A Gand, Ryhove conserve l'autorité sous la protection même du prince d'Orange. Le 25 septembre on interroge les habitants de Gand sur les conditions proposées par le prince de Parme, en offrant une pension annuelle à tous ceux qui les rejetteront. Le 3 octobre, la délibération continue, et l'on proclame le même jour ennemis du pays ceux qui ont approuvé les négociations commencées aux conférences de Cologne. Une ordonnance des magistrats caractérise cette situation; elle porte qu'il est défendu de se promener dans les rues, et elle a pour but de s'assurer de trouver chez eux tous les bourgeois catholiques, afin de les expulser au même moment de cette ville qui se vante d'être, au milieu des Pays-Bas, l'asile de la liberté politique et religieuse.
A Bruges, les prêtres et les bourgeois les plus honorables furent exilés, les églises furent détruites ou profanées: la basilique de Notre-Dame, fondée au huitième siècle par saint Boniface, devint une étable, la chapelle des moines de Staelyzer, une grange; celle de Saint-Basile, dont les comtes et les princes ne s'approchaient qu'avec vénération, fut convertie en magasin. Jean Perez de Malvenda s'était hâté de cacher chez lui la sainte relique que l'on devait à la piété de Thierri d'Alsace.
Il fallut, pour relever la religion aux yeux des impies qui ne l'invoquaient plus que pour masquer leur scepticisme et pour justifier leurs violences, un de ces fléaux providentiels qui, en révélant à chacun de nous la faiblesse et la vanité de son orgueil, nous apprennent que Dieu, auteur de la foi, a placé ici-bas la charité pour que nous retrouvions plus haut l'espérance. La peste se déclara en Flandre, et elle put seule suspendre les fureurs des factieux, qui s'arrêtèrent frappés de respect devant quelques-unes de ces religieuses qu'ils outrageaient la veille, et qui avaient obtenu de rester à Bruges afin de braver d'autres périls en secourant les malheureux. Les Colettines, les sœurs noires du monastère du Chataignier et celles de l'hôpital de Saint-Jean, humbles femmes sans appui et sans protection au milieu des bandes féroces des iconoclastes et des Gueux, étaient les monuments vivants de la religion près des pestiférés qui en avaient brisé eux-mêmes les monuments construits de marbre et de pierre.
Une famine cruelle frappa bientôt ceux qu'épargna la peste, de sorte qu'en peu de mois, racontent des témoins oculaires, il mourut quatre-vingt mille personnes. Le nombre des habitants des campagnes qui avaient fui les ravages des gens de guerre, était si considérable, que toutes les rues étaient couvertes de familles qui n'avaient point d'abri. Le son lugubre de la sonnette du fossoyeur ne cessait de retentir; les cimetières n'étaient plus assez vastes. Ce fut au milieu des débris de ses édifices dévastés, au milieu du silence que la mort laisse après elle, que Bruges descendit du rang qu'elle conservait encore parmi les villes des Pays-Bas, pour devenir ce qu'elle est aujourd'hui l'image vaine d'une grandeur éclipsée, triste ruine qui raconte d'autres ruines: famosum antiquitatis flandricæ sepulcrum, dit Gramaye.
Tel fut l'état de la Flandre dans ces désastreuses années, et il faut ajouter aux fléaux de la peste et de la famine le fléau de la guerre. Les Malcontents conquirent Alost, Renaix, Grammont et Courtray. Les Écossais du colonel Balfour s'en vengèrent en s'emparant de Menin, qui fut pillé. Lanoue défit un parti de Malcontents près de Marquette, et occupa Becelaere et Warneton. Il obtint un succès plus important en escaladant Ninove, où il prit le comte d'Egmont. Au mois de mai il assiégeait Ingelmunster, et il avait quitté son camp avec quelques troupes pour se diriger vers Lille, lorsqu'il reçut l'avis de la marche du vicomte de Gand, et se vit réduit à retourner sur ses pas; mais il arriva trop tard pour soutenir les siens, et fut lui-même fait prisonnier; telle était la renommée de son courage que les Malcontents refusèrent pendant longtemps d'accepter de lui une rançon quelque élevée qu'elle pût être, et ce ne fut qu'après cinq ans de captivité qu'il fut échangé contre le comte d'Egmont.
Au mois de juillet les Malcontents essayèrent inutilement de surprendre Gand, où était arrivé le prince de Condé. Le prince de Parme, plus heureux, reconquit Maestricht.
Ravages des Vrybuyters. «Il y avoit aussi, dit Jean Stratius, un autre genre d'ennemis qui s'appelloit Vreybutres, c'est-à-dire, brigands ou voleurs de grands chemins, avec lesquels nulle justice ne se pouvoit entremesler. Ils se levèrent contre les Espagnols quand, devant la venue de don Juan, on les voulut chasser par force d'armes, et depuis le nombre d'iceux vint à croistre tellement que l'on ne trouvoit un seul passage sûr en tout le pays.»
Des négociations secrètes avaient été entamées par Catherine de Médicis devenue favorable aux huguenots. Elle voulait faire épouser le duc d'Alençon à Élisabeth, afin que rien ne s'opposât à ce qu'il reçût la souveraineté des Pays-Bas. Le duc d'Alençon, mécontent de la réconciliation de l'Artois et du Hainaut avec le roi d'Espagne, flattait les huguenots comme sa mère. Il recherchait dans les Pays-Bas l'amitié du prince d'Orange, qui pouvait seul faire réussir ses desseins.
Guillaume de Nassau avait formé le projet d'abjurer publiquement l'autorité du roi d'Espagne, qui avait été toujours reconnue, au moins nominalement, par les Gueux, dont le premier serment avait été de rester fidèles jusqu'à la besace. Il réunit à Anvers les députés des diverses provinces et leur exposa que les nécessités de la guerre et des discordes intérieures exigeaient impérieusement qu'ils élussent quelque prince illustre pour les gouverner. Cette opinion prévalut, mais lorsqu'il fallut choisir dans les pays voisins l'héritier des ducs de Brabant et des comtes de Flandre, de vives contestations éclatèrent.
Les députés de Gand opinèrent pour que l'on déférât l'autorité à la reine d'Angleterre. Ils remontraient que la France était si affaiblie par ses propres discordes que l'on n'en pouvait espérer aucun secours important, et que si elle recouvrait sa puissance avec la paix, il n'en était que plus dangereux de se donner à un prince qui, en recueillant la couronne par la mort de son frère, pourrait devenir pour les Pays-Bas un maître aussi impitoyable que Philippe II, et d'autant plus redoutable que son bras, suspendu sur la tête de leurs populations, pourrait en un moment les écraser. On trouvait, au contraire, en Angleterre une nation heureuse et florissante. La reine Élisabeth protégeait la religion réformée qui était aussi dans les Pays-Bas celle que menaçait le roi d'Espagne. Les ports de l'Angleterre étaient voisins de ceux de la Flandre. Quelques heures suffisaient pour que les secours dont on aurait besoin, parvinssent aussitôt qu'on les réclamerait. L'Océan unissait étroitement l'Angleterre aux Pays-Bas, et déjà le commerce avait cimenté les liens réciproques des deux nations. Enfin, la nature même du gouvernement de l'Angleterre devait être considérée. En France le roi était absolu, et le duc d'Alençon avait été élevé dans les principes d'une autorité illimitée. L'Angleterre, où l'on voyait Élisabeth consulter le parlement dans toutes les affaires importantes, offrait seule une monarchie tempérée par la liberté.