Le complot, déjoué à la cour, n'en éclata pas moins en province. Montgomery, débarqué d'Angleterre, dirigea une prise d'armes dans la Basse-Normandie, et s'empara de quelques places; La Noue recommença la guerre autour de La Rochelle; les huguenots rouvrirent les hostilités dans le Dauphiné, la Provence et le Languedoc; le prince de Condé, qu'on se bornait à surveiller dans son gouvernement nominal de Picardie, s'était enfui en Allemagne, d'où il comptait ramener des troupes auxiliaires, en vue d'un soulèvement général des calvinistes français. Catherine de Médicis, à qui Charles IX, malade de corps et d'esprit, laissait tout le fardeau du gouvernement, déploya, dans cette crise, une remarquable activité. Trois armées furent simultanément mises sur pied: la première, commandée par Matignon, alla s'opposer à Montgomery, qu'elle força dans la ville de Domfront; la deuxième, sous les ordres de Montpensier, marcha contre La Noue; la troisième, avec le comte d'Auvergne, fils de Montpensier, qu'on appelait le prince Dauphin, fut envoyée dans le Dauphiné.
Au milieu de ces nouvelles luttes, Charles IX achevait de mourir. Le 30 mai 1574, il expira, laissant la régence à sa mère. Quoiqu'il eût criminellement abusé de son pouvoir sur la personne du roi de Navarre, il avait toujours eu pour ce prince des sentiments d'affection, et, au lit de mort, il les affirma avec quelque solennité: «Mon frère», dit-il à Henri après l'avoir embrassé, «vous perdez un bon maître et un bon ami. Je sais que vous n'êtes point du trouble qui m'est survenu. Si j'eusse voulu croire ce qu'on m'en voulait dire, vous ne seriez plus en vie. Je me fie en vous seul de ma femme et de ma fille: je vous les recommande.»
L'accueil que Henri III, à son retour de Pologne, fit au roi de Navarre et au duc d'Alençon, tenus en chartre privée par Catherine, eut l'apparence d'une mise en liberté. «La reine-mère, qui était venue de Paris à Lyon (au-devant de Henri III), dit Pierre Mathieu, poussa jusques au Pont-de-Beauvoisin pour le rencontrer. Elle lui présenta le duc d'Alençon et le roi de Navarre, lui disant: «Voici deux prisonniers que je vous remets; je vous ai averti de leurs fantaisies; c'est à vous d'en faire ce qu'il vous plaira». Le roi les embrassa, mais avec un peu de froideur, car un meilleur visage leur eût fait présumer qu'il ne croyait ce qu'elle venait de dire contre eux. Ils se mirent sur les excuses... Le roi leur dit: «Je vous donne la liberté, et ne veux pour cela autre chose de vous, sinon que vous m'aimiez et vous aimiez vous-mêmes, en vous préservant de ce qui vous peut nuire et offenser l'honneur de votre naissance.»
Les deux princes n'eurent qu'une médiocre confiance dans cette bonne grâce royale. Henri se contenta, pour le moment, des coudées franches dont on semblait lui faire l'octroi; mais le duc d'Alençon ne perdit pas de temps et se remit à conspirer. Le parti des Malcontents s'organisa sérieusement autour de lui, aidé par l'attitude du maréchal de Damville, gouverneur de Languedoc, qui venait d'établir, entre les catholiques «politiques» et les réformés, un pacte par lequel fut considérablement modifiée la situation générale. Au cours d'un de ces complots qui remplirent toute sa vie, le duc d'Alençon fut soupçonné par le roi d'avoir tenté de l'empoisonner, et Henri III essaya de s'entendre avec son beau-frère pour «se défaire de ce méchant». Henri eut beaucoup de peine à dissuader le roi, dont il ne voulut, à aucun prix, servir les rancunes.
Enfin, le 16 septembre 1575, après une feinte réconciliation avec Henri III, le duc d'Alençon quitta brusquement la cour, au moment où les troubles renaissaient de toutes parts, et où les reîtres venaient de passer la frontière, guidés par Guillaume de Montmorency, seigneur de Thoré. Le 10 octobre, Thoré était battu, entre Dormans et Château-Thierry, par le duc de Guise, qui reçut là sa balafre historique; mais la fuite de Monsieur jetait dans un trouble profond la politique royale, et Catherine tenta les plus grands efforts pour arriver à une pacification. A défaut d'un traité, dont les bases offraient des difficultés insurmontables, la reine-mère signa, le 22 novembre, une trêve générale de six mois. Quoiqu'elle en fît tous les frais, elle ne parvint à contenter personne: la trêve, mal observée, fut comme le signal d'une recrudescence d'hostilités, surtout de la part de Condé et de ses auxiliaires allemands. En quelques semaines, Monsieur et Condé comptèrent autour d'eux une armée de quarante mille hommes, Français ou étrangers, vivant, pour la plupart, aux dépens du Bourbonnais et du Berry.
Telle était la situation au mois de janvier 1576. Le roi de Navarre, entièrement effacé, presque oublié, pendant l'année précédente, n'en avait pas suivi d'un œil moins attentif la marche des événements, et l'heure lui sembla venue, sinon de s'y mêler avec éclat, du moins d'en profiter pour reconquérir sa liberté personnelle et son indépendance politique.