Le duc d'Orléans prend Gravelines (1644), puis Bourbourg, Menin, Béthune, Armentières (1645). Courtray tombe au pouvoir des Français le 28 juin 1646. Le 7 octobre de la même année, Condé s'empare de Dunkerque, siége de l'amirauté de Flandre: c'est l'anéantissement de la puissance maritime des Espagnols dans les Pays-Bas.
Arrivée de l'archiduc Léopold d'Autriche à Bruxelles. Il reprend Commines et Landrecies. Le maréchal de Gassion est mortellement blessé sous les murs de Lens. Les Espagnols parviennent à reconquérir Courtray, mais ils perdent Ypres.
Richelieu avait voulu partager les Pays-Bas espagnols avec la Hollande. Mazarin alla plus loin: après avoir songé un instant à les faire dévaster, comme Louvois fit plus tard incendier le Palatinat, il forma le projet de les réunir à la France en les échangeant contre la Catalogne, alors occupée par l'armée du comte d'Harcourt. Il disait, dans un mémoire du 20 janvier 1646, adressé aux ambassadeurs français aux conférences de Munster: «L'acquisition des Pays-Bas forme un boulevard inexpugnable à la ville de Paris, alors véritablement le cœur de la France; les mécontents et les factieux perdraient, par ce moyen, la facilité de leur retraite... La puissance de la France se rendrait redoutable à tous ses voisins et particulièrement aux Anglais... Si la France doit appréhender quelque chose de la maison d'Autriche, ce ne peut être que du côté de la Flandre, parce qu'un seul bon succès qu'ils remportent peut mettre aussitôt l'épouvante dans Paris. L'acquisition des Pays-Bas nous garantit de ces craintes pour jamais... Il est aussi évident que les Espagnols ne sauraient donner des assistances considérables à aucune faction qui puisse se former en France, que du côté de la Flandre, où les forces ont toujours été prêtes à cela et sont plus à craindre parce qu'elles sont plus aguerries. D'ailleurs, les peuples de la Flandre, qui souffrent des oppressions incroyables, leur pays étant le théâtre de la guerre depuis si longtemps, trouveront tel changement à leur condition qu'on ne peut pas douter que nous n'eussions bientôt gagné leur amour quand ils se verraient assurés de jouir à jamais d'une profonde tranquillité avec toutes sortes de commodités et d'avantages sous la domination de cette couronne... Enfin je serais trop long si je voulais parler en détail des avantages et des commodités que nous donnerait par le commerce et par divers autres moyens une si importante acquisition, et même du port de Mardik et de Dunkerque, qui est le plus beau et le plus commode qui soit dans la mer océane et le plus considérable à notre égard pour nous rapprocher de messieurs les états et pour regarder comme il faut l'Angleterre.»
Mazarin n'obtint point des puissances représentées au congrès de Munster qu'elles abdiquassent leurs jalousies politiques pour consentir à l'agrandissement du territoire français, et le traité du 30 janvier 1648 ne fut favorable qu'aux prétentions des Provinces-Unies dont l'Espagne reconnaissait l'indépendance. Il leur assurait de plus la conservation de tous les forts qu'elles avaient conquis, et ne rétablissait les relations commerciales qu'en réservant expressément aux Provinces-Unies la souveraineté de l'Escaut et le droit soit de le fermer, soit d'y établir telles taxes qu'elles le jugeraient convenable. Il stipulait toutefois la démolition de la plupart des forts de la rive gauche appartenant soit aux Espagnols, soit aux Hollandais, qui étaient, pour les populations voisines, un objet constant d'inquiétude et d'effroi.
La France refusait de s'associer à la paix de Munster. Le prince de Condé ne craignit point de livrer bataille dans les plaines de Lens, qui avaient vu l'année précédente tomber le maréchal de Gassion. Son triomphe effaça le souvenir de tous les revers qu'avaient subis les armes de la France. Furnes ouvrit ses portes, et toute la Flandre aurait été perdue si les troubles de la Fronde n'eussent armé les uns contre les autres, sur un terrain plus étroit, les hommes qui venaient, en combattant ensemble sous les mêmes bannières, de porter si haut la gloire de leur courage et de leur génie. Les Espagnols rentrent à Ypres et à Saint-Venant. Condé, cherchant un asile dans leur camp comme le plus illustre des transfuges, semble leur porter la victoire. Peu s'en faut qu'il n'y conduise avec lui le vicomte de Turenne, jusqu'alors son lieutenant, depuis son digne émule. Turenne et Condé, réunis contre Mazarin, eussent fait changer la fortune de la France. Turenne, resté fidèle à Mazarin, rétablit l'égalité de la situation en s'opposant à Condé.
Cependant la Flandre respirait: ses dangers s'étaient éloignés, et il lui suffisait de goûter quelques jours de paix pour trouver dans leur durée, quelque incertaine qu'elle pût être, le gage du retour de sa prospérité. Les magistrats de Bruges avaient chargé l'échevin de Wree de se rendre à la Haye, afin qu'il représentât aux états des Provinces-Unies les avantages de la situation de la ville de Bruges, qui devait redevenir une cité toute commerciale en recouvrant les franchises et les libertés dont elle avait joui autrefois. Il les engagea à y établir leurs comptoirs, et fit les mêmes propositions d'abord à la Compagnie des marchands anglais fixés à Rotterdam, puis aux villes hanséatiques. Ces négociations parurent d'abord faire espérer quelque succès. Les Provinces-Unies et les villes de la Hanse envoyèrent des députés à Bruges. Les marchands anglais semblaient également disposés à quitter Rotterdam, où ils vendaient peu, pour aller retrouver à Bruges la résidence à laquelle ils étaient restés fidèles pendant tout le moyen-âge. Ils demandaient le libre exercice de leur religion et la sûreté de leurs personnes et de leurs biens; mais ils exigeaient de plus la révocation de toutes les défenses émanées des rois d'Espagne relativement à la vente des draps anglais.
L'industrie des draps s'était rapidement affaiblie en Flandre. Les états de Flandre, qui se contentaient en 1511 d'une légère taxe sur les draps d'Angleterre, d'Écosse et de France vendus aux Pays-Bas, dont on évaluait la valeur à six cent mille florins, réclamaient en 1592 une prohibition absolue. Grâce à leurs représentations, les taxes furent augmentées. Un instant abolies en 1604, elles furent de nouveau élevées en 1613. C'était leur suppression complète qu'exigeaient les marchands anglais de la Compagnie de Rotterdam, comme condition de leur retour à Bruges. On ignore si un dernier effort des tisserands flamands fit rejeter leur demande, et les historiens qui racontent la stérilité de ces négociations avec la Hollande, les villes hanséatiques et les marchands anglais, se contentent d'alléguer, comme un motif qui l'explique assez, les dangers qui, dans toutes les guerres, menaçaient Bruges mal protégée par la puissance espagnole contre l'invasion des armées françaises.
Lorsque ces rêves de prospérité commerciale se furent évanouis, l'inquiétude qui agitait tous les esprits, les porta à chercher un autre aliment dans les disputes théologiques. Les ouvrages laissés par Corneille Jansénius, évêque d'Ypres, commençaient à soulever la longue et véhémente controverse du jansénisme.
Si les discordes se glissaient jusqu'au sein des idées religieuses pour développer l'esprit de discussion contre le principe de l'autorité, l'anarchie qui régnait dans le monde politique n'était ni moins déplorable, ni moins profonde; les rois eux-mêmes en donnaient l'exemple en applaudissant à l'insurrection qui menaçait Charles Ier. Dès 1642, des agents des niveleurs anglais s'étaient assuré l'appui de la Hollande, de l'Espagne et de la France contre le malheureux prince qui venait de tirer l'épée pour défendre les droits de sa couronne.
La Hollande, pleine d'enthousiasme pour une révolution qui semblait rappeler la sienne, reprochait à Charles Ier d'être hostile aux réfugiés hollandais et flamands, ennemis déclarés de l'Église établie, qui soutenaient à Londres, contre l'évêque Wren, une lutte dont l'évêque Grindall avait donné l'exemple sous Élisabeth. Un grand nombre avaient cru devoir s'éloigner, et leur départ avait été une calamité pour l'industrie de plusieurs cités de l'Angleterre.