L'impression que Bailly avait reçue de sa visite dans les hôpitaux et la constatation trop facile des énormes abus qui, par le laps du temps, s'y étaient introduits, tout probablement contribuèrent à l'entraîner vers les «opinions nouvelles» comme on disait à la veille de la révolution. Dans l'ordre social aussi, beaucoup d'abus existaient qui appelaient l'œil investigateur et la sollicitude de l'homme d'état s'il s'en fut rencontré alors un digne de ce titre soit dans les conseils de la couronne soit dans l'assemblée réunie d'abord sous le titre d'États généraux. Mais, parmi les honnêtes gens, il ne se trouvait guère que des utopistes ou des hommes à idées fausses, et politiquement peu pratiques comme Bailly, entraînés tout d'abord par un zèle sincère, mais non pas peut-être exempt de vanité et de présomption, à des exagérations dont ils comprirent la portée plus tard, s'ils la comprirent, et qui, par leur téméraire confiance, ne devaient pas tarder à tout compromettre.
Lors de la convocation des États généraux, Bailly, nommé d'abord grand électeur, fut élu député de Paris le 12 mai et le langage qu'il tint à cette occasion d'après ses Mémoires, prouve les sentiments qui l'animaient: «La nation doit se souvenir qu'elle est souveraine et maîtresse de tout ordonner..., ce n'est pas quand la raison s'éveille qu'il faut alléguer d'anciens priviléges et des préjugés absurdes... je louerai les électeurs de Paris qui les premiers ont conçu l'idée de faire précéder la Constitution française de la Déclaration des droits de l'Homme.»
C'était faire un peu vite bon marché de toute autorité même la plus légitime et l'on sent trop dans ce langage le bourgeois gonflé de sa soudaine importance qui faisait dire à Bailly avec un étonnement naïf, en entrant, le 21 avril, dans la salle des Feuillants: «Je crus respirer un air nouveau et je regardai comme un phénomène d'être quelque chose dans l'ordre politique par ma seule qualité de citoyen.»
Le 3 juin 1789, Bailly fut nommé doyen ou président des communes. Lors de la séance royale du 23, Louis XVI qui, avec tant de grandes vertus, manquait de la première qualité de l'homme d'État, la décision, termina son discours en disant: «Je vous ordonne, messieurs, de vous séparer tout de suite.»
Les membres des deux premiers ordres pour la plus grande partie, s'inclinant devant cette expression de la volonté royale, se retirèrent pendant que les députés des communes restaient tranquillement à leurs places. Le grand maître des cérémonies l'ayant remarqué, s'approcha de Bailly, et lui dit:
—Vous avez entendu l'ordre du roi, monsieur.
—Je ne puis pas ajourner l'assemblée sans qu'elle ait délibéré, répondit Bailly.
—Est-ce bien là votre réponse et dois-je en faire part au roi?
—Oui, monsieur! répliqua le président, et s'adressant aussitôt aux députés qui l'entouraient: «Il me semble, dit-il, que la Nation assemblée ne doit pas recevoir d'ordre.»
Ce langage ne peut étonner de la part de celui qui, trois jours avant, présidait la fameuse séance dite du Jeu de Paume.