Le duc d'Albe n'avait pas attendu l'absence de Marguerite pour poursuivre ses desseins. Son premier soin avait été de créer un nouveau conseil, dans lequel il concentrait toute l'autorité, et qu'il appela le conseil des troubles, bien que les peuples ne le connussent que sous le nom de conseil de sang. Le duc d'Albe le présidait. Parmi les autres membres se trouvaient Louis del Rio, Jérôme de Roda, Jacques Maertens, Jacques Hessele et Jacques de Blaesere, les deux premiers Espagnols, les trois derniers Flamands. Remarquons, en passant, que l'établissement du conseil des troubles était une violation patente des priviléges de la Flandre, qui portaient qu'aucun accusé ne pouvait être enlevé à ses juges naturels.
Le duc d'Albe fit citer le prince d'Orange, les comtes de Nassau, d'Hoogstraeten, de Culembourg, et les chefs du parti des nobles qui avaient adhéré au compromis de Bréda. Toutes les poursuites ne s'adressaient point toutefois à des accusés contumaces ou fugitifs. Le 16 janvier 1567 (v. st.), quatre-vingt-quinze bourgeois de Gand reçurent l'ordre de comparaître au conseil des troubles. Le lendemain, quarante-huit autres bourgeois de la même ville furent également ajournés. Ils furent tous condamnés au dernier supplice. Le 29 mars, Viglius écrivait que le duc d'Albe avait déjà traduit devant son tribunal plus de quinze cents personnes.
Malgré cette rigueur, l'agitation recommence. On raconte que le duc d'Albe a conseillé autrefois à Charles-Quint la destruction complète de la ville de Gand insurgée; qu'il a proposé d'immoler les naturels de l'Amérique; que sa cruauté contre les protestants a été extrême dans les guerres d'Allemagne; qu'il a soutenu, aux conférences de Bayonne, qu'il fallait exterminer les huguenots en France, et qu'il a fait engager Charles IX, par le sieur de Castelnau, à les traiter comme il traiterait lui-même le comte d'Egmont. Ces bruits, joints aux supplices qui ont déjà eu lieu, répandent de toutes parts l'inquiétude et l'effroi, dont le double symptôme est, comme l'a annoncé Marguerite, d'une part la formation d'une bande de pillards et d'incendiaires recrutés dans la lie des sectaires, de l'autre, l'émigration d'un grand nombre de familles qui emportent avec elles, sous un ciel étranger, leurs pénates et leurs richesses.
Dans les premiers jours de janvier 1567, trente-six hommes, armés d'arquebuses et de pistolets, se présentèrent dans l'église de Reninghelst. Ils pillèrent tous les ornements sacrés qui étaient d'or et d'argent et brûlèrent les autres; puis, ils emmenèrent avec eux trois pauvres prêtres qu'ils avaient arrachés de l'autel. Un ministre, nommé Jean Michiels, accompagnait cette cohorte recrutée parmi les bosch-gueusen (gueux des bois); à ses côtés, marchait un sectaire qui avait autrefois été bourreau. Ce fut lui qui exécuta la sentence prononcée par le ministre en vertu du vingtième chapitre de la prophétie d'Ézéchiel. A onze heures de la nuit, au clair de lune, les trois prêtres furent cruellement mis à mort sur une butte située près du Moulin-Noir, entre Dranoultre et Neuve-Église. Le lendemain on retrouva leurs corps à demi cachés dans les joncs d'un ruisseau à la lisière d'un bois. Ailleurs les mêmes désordres se reproduisirent. A la grande tempête de 1566 succédait, pour la Flandre, d'autres tempêtes plus longues et non moins terribles, qu'annonçaient des crimes isolés et des attentats imprévus.
Selon des récits évidemment exagérés, cent mille familles avaient quitté les Pays-Bas pour aller exercer, dans des contrées plus paisibles, leurs métiers et leurs arts. La plupart suivirent la même route que les émigrations qui s'étaient formées en Flandre depuis le règne de Charles de Danemark. Elles obtinrent aisément, de la reine Élisabeth, l'autorisation de se fixer dans quelques villes pauvres et peu peuplées qui, grâce à leur séjour, devinrent bientôt le centre d'un grand commerce d'étoffes de laine jusqu'alors inconnues en Angleterre. Telles furent les villes de Norwich, de Sandwich, de Colchester, de Southampton, de Maidstone, de Canterbury. L'exil d'un grand nombre de nos ouvriers allait enrichir l'Angleterre, si grande et si orgueilleuse aujourd'hui, en face de nos ports déserts.
Sandwich fut, après Londres, la première résidence des émigrés flamands. Ce fut de là qu'ils dirigèrent vers la West-Flandre ces fatales armées de fauteurs de désordres, et notamment une expédition composée de quinze cents gueux, qui se rendit aux conventicules de Poperinghe, à l'appel du ministre Jean Michiels, le sacrificateur du Moulin-Noix de Dranoultre. Jean Michiels était venu lui-même d'Angleterre.
De Sandwich, les réfugiés flamands se répandirent à Norwich et à Colchester, et ce furent eux qui communiquèrent leurs arts aux districts depuis si manufacturiers de Coxall, de Braintree et de Hastings. François de la Motte, d'Ypres, contribua surtout à la fondation de l'industrie de Colchester: son fils fut alderman à Londres.
Un autre bourgeois d'Ypres, Thomas Bonnet, peut-être frère du ministre Sébastien Bonnet, devint maire de Norwich. En 1569, les ministres de Norwich étaient Théophile Ryckewaert et Antoine Algoet, qui, trois ans auparavant, avaient donné à Ypres le signal du pillage et de la dévastation; mais parmi les communautés flamandes rangées sous la bannière de la réforme, il n'en était aucune aussi ancienne que celle de Canterbury, fondée dès 1547 par le ministre Jean Uutenhove.
Cependant en Angleterre même l'existence de ces communautés n'était pas constamment heureuse et paisible. Leur zèle pour les opinions désorganisatrices de Jean de Leyde leur attirait des persécutions jusque dans le giron du protestantisme, et l'on vit, en 1575, deux Flamands, Jean Pieters et Henri Turwert, conduits au bûcher comme anabaptistes.
La même année, l'église flamande d'Austin-Friars formula des plaintes contre l'évêque de Londres qui avait dit «que les anabaptistes desjà prisonniers, s'ils demeurent obstinés, seroient exécutés à la mort par le feu.» L'évêque de Londres, Grindall, était venu lui-même dans le temple d'Austin-Friars excommunier le ministre Hamstede, favorable aux anabaptistes.