Déjà dans de nouvelles lettres adressées à l'empereur le 27 juillet, les états de Flandre étaient revenus à un langage plus modéré. On ne peut trop citer dans l'histoire de ces démêlés, encore si récents, lorsqu'on veut étudier avec soin et juger avec impartialité: «Le motif de nos réclamations dérive d'une source pure; ce sont vos intérêts, Sire, ce sont ceux de votre peuple, qui nous ont dirigés; nous vivons sous ces mêmes lois, cimentées par le serment du monarque, sous lesquelles nos pères ont été heureux. Il y a eu peu de guerres en Europe, dont les Pays-Bas n'aient été le berceau ou le théâtre; mais à peine dévastés par les fléaux qui accompagnent constamment les armées, l'on a vu ces provinces reprendre immédiatement leur antique prospérité, et ce n'est qu'à la bonté de nos lois que nous devons ces avantages. Le nouveau système, Sire, les renversait toutes... Dans des provinces civilisées depuis tant de siècles, où le peuple est industrieux, laborieux, commerçant, où des corporations établies pour éclairer le gouvernement sur ses vrais intérêts et pour garder les droits du peuple, empêchent constamment qu'aucun sujet ne soit traité autrement que par justice et sentence, devant son juge naturel, toute loi qui attribue le pouvoir exécutif à un seul, est une loi qui doit anéantir le bonheur des peuples et entraîner avec elle la ruine de l'État...
«A la vue de tant de maux, dont il dépendait de votre bonté d'arrêter les ravages, aurions-nous été fidèles sujets, Sire, si, par un silence coupable, nous eussions trahi vos intérêts et ceux de votre peuple?»
Les députés des provinces belgiques furent reçus, le 15 août, par l'empereur. L'accueil qui leur fut fait, fut plus favorable qu'ils ne pouvaient s'y attendre. Joseph II se borna à exiger, avant toute décision ultérieure, que le séminaire général de Louvain fût rétabli, que les impôts arriérés fussent payés et que les associations illégales, où s'abritaient toutes les intrigues et tous les complots (il en était une qui prétendait, à Gand, reconstituer la collace), fussent immédiatement dissoutes. Si des menaces étaient jointes à ces demandes pour le cas où elles auraient été repoussées, d'un autre côté, Marie-Christine, le prince de Kaunitz et le comte de Cobenzl assuraient les députés belges que l'empereur renonçait à ses édits sur la suppression des colléges des états et des anciennes cours de justice et sur la création des intendances. Afin de les tranquilliser davantage, le comte de Belgiojoso, ministre connu par son esprit hostile aux provinces belgiques, fut destitué et remplacé par le comte de Trautsmansdorff.
Une armée nombreuse était déjà réunie dans les Pays-Bas, et Joseph II avait annoncé, par un manifeste du 16 août 1787, qu'il emploierait la force si les moyens de conciliation étaient inutiles. Le respect qui s'attachait encore à l'autorité impériale, joint à la crainte d'une guerre civile, engagea les états de Flandre à se soumettre, le 1er septembre, à ce que l'on exigeait d'eux.
Leurs espérances ne furent pas trompées. Par une proclamation du 21 septembre 1787, le comte de Murray, gouverneur des Pays-Bas par intérim, écrivit aux états de Flandre qu'il était autorisé à déclarer, au nom de l'empereur et roi, 1o que tous les priviléges et franchises de la province de Flandre étaient maintenus tant pour le clergé que pour l'ordre civil; 2o que les nouveaux tribunaux de justice et les intendances étaient supprimés; 3o que les anciennes juridictions des villes et du plat pays subsisteraient à l'avenir sur l'ancien pied; 4o qu'à l'égard du redressement des objets contraires ou infractions à la constitution, il en serait traité avec les états, ainsi que ceux-ci l'avaient demandé.
Les états de Flandre, dans leur adresse à l'empereur, du 19 octobre, considérèrent le dernier article de la déclaration du comte de Murray comme s'appliquant aux séminaires épiscopaux; mais il était bien évident que c'était la seule question sur laquelle l'empereur défendît toute discussion.
Il est important d'apprécier l'intervention des états dans ces questions religieuses. Les deux premiers articles de la capitulation de Gand, du 1er janvier 1709, assuraient l'exercice de la religion catholique, apostolique et romaine, et l'observation des dispositions du concile de Trente, telle qu'elle avait eu lieu jusqu'à cette époque. Les mêmes garanties se trouvaient reproduites par la capitulation générale de la province du 6 juin 1706 et l'article 20 du traité de la Barrière. Or, c'était en vertu du concile de Trente que les séminaires épiscopaux avaient été établis: de là le droit de veiller à leur conservation réclamé par les états de Flandre.
Ces questions semaient, plus que toutes les autres, une profonde irritation. On avait vu d'abord des moines chassés de leurs monastères errer sans asile. Plus tard, d'autres mesures avaient été dirigées contre le clergé régulier: aux yeux du plus grand nombre, l'empereur commençait une persécution religieuse.
Un nouvel édit du 27 décembre 1787 confirma tous ceux qui se rapportaient au séminaire général de Louvain et ordonna qu'il y fût rigoureusement obéi.
«Nous rendrons à César ce qui est à César, et à Dieu ce qui est à Dieu,» répondit l'évêque de Bruges.