Le général en chef résolut de se porter en avant avec ce qu'il avait de troupes et d'aller reconnaître l'ennemi: celui-ci n'ayant ni cavalerie, ni artillerie mobile, ne pouvait point l'engager dans une affaire sérieuse; son projet était, si l'ennemi était nombreux et bien établi, de prendre une position parallèle, appuyant la droite au lac Madieh, la gauche à la mer, et de s'y fortifier par des redoutes. Par ce moyen, il tiendrait l'ennemi bloqué sur la presqu'île, l'empêcherait d'avoir aucune communication avec l'Égypte, et serait à même d'attaquer l'armée turque lorsque la plus grande partie de l'armée française serait arrivée.
Napoléon partit le 24 d'Alexandrie, et vint camper au Puits, moitié chemin de l'isthme, et y fut rejoint par toutes les troupes qui étaient à Birket.
Les Turcs, qui n'avaient point de cavalerie, ne pouvaient s'éclairer; ils étaient contenus par les grandes gardes de hussards et de chasseurs, que la garnison d'Alexandrie avait placées dès les premiers jours du débarquement. On nourrissait donc quelque espérance de surprendre l'armée ennemie. Mais une compagnie de sapeurs, escortant un convoi d'outils et partie d'Alexandrie fort tard le 24, dépassa les feux de l'armée française et tomba dans ceux de l'armée turque, à dix heures du soir. Aussitôt que les sapeurs s'en aperçurent, ils se sauvèrent pour la plupart, mais dix furent pris, et par eux, les Turcs apprirent que le général en chef et l'armée, étaient vis-à-vis d'eux. Ils passèrent toute la nuit à faire leurs dernières dispositions, et nous les trouvâmes, le 25, préparés à nous recevoir.
Le général en chef changea alors ses premiers projets, et résolut d'attaquer à l'heure même, sinon pour s'emparer de toute la presqu'île, du moins pour obliger l'ennemi à reployer sa première ligne derrière la seconde, ce qui permettrait aux Français d'occuper la position de cette première ligne et de s'y retrancher. L'armée turque ainsi resserrée, il devenait facile de l'écraser de bombes, d'obus et de boulets, nous avions dans Alexandrie des moyens d'artillerie immenses.
Le général Lannes avec 1,800 hommes, fit ses dispositions pour attaquer la gauche de l'ennemi; Destaing avec un pareil nombre de troupes se disposa à attaquer la droite; Murat avec toute la cavalerie et une batterie légère se partagea en trois corps, la gauche, la droite et la réserve. Les tirailleurs de Lannes et Destaing s'engagèrent bientôt avec les tirailleurs ennemis. Les Turcs maintinrent le combat avec succès, jusqu'au moment où le général Murat, ayant pénétré par leur centre, dirigea sa gauche sur les derrières de leur droite, et sa droite sur les derrières de leur gauche, coupant ainsi la communication de la première ligne avec la deuxième. Les troupes turques perdirent alors contenance, et se portèrent en tumulte sur leur deuxième ligne. Ce corps était de 9 à 10,000 hommes. L'infanterie turque est brave, mais elle ne garde aucun ordre, et ses fusils n'ont point de baïonnette; elle a d'ailleurs le sentiment profond de son infériorité en plaine contre la cavalerie. Cette infanterie, rencontrée au milieu de la plaine par notre cavalerie, ne put rejoindre la deuxième ligne, et fut jetée, la droite dans la mer, et la gauche dans le lac Madieh. Les colonnes de Lannes et de Destaing, qui s'étaient portées sur les hauteurs que venait de quitter l'ennemi, en descendirent au pas de charge, et les poursuivirent l'épée dans les reins. On vit alors un spectacle unique. Ces 10,000 hommes, pour échapper à notre cavalerie et à notre infanterie, se précipitèrent dans l'eau; mitraillés par notre artillerie, ils s'y noyèrent presque tous! On dit qu'une vingtaine d'hommes seulement parvinrent à se sauver à bord des chaloupes. Un si grand succès, qui nous avait coûté si peu, donna l'espérance de forcer la deuxième ligne. Le général en chef se porta en avant pour la reconnaître avec le colonel Cretin. La gauche était la partie la plus faible.
Le général Lannes eut l'ordre de former ses troupes en colonnes, de couvrir de tirailleurs les retranchements de la gauche de l'ennemi, et, sous la protection de toute son artillerie, de longer le lac, tourner les retranchements, et se jeter dans le village. Murat avec toute sa cavalerie se plaça en colonne serrée derrière Lannes, devant répéter la même manœuvre que pour la première ligne, et, aussitôt que Lannes aurait forcé les retranchements, se porter sur les derrières de la redoute de la droite des Turcs. Le colonel Cretin, qui connaissait parfaitement les localités, lui fut donné pour diriger sa marche. Le général Destaing fut destiné à faire de fausses attaques pour attirer l'attention de la droite de l'ennemi.
Toutes ces dispositions furent couronnées par les plus heureux succès. Lannes força les retranchements au point où ils joignaient le lac, et se logea dans les premières maisons du village; la redoute et toute la droite de l'ennemi étaient couvertes de tirailleurs.
Mustapha-Pacha était dans la redoute: aussitôt qu'il s'aperçut que le général Lannes était sur le point d'arriver au retranchement et de tourner sa gauche, il fit une sortie, déboucha avec 4 ou 5,000 hommes, et par-là sépara notre droite de notre gauche, qu'il prenait en flanc en même temps qu'il se trouvait sur les derrières de notre droite. Ce mouvement aurait arrêté court Lannes; mais le général en chef, qui se trouvait au centre, marcha avec la 69e, contint l'attaque de Mustapha, lui fit perdre du terrain, et par-là rassura entièrement les troupes du général Lannes, qui continuèrent leur mouvement; la cavalerie, ayant alors débouché, se trouva sur les derrières de la redoute. L'ennemi se voyant coupé, se mit aussitôt dans le plus affreux désordre. Le général Destaing marcha au pas de charge sur les retranchements de droite. Toutes les troupes de la deuxième ligne voulurent alors regagner le fort, mais elles se rencontrèrent avec notre cavalerie, et il ne se fût point sauvé un seul Turc sans l'existence du village: un assez grand nombre eurent le temps d'y arriver; 3 ou 4,000 Turcs furent jetés dans la mer. Mustapha, tout son état-major et un gros de 12 à 1,500 hommes, furent cernés et faits prisonniers. La 69e entra la première dans la redoute.
Il était quatre heures après midi: nous étions maîtres de la moitié du village, de tout le camp de l'ennemi, qui avait perdu 14 ou 15,000 hommes, il lui en restait 3 ou 4,000 qui occupaient le fort et se barricadaient dans une partie du village. La fusillade continua toute la journée. Il ne fut pas jugé possible, sans s'exposer à une perte énorme, de forcer l'ennemi dans les maisons qu'il occupait, protégé par le fort. On prit position, et le génie et l'artillerie reconnurent les endroits les plus avantageux pour placer des pièces de gros calibre, afin de raser les défenses de l'ennemi, sans s'exposer à une plus grande perte. Mustapha-Pacha ne s'était rendu prisonnier qu'après s'être vaillamment défendu. Il avait été blessé à la main. La cavalerie eut la plus grande part au succès de cette journée. Murat fut blessé d'un coup de tromblon à la tête; le brave Duvivier fut tué d'un coup de kandjiar. Cretin était tombé mort, percé d'une balle, en conduisant la cavalerie. Guibert, aide-de-camp du général en chef, frappé d'un boulet à la poitrine, mourut peu après le combat. Notre perte se monta à environ 300 hommes. Sidney-Smith, qui faisait les fonctions de major-général du pacha, et qui avait choisi les positions qu'avait occupées l'armée turque, faillit être pris; il eut beaucoup de peine à rejoindre sa chaloupe.
La 69e s'était mal comportée dans un assaut à St-Jean-d'Acre, et le général en chef, mécontent, l'avait mise à l'ordre du jour et avait ordonné qu'elle traverserait le désert la crosse en l'air et escortant les malades; par sa belle conduite à la bataille d'Aboukir, elle reconquit son ancienne réputation.