Ce fut le 7 août 1559 que Philippe II annonça, dans une assemblée des états généraux tenue à Gand, le choix qu'il avait fait de Marguerite. Il institua en même temps trois conseils qui devaient l'assister; l'un, sous le nom de conseil d'État, avait pour mission de traiter les questions les plus élevées. Les membres qui le composaient étaient l'évêque d'Arras, le prince d'Orange, le comte d'Egmont, Charles de Berlaimont, Philippe de Stavele et le docteur Viglius, à qui on adjoignit plus tard le comte de Hornes et le duc d'Arschoot. Viglius, déjà membre du conseil d'État, présidait le conseil secret qui surveillait l'application des lois et de la justice. Le troisième conseil ne devait s'occuper que des finances et des revenus publics. Philippe II régla également tout ce qui était relatif au commandement des troupes et aux gouvernements des provinces. Tous les gouverneurs se trouvaient chargés de veiller avec les conseils provinciaux à la répression des délits criminels; il n'y avait d'exception qu'en Flandre, où l'administration de la justice était indépendante du gouvernement, confié, avec celui de l'Artois, au comte d'Egmont, «ce qui n'est pas peu,» remarque Sébastien de l'Aubespine.

Lorsque l'évêque d'Arras eut expliqué les intentions du roi aux états, l'un de leurs membres (il appartenait à la maison de Borluut) se leva et demanda, au nom de la noblesse qui avait aidé le roi de son épée et au nom des communes qui l'avaient soutenu de leurs biens, qu'il consentît à rappeler les hommes d'armes espagnols. Les états alléguaient leurs priviléges, que le roi avait confirmés par son serment. Le prince d'Orange, les comtes de Hornes et d'Egmont appuyèrent leurs réclamations, et Philippe se vit contraint à leur promettre que les troupes étrangères se retireraient avant peu de mois.

Philippe quitta Gand après avoir adressé quelques mots aux états pour leur recommander de se prémunir contre les doctrines des luthériens. Il avait aussi exhorté Marguerite à veiller avec soin au maintien de la tranquillité des Pays-Bas. On rapporte qu'il lui exposa que le gouvernement des Pays-Bas était le plus considérable de tous ses royaumes; que l'hérésie y avait déjà fait des progrès; qu'Élisabeth était hostile à la religion et qu'elle trouverait des alliés dans les princes allemands, jaloux de voir l'empire dans sa maison. Il insista aussi sur le caractère des Flamands et lui conseilla la douceur, afin de ne pas en froisser la fierté et l'indépendance.

Peu de jours après, le 25 août 1559, le roi d'Espagne s'embarqua à Flessingue, et il aborda bientôt à Laredo au milieu d'une furieuse tempête, prophétique image des troubles qui allaient le séparer de ces riches provinces qu'il ne devait plus revoir.

Avant de s'éloigner des Pays-Bas, Philippe avait déjà compris qu'une vague agitation y fermentait, et que, tôt ou tard, ils échapperaient à la couronne d'Espagne. On lit dans les mémoires du temps que l'on remontra à Philippe II que la conservation des Pays-Bas était inséparable de la conquête de la France. On lui exposait que le royaume de France formait une barrière entre l'Espagne et la Flandre, et qu'il fallait se rendre maître de la France afin de posséder la voie pour passer d'Espagne en Flandre.

Ceux qui lui donnaient ces conseils au commencement de son règne, oubliaient qu'ils avaient vu finir celui de Charles-Quint. Résumons en quelques mots la transition qui sépare les événements les plus importants de ces deux époques si différentes à tant de titres.

Les provinces des Pays-Bas avaient retrouvé, vers la fin de la domination de Charles-Quint, la prospérité dont elles jouissaient avant la minorité de Philippe le Beau. On y remarquait trois cent cinquante villes et dix mille trois cents bourgs, sans compter les hameaux et les châteaux, dont le nombre était infini. Les impôts qu'elles supportaient, égalaient ceux que payait tout le royaume d'Angleterre dans les premières années du règne de Henri VIII: ils avaient contribué, bien plus que les premiers tributs du nouveau monde, à suffire aux frais immenses des nombreuses expéditions de Charles-Quint.

Le mariage de Philippe II avec la reine Marie avait consolidé les relations qui unissaient les Pays-Bas à l'Angleterre. Le commerce avait repris toute son activité, et le pouce des fileuses, qui préparaient la tâche des plus habiles tisserands de l'Europe, assurait, selon la parole de Charles-Quint, la fortune de la Flandre. De nombreux vaisseaux cinglaient chaque jour vers des mers éloignées, chargés des produits de ses métiers. «En quelles mers inconnues, s'écrie Strada, sur quels rivages reculés la science de la navigation n'a-t-elle pas conduit les Flamands? Plus sont étroites les limites dans lesquelles la nature a enfermé leur patrie, plus ils s'ouvrent l'Océan pour le soumettre à leur puissance.» La Flandre, dit un écrivain anglais, était le centre des richesses et de la civilisation.

Aux bienfaits du commerce se mêlaient ceux de l'agriculture. Une douce aisance régnait partout, et les mœurs offraient ici la pureté et la simplicité agreste d'une vie toute patriarcale, ailleurs, l'hospitalité généreuse et les autres vertus qu'enseignent les longues épreuves d'une vie agitée.

Sous le règne de Charles-Quint, l'esprit du peuple s'était tourné, avec un zèle semblable au sien, vers la carrière des combats. Une foule de capitaines flamands entouraient Charles de Gand et conduisirent à sa voix leurs bandes d'ordonnance depuis les plaines de Pavie jusqu'aux sables de Tunis. «On ne trouve point ailleurs, ajoute l'historien de la guerre des Pays-Bas, une milice plus nombreuse, mieux instruite et plus infatigable: c'est l'école de Mars.»