte théorique de ses droits, la Papauté a voulu en appliquer les principes au gouvernement des sociétés. Elle a voulu établir son autorité indiscutée sur les évêques et les prélats de toutes les nations chrétiennes. Mais elle a trouvé en face d’elle les princes, qui, par un usage consacré, avaient conservé la nomination aux grades ecclésiastiques.
La guerre qui s’en suivit entre la Papauté et la royauté germanique est demeurée célèbre sous le nom de Querelle des investitures. Sans doute, Rome fut finalement vaincue; mais à la suite de quelles luttes!...
Au début de cette querelle, Grégoire VII avait déposé Henri IV, en des termes que l’Histoire a conservés et qu’il n’est pas inutile de citer ici: «... Pour l’honneur et la défense de ton Eglise, disait-il, au nom du Dieu tout-puissant, du Père, du Fils et du Saint-Esprit, par ton pouvoir et ton autorité, je nie au roi Henri, qui s’est insurgé avec un orgueil inouï contre ton Eglise, le gouvernement de l’Allemagne et de l’Italie; je délie tous les chrétiens du serment de fidélité qu’ils lui ont prêté ou qu’ils lui prêteront; je défends que personne ne le serve comme on sert un roi.» Quelque temps après, Henri IV faisait pénitence; il allait à Canossa, accordant à la papauté la plus belle victoire qu’elle ait jamais remportée sur une puissance temporelle.
En France, Philippe Ier ne laissa point Grégoire VII s’immiscer dans sa politique intérieure. Avant lui, Hugues Capet avait défendu contre la Cour de Rome l’indépendance de ses églises. Au Concile de Saint-Bast avaient été proclamées les libertés gallicanes. Mais cette attitude s’expliquait par le fait que la papauté n’était alors qu’un instrument entre les mains des empereurs germaniques et qu’il eût été dangereux de favoriser l’intervention d’influences étrangères.
Avec Philippe Ier, la situation a changé. Les papes ont rompu avec l’Empire germanique et ils ont entrepris la réforme morale du clergé, abandonné à tous les abus, à toutes les déchéances, à tous les vices. Cependant Philippe Ier résiste. Quelques années après, Louis le Gros se montre moins énergique dans la lutte contre Rome. Malgré tout, il maintient résolument son droit d’intervention dans les élections ecclésiastiques. Philippe-Auguste (1180-1223), tout éclatant du prestige de ses victoires, accentue encore cette tendance. Il contraint les évêques à se présenter devant sa cour de justice. Il leur enjoint de participer aux frais de la guerre; soucieux de mettre obstacle aux ingérences pontificales il ne craint pas d’engager pour cela la lutte avec Innocent III; en un mot, il prépare la naissance d’un esprit laïque et national, en opposition avec les prétentions de la théocratie romaine. Saint-Louis continue son œuvre et ce monarque très chrétien fut un des plus fervents défenseurs de la société laïque.
Loin de plier devant la papauté, il obtient d’elle des concessions. Sous son règne, les ecclésiastiques sont astreints à payer les décimes, douzièmes et centimes. C’est le moment héroïque des Croisades. Le clergé est appelé à prendre sa part des charges qu’elles occasionnent. Saint-Louis obtint aussi que les clercs mariés ou commerçants soient enlevés à la juridiction ecclésiastique.
C’est sous le règne de saint Louis que vécut Guillaume II, cet évêque de Paris qui aurait plutôt sacrifié les intérêts de Rome que ceux de la politique royale.