Bossuet a résumé avec la supériorité de son génie le caractère de ces succès et de ces conquêtes des apôtres de la réforme. «Luther tirait vanité des séditions et des pilleries, premier fruit des prédications de ce nouvel évangéliste. L'Évangile, disait-il, et tous ses disciples après lui, a toujours causé du trouble, et il faudra du sang pour l'établir. Zuingle en disait autant. Calvin se défend de même. Jésus-Christ, disaient-ils tous, est venu pour jeter le glaive au milieu du monde. Aveugles qui ne voyaient pas ou ne voulaient pas voir quel glaive Jésus-Christ avait jeté et quel sang il avait fait répandre!»
Examinons quelle avait été au milieu de ces troubles la conduite du comte d'Egmont.
Dans une lettre adressée au prince d'Orange, il lui mande qu'il se méfie de la duchesse de Parme.
De son côté, la duchesse de Parme écrit à Philippe II, le 18 août 1566, que le comte d'Egmont montre peu de zèle et qu'il refuse de recourir à l'emploi de la force pour dissiper les séditieux. Neuf jours après, elle lui écrit de nouveau que le comte d'Egmont, auquel elle a rappelé son serment de combattre pour Dieu et le roi, lui a répondu que les temps étaient changés. Elle accuse aussi le comte de Hornes d'être hostile aux prêtres, et le prince d'Orange de vouloir partager les Pays-Bas entre ses amis et lui. «En paroles et en faits, ajoute-t-elle, ils se sont déclarés contre Dieu et le roy.»
Le comte d'Egmont se trouvait dans la ville d'Ypres quand les Gueux menacèrent de la piller, et il se retira dans son château de Sotteghem sans avoir rien fait pour les arrêter. Quelques nobles français était arrivés à Ypres, où ils avaient été accueillis aux cris de: Vivent les Gueux! si bruyamment répétés qu'ils troublèrent les magistrats dans les délibérations de l'hôtel de ville. Ils se disaient chargés d'une mission de l'amiral de Coligny. Les magistrats d'Ypres consultèrent, sur ce qu'il y avait lieu de faire, le comte d'Egmont, gouverneur de Flandre. Celui-ci répondit qu'il fallait traiter avec eux. Or, l'année précédente, le comte d'Egmont, se rendant en Espagne, avait eu à Paris, avec Coligny, une entrevue secrète qui permet de croire que l'intervention du chef du parti huguenot dans les affaires de Flandre n'avait point eu lieu sans qu'il l'approuvât, ou du moins sans qu'il en fût instruit. Il montra, toutefois, plus de fermeté à Bruges et à Audenarde. A Gand, sa faiblesse fut de nouveau extrême. «Ce povre comte d'Egmont, écrivait Morillon à Granvelle, avoit faute de quelques barbes blanches, au lieu de tant de jeunes gens à qui il donnoit à manger. Dieu sait s'il m'a cousté des larmes. Dieu pardoint à ceulx qui en sont cause.» Il ajoute dans une autre lettre: «L'on m'asseure que c'est chose incroyable comme Egmont est devenu blancq et vieil, et n'en suis esbahi: conscientia nulli parcit. Il ne dort s'il n'a ses armes et pistolets devant son lit.»
Lorsque la nouvelle de ces étranges pillages de la Flandre, qui accusaient moins l'audace des novateurs que la faiblesse de l'autorité, parvint à Bruxelles, Marguerite adressa d'amers reproches aux comtes d'Egmont et de Hornes et convoqua sans délai le conseil: «La situation où les crimes d'un petit nombre d'hommes ont placé les Pays-Bas, y dit-elle, vous est connue; elle ne restera pas cachée aux peuples éloignés et fera l'étonnement de la postérité, pour ma grande honte et pour la vôtre. Je sais qu'on m'en attribuera la plus grande part; car le nom des princes s'attache aux calamités qui marquent leur domination. Cependant le moment est arrivé où, illustres à tant de titres au dedans et au dehors, vous ne pouvez plus laisser dormir votre gloire. Le gouvernement des Pays-Bas ne m'a pas été si exclusivement attribué que vous n'ayez point de part aux soins qu'il réclame. Le gouvernement des provinces qui vous sont confiées, les serments que vous avez prêtés comme chevaliers de la Toison d'or, la fidélité au roi dont vous avez à donner l'exemple, comme les premiers entre ses sujets, vous imposent le devoir de maintenir et de fortifier l'autorité suprême. Et c'est, toutefois, dans ces provinces et sous vos yeux que des criminels impies et sacriléges ont profané et incendié de la manière la plus horrible ces temples placés sous l'invocation de Dieu et des saints, que la piété des anciens comtes de ces pays avait fondés, et que vos ancêtres et vous-mêmes vous avez ornés des trophées de vos victoires. Les tombeaux de vos pères ont été violés. Les anciennes statues des chevaliers de votre ordre et les armoiries de vos familles ont été renversées avec mépris, foulées aux pieds et détruites. Faut-il vous entretenir des persécutions qui ont accablé les vierges consacrées à Dieu, dont les monastères ont été ravagés; des ordres religieux et des prêtres, chassés cruellement et au milieu des outrages, de leurs demeures et de leurs villes? Et quelle espèce d'hommes a excité une si horrible tempête dans les Pays-Bas? La lie la plus infime du peuple, les plus vils et les plus abjects des apostats, terribles contre ceux qui les craignent, tremblants si on leur résiste. Permettrez-vous à ce fléau d'étendre impunément ses ravages? Souffrirez-vous que la paix des cités et le culte religieux soient ruinés devant vous, et que ces troubles ouvrent nos provinces à nos ennemis du dehors?» Les comtes de Mansfeld, d'Arenberg, de Berlaimont, appuyèrent le discours de Marguerite, mais les autres membres du conseil le reçurent avec froideur. On entendit même le prince d'Orange, le comte d'Egmont, le comte de Hornes et quelques autres combattre tout projet de rétablir l'ordre par les armes.
Le même soir, aussitôt après le conseil, Marguerite écrivit au roi: «Sire, vous êtes trahi; les traîtres sont le prince d'Orange et les comtes d'Egmont, de Hornes et d'Hoogstraeten.» Elle était résolue à se retirer à Mons, mais il était trop tard. Les mécontents avaient fermé les portes de Bruxelles; ils menaçaient Marguerite de la retenir prisonnière, tandis qu'ils pilleraient les églises et massacreraient les prêtres sous ses yeux. La gouvernante des Pays-Bas, épuisée de fatigues et de soucis, comprit que toute résistance était impossible. Elle manda au palais le prince d'Orange et les comtes d'Egmont et de Hornes: «Je cède, leur dit-elle, mais c'est à la violence.» Les concessions faites par Philippe II étaient déjà insuffisantes, et ce fut sur des bases beaucoup plus larges qu'elle se vit réduite à traiter avec les nobles qui adhéraient au compromis de Bréda (édit du 25 août 1566).
Les confédérés avaient choisi plusieurs députés, entre autres le comte Louis de Nassau, Bernard de Merode, seigneur de Rumen, Martin T'Serclaes, seigneur de Tilly, Charles Vander Noot, seigneur de Risoire, Philippe Vander Meere, seigneur de Sterbeke, et Georges de Montigny, seigneur de Noyelles. Ils s'engagèrent à contribuer de tous leurs efforts à ce que la paix fût rétablie.
Le lendemain, un homme suspect, nommé Leclerc (c'était un avocat de Tournay) arriva à Gand chargé d'une lettre par laquelle le comte de Nassau invitait les chefs des sectaires à suspendre leurs pillages. En effet, les désordres cessèrent aussitôt.
Cependant le parti des Gueux semble s'affaiblir. Les uns s'en éloignent parce qu'ils ont appris à trembler devant les fureurs des passions déchaînées par les nouvelles doctrines. D'autres encore reculent devant la crainte de l'arrivée de Philippe II, qui a, dit-on, résolu définitivement de se rendre dans les Pays-Bas.