El-Djouzdjâni choisit ce moment pour demander au cheïkh de rédiger un commentaire général des livres d'Aristote; Avicenne répondit qu'il n'avait pas le temps, mais que cependant, si Djouzdjâni ne désirait de lui qu'un exposé direct de ses opinions sans la réfutation des opinions adverses, il s'y mettrait; et il commença à rédiger la physique du Chifâ. Or déjà Avicenne avait écrit le premier livre de son Canon sur la médecine. Il mena de front la composition de ces deux énormes ouvrages. Tous les soirs, il réunissait dans sa maison des érudits et des étudiants; el Djouzdjâni lisait un passage du Chifâ, un autre assistant en lisait un du Canon, et l'on continuait ainsi alternativement jusqu'à ce que chacun eût lu à son tour; après quoi l'on buvait. On écrivait pendant la nuit parce que le temps de la journée était occupé par le service de l'émir. Ainsi se passait la vie du cheïkh à Hamadan. Mais son protecteur Chems ed-Daoulah, étant reparti en expédition contre un émir voisin, fut pris de colique en route et mourut.
Quand Chems ed-Daoulah fut mort, son fils fut proclamé à sa place; on demanda à Avicenne de se charger encore du vizirat; mais il refusa, et il alla se cacher dans la maison du droguiste Abou Gâlib où il continua ses travaux. Il composa là tous les chapitres de la physique et de la métaphysique du livre du Chifâ, à l'exception des deux traités des animaux et des plantes. Il écrivait cinquante folios par jour. Ne se sentant plus assez en sûreté à Hamadan, il adressa en secret une lettre à Alâ ed-Daoulah, l'émir d'Ispahan, pour lui demander de se rendre auprès de lui. Tâdj el-Mélik, qui était devenu tout-puissant à Hamadan, eut connaissance de cette lettre; il en fut mécontent et il mit des gens à la recherche du cheïkh. Celui-ci, ayant été dénoncé par quelques-uns de ses ennemis, fut pris et envoyé dans une forteresse appelée Ferdadjân. En y entrant, il récita un poème, où était ce vers: «Mon entrée est certaine, comme tu vois; tout le doute est dans la question de ma sortie.»
Il resta dans ce château quatre mois. A ce moment, Alâ ed-Daoulah fit une expédition à Hamadan; Tâdj el-Mélik, accompagné du fils de Chems ed-Daoulah, s'enfuit, et il vint chercher asile dans ce château même où était enfermé Avicenne. Alâ ed-Daoulah retourna peu après à Ispahan; Tâdj el-Mélik quitta alors son abri et rentra à Hamadan, ramenant avec lui le cheïkh. Celui-ci avait composé plusieurs ouvrages dans sa prison.
A la suite de ces événements, Avicenne, de plus en plus désireux de quitter Hamadan, sortit secrètement de cette ville, avec Djouzdjâni, son frère et deux domestiques, tous cinq déguisés en soufis. Après un pénible voyage, ils atteignirent Ispahan. Le philosophe fut bien reçu par Alâ ed-Daoulah; il trouva à sa cour les dignités et l'honneur dont un homme tel que lui était digne. Il se remit à travailler la nuit et à tenir des séances philosophiques, selon la méthode qu'il avait suivie à Hamadan. L'émir lui-même présidait ces séances, les nuits de vendredi. Avicenne composa beaucoup de livres dans la compagnie d'Alâ ed-Daoulah. Il acheva le Chifâ une année où il se rendit avec ce prince à Sâbour Khâst; en route il produisit encore plusieurs ouvrages, notamment le Nadjât.
Le philosophe continua à demeurer jusqu'à sa mort sous la protection d'Alâ ed-Daoulah. Un jour il fit remarquer au prince que les observations astronomiques des anciens se trouvaient suspendues dans l'empire musulman, par suite des troubles et des guerres, et qu'il serait bon de les reprendre. Alâ ed-Daoulah lui accorda aussitôt une subvention à cet effet. Le cheïkh chargea Djouzdjâni de présider à l'installation des instruments; mais les observations durent être abandonnées à cause de la fréquence des distractions et des voyages.
Avicenne composa encore dans cette période divers ouvrages, notamment celui qui porte le nom de son protecteur, le Hikmet el-Alâi, ouvrage en persan sur la philosophie. Djouzdjâni remarque avec étonnement que pendant les vingt-cinq années qu'il fut au service d'Avicenne, il ne lui vit jamais lire un livre nouveau de suite; il se reportait immédiatement aux passages difficiles, et d'après eux il jugeait l'ouvrage. Cette méthode ne nous surprendrait plus aujourd'hui.
Notre philosophe, dit pittoresquement son biographe, «avait puissantes toutes les puissances de l'âme; mais sa faculté dominante était la faculté érotique. Elle l'occupait souvent», et ces excès usèrent son tempérament. La cause de sa mort fut une colique qui lui arriva; il désirait tant en guérir qu'il prit huit lavements en un jour. Une partie de ses intestins fut ulcérée et une dysenterie se déclara. La prostration vint, qui suit la colique, et il tomba en un état de faiblesse qui ne lui permit plus de se lever. Il continua cependant à se traiter jusqu'à ce qu'il pût de nouveau marcher. Mais il ne se garda pas bien; il se livra à divers excès, et il fit beaucoup de mélanges dans ses traitements, ce qui l'empêcha de recouvrer tout à fait la santé. Il allait tantôt mieux et tantôt retombait.
On prétend qu'il avait ordonné un jour de mettre deux dânik de céleri dans une potion avec laquelle il se traitait, et que le médecin qui le soignait en mit pour cinq dirhems. L'acidité du céleri augmenta son mal. En outre son domestique jeta dans une de ses drogues une grande quantité d'opium. Ce domestique l'avait lésé en quelque chose, et il redoutait son ressentiment au cas où le cheïkh aurait guéri.
Alâ ed-Daoulah partit pour Hamadan; il emmena avec lui le cheïkh. Celui-ci fut repris de colique en chemin; arrivé à Hamadan, il se sentit à bout de forces et il comprit qu'il ne pourrait plus repousser la maladie. Alors il renvoya ses médecins et il se mit à dire: «Le gouverneur qui était dans mon corps n'est plus capable de le régir; maintenant tout remède est inutile.» Puis il tourna ses pensées vers son Seigneur. Il fit des ablutions, se repentit de ses péchés, distribua d'abondantes aumônes, affranchit ses esclaves, et tous les trois jours il marquait un sceau. Au bout de peu de jours il expira.
Sa mort arriva l'an 428 et sa vie avait été de 58 ans. Quelqu'un fit sur lui ces vers: «Le cheïkh er-Raîs n'a tiré aucune utilité de sa science de la médecine ni de sa science des astres. Le Chifâ ne l'a pas guéri de la douleur de la mort; le Nadjât ne l'a pas sauvé.»