Les aumôniers ne se résignaient qu'à regret à laisser porter à l'hôpital les huguenots qu'ils avaient fait maltraiter. Ainsi, Jean L'hostalet ayant reçu une cruelle bastonnade pour n'avoir pas levé le bonnet, l'aumônier le retint cinq ou six jours sur la galère, bien que le chirurgien eût ordonné de le transporter à l'hôpital. Quand on l'en retira enfin, il était mourant. C'est à cet hôpital que les forçats malades, chargé de lourdes chaîne, n'ayant ni capote, ni feu par les plus grands froids, allaient achever de mourir. Un Cévenol, dit Élie Benoît, y mourut de faim, l'aumônier de l'hôpital ayant défendu de lui donner à manger pour le punir d'avoir refusé de se laisser instruire. C'est là que vint mourir le huguenot Mauru, après avoir craché tous ses poumons: il expira sur un grabat où il grelottait sans feu et sans capote. Pendant dix années, Mauru avait été tourmenté cruellement par l'aumônier de sa galère, et la haine de cet aumônier le poursuivit jusqu'après sa mort, car il fit retirer son corps de la bière dans laquelle on l'avait mis, et le fit jeter tout nu à la voirie.

Les invalides, incapables de manier la rame, restaient enchaînés à leurs bancs comme les autres forçats pendant que la galère était en campagne; à la rentrée dans le port, moyennant un sou payé aux argousins ils obtenaient comme leurs compagnons valides, la faveur d'être déferrés pendant le jour. Cette faveur accordée aux malfaiteurs et aux meurtriers, était refusée aux huguenots. Louis de Marolles écrit en 1687, que, depuis plus de trois mois, il est à la chaîne nuit et jour sur la galère la Fière.

Un des commis de l'intendant, lit-on dans le journal des galères, son rôle à la main, constate si tous les religionnaires sont à la chaîne. Quant à l'argousin trop pitoyable qui avait déferré un huguenot, il était condamné à trente sous d'amende, pour avoir épargné à ce malheureux le supplice de l'éternelle immobilité. Quand on avait un trop grand nombre d'invalides au bagne, on les envoyait en Amérique, et Louis de Marolles, désigné deux fois pour la transportation, eut la malchance de voir rapporter son ordre d'embarquement; on l'envoya mourir dans un des plus affreux cachots de Marseille.

Les aumôniers ne se bornaient pas à faire donner de rudes salades à ceux qui refusaient de lever le bonnet, mais encore ils faisaient si cruellement bâtonner les huguenots qui entretenaient ces correspondances avec le dehors et distribuaient des secours à leurs coreligionnaires, que plusieurs furent emportés demi-morts à l'hôpital. Pour arriver à découvrir les coupables, les aumôniers, dit le Journal des Galères, avaient aposté certains scélérats de forçats pour leur tenir toujours les yeux dessus; parfois même ils mettaient les suspects en quarantaine, interdisant à toute personne étrangère de leur parler et de les approcher.

Grâce au dévouement des esclaves turcs et de quelques forçats catholiques qui leur servaient d'intermédiaires, les huguenots, commis pour régir la Société souffrante des galères, purent continuer à distribuer les sommes qui étaient recueillies en Suisse, en Hollande et en Angleterre, puis envoyées à des négociants de Marseille pour être données en secours aux forçats pour la foi. En vain Pontchartrain, ayant découvert que c'était un pasteur de Genève qui faisait l'envoi des fonds, voulut-il couper le mal dans sa racine, en enjoignant aux magistrats de Genève d'avoir à faire cesser ce désordre. Le seul résultat qu'il obtint, fut de faire substituer une nouvelle organisation à l'ancienne, si bien que jusqu'au jour où le dernier forçat pour cause de religion, sortit du bagne, la caisse de bienfaisance établie à Marseille continua à recevoir les sommes recueillies à l'étranger, pour la Société souffrante des galères.

Parmi les membres de cette Société des galères, on voyait Louis de Marolles, le conseiller du roi, le baron de Monthetou, parent du duc de la Force, le baron de Salgas, le sieur de Lasterne, de la Cantinière, de l'Aubonnière, Élie Néau, les trois frères Serre, Sabatier, etc. Sur une liste de cent cinq forçats pour la foi, que donne Court, on trouve deux chevaliers de Saint-Louis et quarante-six gentilshommes.

Le forçat Fabre qui avait obtenu d'être envoyé aux galères à la place de son père, surpris à une assemblée, expose ainsi la souffrance morale infligée aux honnêtes gens en se voyant jetés au milieu des pires malfaiteurs: «Lorsqu'il me fallut entrer dans ce fatal vaisseau, que je me vis dépouillé pour revêtir l'ignominieux uniforme des scélérats qui l'habitent, confondu avec ce qu'il y a de plus vil sur la terre, enchaîné avec l'un d'eux sur le même banc, le coeur me manqua… Je laisse à penser de quelle douleur mon âme fut accablée, à cette première nuit, lorsque, à la lueur d'une lampe suspendue au milieu de la galère, je promenai mes regards sur tous ces êtres qui m'environnaient, couverts de haillons et de vermine qui les tourmentait. Je m'imaginai être dans un enfer que les remords du crime tourmentaient sans cesse.»

La spirituelle et peu sensible marquise de Sévigné contant à sa fille les horribles détails de la répression de la révolte de la Bretagne, dit: «J'ai une tout autre idée de la justice, depuis que je suis en ce pays. Vos galériens me semblent une société d'honnêtes gens qui se sont retirés du monde pour mener une vie douce; nous vous en avons bien envoyé par centaines.»

C'était bien, grâce à la persécution religieuse, une société d'honnêtes gens que celle des galères; mais l'on a vu quelle vie douce, menaient les forçats retranchés du monde. «Oh! noble société que celle des galères, dit Michelet. Il semblait que toute vertu s'y fût réfugiée… On put souvent voir à la chaîne avec le protestant, le catholique charitable qui avait voulu le sauver, avec le forçat de la foi ramait le forçat de la charité. On y voyait le Turc qui, de tout temps, au péril de sa vie et bravant un supplice horrible, servait ses frères, chrétiens, se dévouait à leur chercher à terre les aumônes de leurs amis.»

Quelques forçats catholiques, touchés de l'héroïque constance de huguenots leurs compagnons de chaîne, se convertirent à la foi protestante sur les galères mêmes, et les aumôniers n'épargnaient point les plus indignes traitements à ces apostats qu'ils menaçaient de la potence.