On retrouve malheureusement l'âpreté habituelle de La Harpe dans la manière dont il s'exprime sur les incrédules dans son Apologie de la religion, soit parce que, en psychologue de l'ancienne école, il sait mal apercevoir chez le même homme des qualités contradictoires, soit parce qu'il était malaisé d'apprécier la philanthropie de Voltaire et de Rousseau au moment où leurs disciples venaient de gouverner par la guillotine. Il va jusqu'à absoudre l'inquisition et les supplices d'hérétiques, sinon comme hérétiques du moins comme factieux. Mais l'intolérance, qui n'est pas en elle-même un signe de foi, n'est pas non plus un signe d'hypocrisie.
Quant au reproche souvent répété d'avoir sous la Terreur flatté et excité la démagogie, La Harpe ne le mérite point davantage.
Sans doute, il avait partagé à cette époque l'espérance haineuse que caressaient également Mirabeau, les Girondins et Robespierre, de voir bientôt disparaître le catholicisme. Il faut en croire l'abbé Morellet, quand il dit au chapitre XXII de ses Mémoires que La Harpe venait s'asseoir content de lui-même entre l'abbé Barthélemy et lui à l'Académie française, après avoir imprimé dans le «Mercure» contre les prêtres une satire sanglante: tel est en effet l'esprit qui inspire tous les articles de critique littéraire insérés alors dans ce journal par La Harpe[245], mais il ne faut pas faire de lui un pourvoyeur ni un panégyriste de l'échafaud.
1° Les expressions de la fameuse Ode lue au Lycée le 3 décembre 1792, où Palissot voit une glorification des massacres de septembre, s'appliquent au 10 août; les menaces que La Harpe y fait entendre visent les ennemis du dehors.
2° On a dit souvent qu'il avait, dès 1792, coiffé spontanément le bonnet rouge au lycée. Il s'est expliqué sur ce point dans le Mémorial du 10 juillet 1797; il y déclare que c'est au renouvellement des cours de 1794, et pour obéir à une disposition prise par les administrateurs du Lycée, qu'il s'en coiffa un instant, comme ses collègues Sue, Deparcieux, Le Hoc; et je n'ai pas vu que les deux journaux contre lesquels il se défend, dans cet article, d'avoir appuyé la Terreur, le Journal de Paris et le Rédacteur, feuille en partie officielle, contredisent cette réplique[246].
3° Attaqué sur ses articles du Mercure, notamment le 6 juillet 1797 par le Journal de Paris, La Harpe a prouvé victorieusement que, durant l'année 1793, longtemps encore après le 31 mai, il n'avait cessé d'y faire entendre à la Convention de sages et courageuses vérités[247]. Il est inutile de transcrire tous les passages qu'il cite, je me bornerai à cette phrase que j'ai relevée dans le Mercure même[248], sur l'imprudente déclaration de guerre faite aux puissances; après avoir dit que la politique d'un peuple libre ne doit être que la fermeté calme et intrépide d'une nation qui a proclamé son indépendance, et non l'orgueil insensé qui proclame la guerre contre tous les rois, il ajoute: «Nous avons fait de cruelles fautes, parce que l'ostentation d'un charlatanisme mercenaire a pris la place de ce courage tranquille et désintéressé qui caractérise les vrais républicains.» Qu'on lise les autres articles de 1793 auxquels il renvoie, et l'on avouera que peu de victimes des décemvirs avaient condamné plus fortement leur politique.
4° M. Aulard a très justement blâmé La Harpe, dans la Justice du 25 novembre 1889, d'avoir proposé, au club des Jacobins, le 17 décembre 1790, d'ôter des tragédies les maximes monarchiques, et, dans le Mercure du 15 février 1794, de faire disparaître sur les livres de la Bibliothèque nationale les armoiries royales; il s'est félicité à bon droit que La Harpe n'ait pas reçu satisfaction sur ce dernier point. Ces deux motions de La Harpe étaient à la vérité fort ridicules. Mais heureux qui, parmi les hommes en vue de cette époque d'affolement, n'a dénoncé que des vers, même classiques, et des armoiries, même artistiques, alors qu'autour de lui, par frénésie, par rancune ou par peur, tant d'autres demandaient ou accordaient la tête d'un Lavoisier, d'un André Chénier, d'un Malesherbes!
Il faut toutefois reconnaître que le courage de La Harpe a fini par faiblir, vaincu par la durée affreuse et l'accroissement incessant du péril. Il ne faut sans doute pas abuser contre lui d'une assertion de Laya déclarant, près de quarante ans après, avoir vu, au lendemain du 10 thermidor, une lettre pleine de flagornerie, que, du fond de sa prison, La Harpe aurait écrite à Robespierre à propos de son discours en l'honneur de l’Être suprême[249]; car, outre que la mémoire de Laya a pu le tromper sur l'existence ou sur l'auteur de cette lettre, il a pu à distance s'en exagérer la politesse. Mais il y a dans le Mercure de 1794 quelques passages que La Harpe n'a pas réussi à justifier. Il prétend que ce sont des expressions à double entente que ces épithètes de mémorable, de si constamment et si éminemment révolutionnaire qu'il applique le 15 février 1794 à la Commune de Paris dans un article de complaisance sur les poésies d'un de ses membres, Dorat-Cubières; il explique de même le passage du 8 mars, dans lequel il dit que, si l'on n'avait pas encore formé le projet de reviser les noms des rues de Paris, c'est qu'il n'y avait pas non plus de modèle de cette autorité révolutionnaire qui a produit tant de merveilles inouïes jusqu'à nos jours, parce qu'elle tient à un enthousiasme patriotique qui se porte sur tout et fait exécuter d'un commun accord ce qui, par sa nature, ne saurait se commander et ce que, partout ailleurs, on tenterait vainement. Mais en vérité, à lire ces deux articles, il est impossible d'y apercevoir l'ironie que l'auteur des courageux articles de 1793 avait peut-être voulu y mettre. Or, un compliment ironique dont l'intention moqueuse passe inaperçue ressemble fort à une flatterie.
Il se peut donc que La Harpe ait cédé à un moment de défaillance, mais il a racheté cette faiblesse, d'abord par sa détention de quatre mois (avril-juillet 1794) qu'il encourut pour avoir blessé les puissants du jour, soit dans leur fanatisme politique, soit dans leur vanité de littérateurs[250], puis par l'intrépidité avec laquelle, depuis sa sortie de prison, il lutta pour ses croyances. Si sa conversion ne l'a guère rendu plus charitable[251], ni plus modeste, elle l'a rendu plus courageux; c'est une nouvelle preuve qu'elle fut sincère.
On n'a voulu voir dans sa polémique de 1795 et de 1797 que l'emportement d'un zèle aussi impuissant qu'imprévu, comme si, à braver la Convention et le Directoire, il n'avait encouru que des épigrammes. N'est-ce donc rien que d'avoir dû se cacher un an après le 13 vendémiaire, deux ans après le 18 fructidor? On ne l'inquiéta pas durant ces retraites forcées; mais serait-il mort dans son lit si les agents de Larevellière l'avaient arrêté en 1797? La Décade du 10 frimaire an IX raille comme plat et injuste le mot de La Harpe, qu'au 18 fructidor on ne tuait plus, mais on faisait mourir; la bonne Décade prend apparemment pour une excursion de plaisance la déportation à la Guyanne, et croit que tout le monde en est revenu. Faut-il d'ailleurs oublier le dénuement auquel l'impossibilité de reparaître en chaire condamnait La Harpe[252]?