«Jacques Amyot dit de lui-même, écrit le savant abbé Le Bœuf, qu'il était né à Melun, le 30 octobre 1513, de parents plus avantagés du côté de la vertu que de celui de la fortune. Il ne déclare point la profession dont était son père, Nicolas Amyot, mais ses commensaux le tenaient pour le fils d'un petit marchand de bonneterie: ce qui s'accorde avec Rouillard, qui dit que ce marchand vendait des bourses et des aiguillettes. Lorsqu'il eut appris les premiers rudiments à Melun, il alla à Paris, où il continua ses études de grammaire, servant de domestique à quelques écoliers d'un collége qu'il n'a jamais nommé. Sa mère, Marguerite d'Amour ou des Amours, avait soin de lui envoyer chaque semaine un pain par les bateliers de Melun. L'avidité d'apprendre le poursuivant jusque dans la nuit, il avait recours à la lumière que pouvaient fournir quelques charbons embrasés, et il s'en servait au lieu de chandelle ou d'huile, tant était grande alors son indigence. Avec ces faibles secours pour les premiers commencements il ne laissa pas d'atteindre les classes supérieures.»

Tels furent, d'après la Notice écrite avec autant de conscience que de bonhomie par l'abbé Le Bœuf, les débuts de Jacques Amyot, représentés par divers biographes, sous des couleurs trop romanesques. Devenu, en suivant les cours de Jean Evagre Remois, au collége du cardinal Lemoine, un excellent helléniste, ayant étudié pareillement la poésie, l'éloquence, la philosophie, J. Amyot partit pour Bourges, à l'âge de 19 ans, afin d'étudier le droit civil avec un jeune homme qui fut depuis avocat célèbre au Parlement.

À Bourges, où il prenait la qualité de maître-ès-arts, Amyot se rencontra avec Jacques Colin, lecteur ordinaire du roi et abbé de St-Ambroise, qui, prompt à apprécier son mérite, le choisit pour précepteur de ses neveux et lui fit obtenir en même temps une chaire de professeur des langues latine et grecque, dans l'Université dont la ville à cette époque était fière. Les loisirs assez grands, paraît-il, que lui laissait son double emploi, Amyot les consacrait aux travaux littéraires qui devaient plus tard le rendre célèbre et faire de lui un des personnages importants de l'état. Cependant au temps de sa plus grande prospérité, Amyot n'hésitait pas à dire que les dix ou douze années qu'il avait passées à Bourges, obscur professeur, mais tout entier aux lettres, avaient été le plus heureux temps de sa vie. C'est alors qu'après avoir traduit le roman grec de Théagène et Chariclée, il commença la traduction de Plutarque et quelques vies des hommes illustres furent publiées avec une dédicace à François 1er. D'après Rouillard, au contraire, c'est le roman de Théagène et Chariclée qu'il fit présenter au roi, «lequel l'eut si agréable que l'abbaye de Bellozane étant venue à vaquer par le trépas de Vatable, ou Guestabled, très célèbre professeur du roi en la langue hébraïque, icelui roi la lui donna comme au digne successeur d'un si brave devancier.»

La version de Rouillard paraît plus vraisemblable encore qu'il semble assez singulier de récompenser par une abbaye la traduction d'un ouvrage qui n'est rien moins qu'édifiant, mais dans les idées du temps, il s'agissait d'un livre grec et l'on ne voyait là, même François 1er, que l'érudition. Si bien encouragé cependant, Amyot s'était mis avec ardeur à la traduction de Plutarque; lorsqu'il la jugea assez avancée, il fit un voyage en Italie pour consulter les manuscrits des plus célèbres bibliothèques et conférer avec les savants illustres que l'Italie comptait en fort grand nombre. Après son retour, le cardinal de Tournon qu'il avait connu à Rome, «ayant appris que le roi souhaitait un précepteur pour ses fils les ducs d'Orléans et d'Anjou, présenta Amyot à Henri II qui lui donna cette charge dont il jouit le reste de son règne et sous celui de François II.» Le loisir, que lui laissaient ses fonctions de précepteur lui permit de terminer la translation en français des Vies des hommes illustres qui parut avec une dédicace à Henri II. La traduction des Œuvres morales de Plutarque ne put être achevée que sous le règne de Charles IX (connu auparavant sous le nom de duc d'Orléans), à qui l'ouvrage fut dédié. Le jeune roi n'avait pas besoin de cette circonstance pour se rappeler son précepteur, car dès le lendemain du jour de son avènement, (6 décembre 1560), il le fit son grand aumônier et le nomma aussi conseiller d'état et conservateur de l'Université de Paris. Il lui donna de plus l'abbaye de Roches au diocèse d'Auxerre et celle de Saint-Corneille, de Compiègne. «Le prince, dit le digne abbé Le Bœuf, l'appelait son maître lorsqu'il voulait lui parler familièrement; mais il lui fit aussi quelquefois des reproches, par exemple sur sa trop grande frugalité, en ce que pouvant faire bonne chère, il se contentait souvent de manger des langues de bœuf.»

Quelques années après, l'évêché d'Auxerre étant venu à vaquer par la mort du cardinal de la Bourdaisière «Charles IX, qui désirait ardemment l'avancement de son maître, (c'est le nom qu'il lui donnait toujours),» voulut que Jacques Amyot lui succédât. Celui-ci, ayant reçu les bulles de Rome, se fit sacrer et, avec l'assentiment du roi, partit bientôt après pour Auxerre où il arriva au mois de mai 1571.

Amyot était alors âgé de cinquante-huit ans; il avouait lui-même qu'il n'était ni théologien ni prédicateur, n'ayant presque étudié que des auteurs profanes. Mais il les laissa dès lors pour s'occuper assiduement de la lecture de l'Écriture Sainte et de celle des pères grecs et latins. La Somme de Saint Thomas d'Aquin lui devint si familière qu'il la possédait presque en entier. Il hésita longtemps à monter en chaire «parce qu'il se défiait beaucoup de ses forces et que la faiblesse de sa voix lui inspirait peu de courage», cependant malgré ses craintes, il réussit parfaitement au gré de ses auditeurs «et prêcha dans un style si clair et si châtié et en même temps si enrichi de sentences, que les savants sortaient de la prédication bien plus éclairés qu'ils n'y étaient arrivés et les ignorants n'en revenaient point sans être instruits de leurs devoirs et rendus meilleurs qu'auparavant.»

L'église d'Auxerre, comme plusieurs autres du diocèse, avait beaucoup souffert des spoliations des huguenots. Le nouvel évêque, comme il s'y était engagé par avance vis-à-vis des chanoines, fit don à la sacristie de la cathédrale de divers ornements dont elle avait le plus grand besoin, manquant même du nécessaire; il n'épargna rien ensuite pour rendre au chœur son ancien lustre; les chaires des chanoines furent refaites à neuf aussi bien que le trône épiscopal. Les grilles qui entouraient le sanctuaire et que les profanateurs avaient arrachées et emportées furent remplacées. Amyot fit don encore à son église d'un nouveau jeu d'orgues qui fut construit par le frère Hilaire, religieux de Notre-Dame-en-l'Ile à Troyes venu exprès pour la confection des tuyaux. Une grande partie du vitrail cassé par les calvinistes, fut aussi réparée aux dépens de l'évêque.

Ces bienfaits et beaucoup d'autres auraient dû rendre le prélat cher à son clergé comme à ses ouailles; il en fut ainsi les premières années, mais lors de l'explosion des passions populaires, soulevées par les guerres religieuses, tout fut oublié, la calomnie aidant. À Auxerre et dans le diocèse le parti de la Ligue était dominant. Amyot que Henri III, en succédant à son frère, s'était plu à maintenir dans ses fonctions de grand aumônier, en l'appelant aussi son maître, se rendait de temps en temps à la cour pour les fonctions de sa charge. Il se trouvait malheureusement à Blois lors de l'assassinat de Guise. Ce crime auquel il était complètement étranger, qu'il n'avait pas hésité à blâmer même dès qu'il en avait eu connaissance en le qualifiant «un cas si énorme qu'il n'y avait que le pape seul qui en pouvait absoudre» des gens passionnés et violents, comme il s'en rencontre toujours dans les grandes commotions populaires, voulurent qu'Amyot en eût été complice. Un certain Claude Trahy, gardien des cordeliers à Auxerre, le publia partout et même dans la chaire déclarant que non-seulement l'évêque et grand aumônier avait connu par avance l'attentat projeté, mais qu'il l'avait conseillé et que, le meurtre accompli, il avait donné au prince l'absolution sacramentelle.

Ces calomnies n'eurent que trop d'écho dans la ville où le cordelier jouissait d'un certain crédit et il réussit à prévenir absolument le populaire et même une partie de la bourgeoisie contre l'évêque que Trahy haïssait parce que les jésuites lui avaient été préférés pour la direction du collége. Amyot averti cru prudent d'ajourner son retour et d'attendre que, par la réflexion, le calme se fit dans les esprits et il ne se mit en route que plusieurs mois après, vers le temps du carême. Mais les ennemis du prélat avaient continué par leurs discours et même par des prédications d'entretenir l'irritation et, le mercredi saint, lorsqu'Amyot rentra dans sa ville épiscopale, il courut par deux fois risque de la vie; lui-même nous l'apprend dans le mémoire qu'il crut devoir écrire pour se justifier. «La pistole (pistolet) lui fut présentée à l'estomac par plusieurs fois et il y eut plusieurs coups d'arquebuse tirés, de sorte qu'il fut obligé pour se sauver la vie d'entrer promptement dans la maison d'un chanoine et passer de celle-là dans une autre, pour faire perdre sa trace à ceux qui le poursuivaient.» Sa crainte était d'autant mieux fondée que sur la place de St-Étienne il avait pu voir et entendre un émissaire du cordelier qui, armé d'une hallebarde, criait à pleine gorge: «Courage, soudard, messire Jacques Amyot est un méchant homme, pire que Henri de Valois. Il a menacé de faire pendre notre maître Trahy; mais il lui en cuira.»

L'influence du cordelier et de ses adhérents fut telle que l'évêque ne put officier dans la cathédrale et même il dut s'abstenir d'assister aux offices dans les jours les plus solennels; ses ennemis prétendaient et avaient fait croire qu'il était excommunié et suspendu à divinis comme ayant communiqué avec le roi et pour d'autres motifs qu'on ne précisait point. Pour ramener à l'obéissance les opposants soit du peuple, soit du clergé, il ne fallut rien moins que des lettres d'absolution en forme signées du cardinal Cajetan, avec défense au chapitre comme au frère Trahy de molester désormais leur évêque. Ces lettres, datées de Paris (6 février 1509), mirent fin à la persécution et le prélat, après avoir été félicité par cinq membres du chapitre au nom de leurs collègues, se vit réintégré dans toutes ses fonctions et n'eut plus à souffrir de nouvelles épreuves; aussi se fit-il un devoir comme un plaisir de résider dans son diocèse, ce qui lui fut d'autant plus facile que, par la mort de Henri III, tous ses liens avec la cour se trouvaient rompus.