Ces menaces étaient toutefois peu sérieuses. On ajoutait en Angleterre une grande importance au commerce des Pays-Bas; la vieille renommée de leurs grandes cités était encore présente à tous les esprits. C'était l'époque où Thomas Gresham faisait construire la Bourse de Londres d'après la Bourse d'Anvers, en n'employant que des architectes et des ouvriers de cette ville; et il est certain qu'Élisabeth avait chargé ses députés des instructions les plus conciliantes. Malheureusement des obstacles sérieux s'offrirent: les ministres de Marguerite remarquèrent que les Anglais étaient instruits de toutes les décisions prises au conseil, même avant qu'elles eussent été communiquées à leurs propres commissaires, et il en résulta qu'ils désirèrent les premiers que ces négociations échouassent, de peur que la Flandre ne s'attachât trop aux Anglais, «attendu, écrivait Granvelle, que ce que nous devons le plus craindre aujourd'hui, c'est que les gens de ce pays-ci soient bien avec les Anglais, la reine étant, en matière de religion, ce qu'elle est.» En effet, les conférences furent ajournées au moment où elles semblaient près de conduire à une conclusion favorable, puis de nouveau rompues par les Anglais offensés à leur tour de la conduite des plénipotentiaires de Marguerite. Une ordonnance de la duchesse de Parme avait déjà prescrit de brûler tous les draps anglais qu'on essayerait d'introduire en Flandre.
Avec lord Montague se trouvaient deux agents anglais d'une grande habileté, nommés Habdon et Wotton; ils avaient obtenu des seigneurs qui appartenaient au parti des conféderés de Bréda, la révélation des projets les plus secrets de Marguerite: c'était la base d'une alliance des mécontents avec l'Angleterre.
Dans les premiers jours du mois de septembre 1566, le prince d'Orange invita à dîner Thomas Gresham, ambassadeur semi-officiel d'Angleterre. Au milieu du repas, le prince d'Orange porta un toast à la reine Élisabeth; Thomas Gresham se contenta de remercîments assez vagues et fort circonspects. Cependant le lendemain un des amis du prince d'Orange se rendit chez lui et lui dit: «Monsieur Gresham, la reine d'Angleterre ne secourra-t-elle pas nos gentilshommes comme elle l'a fait en France pour le bien de la religion?» Thomas Gresham assure dans ses mémoires qu'il chercha de nouveau à éviter de répondre à cette question; il n'en est pas moins certain qu'à cette époque des relations politiques existaient déjà entre l'Angleterre et les mécontents. Le prince d'Orange répandait de l'argent en Brabant et persuadait au comte d'Egmont de suivre son exemple en Flandre et même d'entraîner dans une ligue fédérative les villes de Bruges, d'Arras, de Béthune, d'Aire et de Lille. Il cherchait lui-même à s'affermir de plus en plus dans son gouvernement d'Anvers. Là devait être arboré le drapeau de l'insurrection, et il est très-probable que les mécontents y eussent appelé les Anglais, comme le prince de Condé leur livra le Havre en 1562. «Les protestants, écrit Bollwiller au cardinal de Granvelle, prétendent que par le moyen et exemple de la ville d'Anvers se rébellant, les aultres villes des Pays-Bas en feroyent le semblable, se joindroyent par ensemble et se feroyent villes impériales avec l'appuy qu'elles pourront avoir d'Allemagne, d'Angleterre et de France.»
Dès le 31 août 1564, Marguerite de Parme écrivait à Philippe II que les mécontents étaient secrètement soutenus par la reine d'Angleterre. Pourquoi Élisabeth n'eût-elle pas convoité ces riches provinces des Pays-Bas qui, en la rapprochant de ses alliés de l'Allemagne protestante, devaient lui permettre d'agir plus efficacement en France et de pénétrer au cœur même de l'Empire?
En France les guerres de religion ont commencé sous le règne de Charles IX. Gaspard de Coligny est aussi soudoyé par l'or d'Élisabeth. Les huguenots, qui ont livré le Havre aux Anglais, font assassiner le duc de Guise, qui a reconquis Calais. La gloire du duc de Guise inquiétait Catherine de Médicis; elle se rapprocha du parti de la ligue dès qu'elle espéra pouvoir le diriger. Conférences de Bayonne. Le bruit d'une alliance de Catherine de Médicis et des ministres de Philippe II accroît l'irritation des huguenots: il devient de plus en plus important pour eux d'enlever les Pays-Bas au roi d'Espagne ou d'y susciter des troubles assez sérieux pour l'empêcher d'intervenir en France.
En 1565, des plaintes s'élevèrent de la part de Marguerite de Parme contre l'édit de pacification qui permettait d'établir, jusque sur les frontières, des prêches, foyers dangereux de prosélytisme. Les huguenots répliquaient que jamais on n'avait empêché les Flamands de se rendre en pèlerinage à Notre-Dame de Boulogne, «et que pour un qui vient en France pour ouir les presches de la religion réformée, il y en vient ordinairement plus de cent en ces pèlerinages, avec chariots et grands chevaux.» Les prêches continuèrent: ils firent cesser les pèlerinages, et la Flandre ne tarda point à réclamer la liberté de religion qui existait en France.
Les princes allemands apportaient de plus dans ces tristes divisions une double tendance inhérente à leur caractère et à leur position, le désir de s'enrichir en louant leurs services militaires, l'espoir de joindre aux trésors conquis par la guerre une indépendance politique fondée sur les ruines de l'Empire affaibli par cette guerre même.
Nouvelles lettres de Marguerite à Philippe II. Elle lui rappelle le voyage que Charles-Quint entreprit pour apaiser les troubles des Pays-Bas. Mission du marquis de Berghes en Espagne. Conseil tenu à Ségovie, auquel assistent trois conseillers belges: Tisnacq, Hopperus et Courtewille. La duchesse de Parme écrivait à Philippe II qu'elle cherchait vainement à démontrer que l'inquisition, telle qu'elle existait dans les Pays-Bas, était une institution ancienne; que les seigneurs déclaraient qu'ils ne s'associeraient pas à des mesures qui conduiraient au bûcher cinquante ou soixante mille personnes, et qu'ils persistaient à comparer l'inquisition des Pays-Bas à celle d'Espagne, «qui est si odieuse, comme le roy le sçait.» Les lettres de Viglius attestent aussi l'horreur que l'inquisition espagnole inspirait même chez les hommes les plus dévoués à la religion catholique. La sévérité des édits sur l'inquisition ne paraissait pas moins incompatible avec la liberté commerciale, base principale de la prospérité des Pays-Bas.
En présence de cette résistance unanime, Philippe II écrit, le 6 mai 1566, à la duchesse de Parme: «Quant à la nouvelleté que aucuns sèment que j'avois voulu introduire au regard de l'inquisition, je vous ay desjà plusieurs fois escript que je n'y ay jamais pensé.» De plus, il consent à ce que l'inquisition soit restreinte à la surveillance qui appartient aux évêques en matière de foi et qu'on modère les édits de Charles-Quint. Il autorise aussi Marguerite à rétablir la paix en pardonnant à ceux qui l'ont troublée, et écrit au prince d'Orange et aux autres gouverneurs, ainsi qu'aux magistrats des bonnes villes, pour les inviter à concourir activement au maintien du repos public, jusqu'à ce qu'il puisse se rendre lui-même dans les Pays-Bas; toutefois, Philippe II signait, le 9 août 1566, un acte de protestation où le duc d'Albe figurait comme témoin, protestation qui annulait l'amnistie qu'il avait permis à la duchesse de Parme de faire publier, et au même moment il chargeait d'une mission aux Pays-Bas un agent de l'inquisition espagnole, fray Lorenzo de Villavicencio, qui voulait envoyer en Espagne, pour les y faire juger, les Espagnols arrêtés par delà la mer comme suspects d'hérésie, et qui ne profita de son influence que pour accuser Viglius.
Avant que les réponses conciliantes de Philippe II, déjà connues ou prévues par les chefs des mécontents, eussent été rendues publiques, toute espérance de paix s'était évanouie. Aux tentatives qui avaient pour but de calmer des passions haineuses et violentes, succède une anarchie effroyable, où elles se livrent au fol enivrement de leurs triomphes et de leurs succès.