D'ailleurs on sut gré au clergé de prendre en main la juridiction du mariage et de tout ce qui touchait aux sacrements. Les prétentions de l'Église rencontrèrent peu de résistance, dans ce temps d'ignorance, de vexations où le peuple était habitué à trouver des défenseurs, parmi les évêques contre les brutalités des vainqueurs, où la procédure laïque n'était qu'un assemblage de règles grossières et d'oppressions déguisées, où enfin le clergé renfermait seul assez de science et d'équité, pour appliquer ce qui subsistait encore du droit romain, en y adaptant des principes conformes à la doctrine de l'Évangile et aux besoins du temps.
Ce fut donc à la fois pour étendre son influence sur le droit séculier et pour réhabiliter le mariage que l'Église s'attribua la connaissance des questions de validité et de nullité du lien conjugal et fit admettre des règles nouvelles de procédure et de droit, qui formèrent, peu à peu, le droit canon.
La jurisprudence fut d'abord assez indécise; après les Capitulaires de Charlemagne et l'application sévère faite par l'Église du principe de l'indissolubilité du mariage, on vit un nouveau temps d'arrêt. On se relâcha de cette sévérité et au onzième siècle les Assises de Jérusalem permettent à chaque époux de demander la répudiation au juge ecclésiastique, toutes les fois que l'autre époux est atteint d'une maladie qui rend la commune vie impossible[120]. L'époux malade est alors enfermé dans un couvent, l'autre peut se remarier, à condition d'assurer l'existence de son conjoint. «Le mari peut prendre un autre moullier (femme) par droit, puisqu'il sera parti de l'autre feme, qui ce sera rendue en ordre de religion.» Du reste, sauf cette exception l'Assise proclamait hautement l'indissolubilité du mariage: «La loi et l'Assise commande et dit que puisqué l'ome et la feme se sont prins par mariage, ils ne se peuvent partir, par aucun jour de leur vie, si ce n'est par mort ou non.»
Ainsi le principe était déjà universellement admis; à partir du douzième siècle, aucun concile ne permet plus le divorce entre chrétiens. Mais la séparation pouvait encore avoir lieu, lorsque l'un des époux voulait entrer en religion ou simplement lorsqu'il avait fait vœu de vivre, en état de parfaite continence.
Une décrétale d'Alexandre III[121] permit aux futurs de rompre unilatéralement le mariage, en entrant au couvent avant la consommation du mariage. Ces conditions étaient nécessaires: la réception des ordres sacrés ne suffisait pas à dissoudre le mariage non consommé; il fallait de plus que l'époux ordiné se retirât du monde[122]. De plus, si la séparation avait été indépendante de la volonté des conjoints, l'époux séparé par violence pouvait toujours venir reprendre vie commune, sans que l'autre pût s'y refuser[123]. A partir du treizième siècle, on distingua donc deux périodes dans le mariage: «matrimonium ratum et consummatum, et matrimonium ratum sed non consummatum.» On ne pouvait rompre désormais le mariage consommé que pour vivre, dans une continence perpétuelle.
Le corpus juris canonici précisa de nouveau les causes de séparation. Outre les cas déjà admis, l'adultère, l'hérésie, la maladie incurable et le vœu de la chasteté, le droit canonique en reconnaissait un nouveau: la séparation était permise à l'époux, qui était empêché, par son conjoint, d'accomplir ses devoirs religieux.
Si du droit canonique nous passons aux anciennes coutumes, nous y verrons la trace évidente de l'influence canonique, en ce sens que des faits, jusqu'alors jugés assez graves pour entraîner le divorce, n'étaient plus que les causes d'une simple séparation.
Beaumanoir, dans la Coutume de Beauvoisis[124] énumère les cas de séparation que les femmes peuvent invoquer contre les maris: «Bonne cause, dit-il, a la fame de soi partir de son mary en dépeçant du tout le mariage ou en soi eslongier de lui, quand elle a mary qui la veut fére peschier de corps..... quand les maris les menacent à tuer ou à voler, quand ils ne vuelent donner ne boire ou ne manger ne vestir, quand mary vient vendre la terre de ferme ou son domaine par forche, quand il la boute hors, par sa volonté sans meff à la fame, quant elle s'empart pour che que, il tient autre fame, en sa méson à la veue et la seue des voisins.»
Dans la Somme rurale, Jehan Bouteiller signale deux causes de séparation: «Quand les époux, parents l'un de l'autre à un degré prohibé, n'avaient pas obtenu les dispenses pontificales et quand le mari était impuissant ou incapable de payer «ce que les clercs appellent, la dette conjugale[125].»» La femme dont le mari était absent ne pouvait se remarier, tant qu'elle n'avait pas la preuve certaine de sa mort. Cependant, au bout de sept ans, si l'opinion générale est qu'il est mort, ou bien si un témoin, au moins, affirme qu'il l'a vu mort, dans tel lieu et d'autres qu'ils sont allés sur son tombeau ou ont assisté à ses obsèques, la femme a la faculté de se remarier. Nous trouvons enfin, dans les Institutes coutumières de Loysel, une disposition concernant l'adultère de la femme: la femme est privée de tout droit au douaire et ne peut réclamer sa dot.