Mais des cris de guerre et des formules de malédiction sont des témoignages bien vagues pour une recherche de la réalité historique. Il faut laisser retomber la poussière de ce champ de bataille, si l'on veut apercevoir clairement quelle fut l'action de l'empereur contre le Saint-Siège et l'Église chrétienne.

Il est, avant tout, certain qu'il n'a jamais tenté de provoquer un schisme dans l'Église. Il appelait avec mépris Milan «la sentine des patarins». A ses ennemis implacables, Grégoire IX et Innocent IV, il n'a point opposé d'antipape. Il n'a point soutenu le faux pape de 1227 qui, appuyé par les barons romains, siégea ix semaines à Saint-Pierre. Il invoquait Dieu à témoin de sa fidélité au symbole approuvé par l'Église romaine, selon la discipline universelle de l'Église. Sur son lit de mort, écrit son fils Manfred au roi Conrad, «il a reconnu d'un cœur repentant, humblement, comme chrétien orthodoxe, la sacro-sainte Église romaine, sa mère». Ainsi, jusqu'à la fin, il maintint son adhésion extérieure au christianisme romain. En 1242, dans le long interrègne qui suivit la mort de Célestin IV, et au moment où il revenait sans cesse en face des murs de Rome, que défendaient contre lui les barons guelfes, il écrivait aux cardinaux d'une façon aussi pressante que saint Louis lui-même, sur la nécessité de rendre sans retard à l'Église son pasteur suprême. Innocent IV élu, il le félicita avec des paroles toutes filiales; mais, six mois plus tard, il menaçait le Sénat et le peuple romain de sa colère si Rome ne se soumettait point «au maître absolu de la terre et de la mer, dont tous les désirs doivent s'accomplir». En avril 1244, il annonçait à Conrad sa réconciliation avec le pape, il se réjouissait d'avoir été admis par le pontife, en sa qualité de «fils dévot de l'Église, et comme prince catholique, dans l'unité de l'Église»; mais il ajoutait: «comme fils aîné et unique, et patron de l'Église, sicut primus et unicus Ecclesie filius et patronus, notre devoir est d'en favoriser la grandeur.... Nous tâchons de toutes nos forces, nous souhaitons d'un cœur sincère cette réformation de l'Église qui nous donnera la paix, ainsi qu'à nos amis et fidèles, pour toujours.»

Voilà des paroles qui éclairent singulièrement l'histoire religieuse de Frédéric II. Le patron, le protecteur de l'Église, pour lui, n'est autre que le maître absolu de l'Église. Il entend que celle-ci se courbe, aussi docilement que la noblesse féodale et les villes, sous la loi rigide de l'État. Il prétend disposer des choses ecclésiastiques aussi librement que des intérêts séculiers de l'empire. Il écrivait déjà en 1236, à Grégoire IX, au sujet de la collation des bénéfices: «Vous vous irritez de ce que nous ayions choisi des personnes jeunes et indignes.... Mais n'est-ce pas, en vertu du droit divin, un sacrilège de disputer sur les mérites de notre munificence, c'est-à-dire sur la question de savoir si ceux que l'empereur nomme sont dignes ou non?» Il écrira, en 1246, à tous les princes de la chrétienté: «Le pontife n'a le droit d'exercer contre nous aucune rigueur, même pour causes légitimes.» En 1248, dans une épître à l'empereur de Nicée, son gendre, il se plaint amèrement des rapports insupportables que les princes de l'Occident ont avec les chefs de l'Église latine; dans tous les troubles de l'État, toutes les révoltes et toutes les guerres, il dénonce la main toujours présente de l'Église, qui abuse d'une liberté pestilentielle. Pour lui l'Orient seul, l'Orient schismatique de Byzance et les khalifats musulmans ont résolu le problème des relations entre l'Église et l'État; ils n'ont point affaire à des pontifes-rois; chez eux, la société cléricale n'est point un corps politique. Ceci est la plaie de l'Europe et de l'Occident. L'Asie est bien heureuse: elle jouit de la paix religieuse; la puissance du prince n'y connaît point de limite, parce que là-bas, en dehors du sanctuaire, l'Église n'existe plus.

Mais ce protectorat impérial, ce gouvernement césarien de l'Église par le maître de l'empire a pour condition nécessaire la réformation de l'Église. Ce n'est point assez que le pape et les évêques n'aient plus aucune action politique, que la souveraineté temporelle du pape à Rome disparaisse aussi bien que la souveraineté féodale des évêques dans leur diocèse. Il faut encore que la hiérarchie ecclésiastique renonce à sa force sociale, que le champ de son influence soit borné à l'apostolat direct des consciences, que, pour elle, les chrétiens ne soient plus les membres d'une société politique, mais simplement des âmes individuelles. Dans son encyclique de 1246, Frédéric écrivait: «Les clercs se sont engraissés des aumônes des grands, et ils oppriment nos fils et nos sujets, oubliant notre droit paternel, ne respectant plus en nous ni l'empereur ni le roi.... Notre conscience est pure, et, par conséquent, Dieu est avec nous; nous invoquons son témoignage sur l'intention que nous avons toujours eue de réduire les clercs de tous les degrés, et surtout les plus hauts d'entre eux, à un état tel qu'ils reviennent à la condition où ils étaient dans l'Église primitive, menant une vie tout apostolique et imitant l'humilité du Seigneur. Les clercs de ce temps conversaient avec les anges, faisaient d'éclatants miracles, soignaient les infirmes, ressuscitaient les morts, régnaient sur les rois par la sainteté de leur vie et non par la force de leurs armes. Ceux-ci, livrés au siècle, enivrés de délices, oublient Dieu; ils sont trop riches, et la richesse étouffe en eux la religion. C'est un acte de charité de les soulager de ces richesses qui les écrasent et les damnent.» En 1249, il accuse, en face de la chrétienté entière, Innocent IV d'avoir séduit le médecin qui, à Parme, tenta d'empoisonner l'empereur; il invoque le concours de tous les princes pour le salut de «la sainte Église, sa mère», qu'il a, dit-il, le droit et la volonté «de réformer pour l'honneur de Dieu».

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Grégoire IX dit quelque part de Frédéric II: «Il ment au point d'affirmer que tous ceux-là sont des sots qui croient qu'un Dieu créateur de l'univers et tout-puissant est né d'une vierge.... Il ajoute qu'on ne doit absolument croire qu'à ce qui est prouvé par les lois des choses et par la raison naturelle.» Telle était en effet la véritable hérésie de l'empereur. Il ne s'agit plus, ici, de réduire la puissance politique de l'Église, d'enlever aux papes la direction supérieure de la chrétienté; c'est le prestige même de la foi chrétienne qu'il veut atteindre, et, de même qu'il a sécularisé l'État, en soumettant toutes les forces de la société, l'Église comme les autres, à la volonté d'un seul maître, il sécularise la science, la philosophie, la foi, en leur donnant pour maîtresse unique et souveraine la raison.

Frédéric II se préoccupait sincèrement des hauts problèmes philosophiques, non point comme un chrétien qui demande à la sagesse profane la confirmation de sa foi, mais comme un esprit libre qui aspire à la vérité, quelque affligeante qu'elle puisse être pour les croyances communes de son siècle. Il dirigeait à sa cour une véritable académie philosophique. Un disciple des écoles d'Oxford, de Paris et de Tolède, Michel Scot, chrétien régulier, que protégea Grégoire IX, lui avait apporté en 1227, traduits en latin, les principaux commentaires aristotéliques d'Averroès et, entre autres, celui du Traité de l'Ame. En 1229, l'empereur, tout en négociant avec le Soudan, chargeait les ambassadeurs musulmans de questions savantes pour les docteurs d'Arabie, d'Égypte et de Syrie. Plus tard il interrogeait encore sur les mêmes points de métaphysique le Juif espagnol Juda ben Salomo Cahen, l'auteur d'une encyclopédie, l'Inquisitio sapientiæ; il renouvelait enfin, vers 1240, cette enquête rationnelle, dans le monde entier de l'islam, puis près d'Ibn Sabin de Murcie, le plus célèbre dialecticien de l'Espagne. Celui-ci répondit «pour l'amour de Dieu et le triomphe de l'islamisme», et le texte arabe de ses réponses est conservé, sous le titre de Questions siciliennes, avec les demandes de l'empereur, dans un manuscrit d'Oxford. «Aristote, interrogeait Frédéric, a-t-il démontré l'éternité du monde? S'il ne l'a pas fait, que valent ses arguments? Quel est le but de la science théologique, et quels sont les principes préliminaires de cette science, si toutefois elle a des principes préliminaires, entendons, si elle relève de la pure raison? Quelle est la nature de l'âme? Est-elle immortelle? Quel est l'indice de son immortalité? Que signifient ces mots de Mahomet: «Le cœur du croyant est entre les doigts du miséricordieux?»