De ce rôle d'abbesse elle accepta donc sans réserve et accomplit avec un zèle éclairé le devoir de guider les religieuses de Jouarre dans les voies de l'ordre et de la paix, de veiller sur leur bien-être moral et physique, de les former à l'exercice de la charité; et, en sa qualité de protectrice des intérêts temporels de la communauté, elle satisfit à l'obligation d'administrer avec vigilance et intégrité les biens qui appartenaient à celle-ci. Mais, quant aux règles dont ce même rôle d'abbesse impliquait, dans l'ordre spirituel, l'observation, elle se dégagea loyalement, sans blesser la liberté d'autrui, de celles qui froissaient ses convictions et ne s'abstint de répudier que celles à la pratique desquelles elle pouvait, sans hypocrisie, condescendre.
Agir ainsi, c'était faire preuve à la fois de droiture et de courage. Il n'en pouvait pas être autrement d'un cœur gagné, dans la captivité du cloître, aux pures doctrines de l'Évangile, et n'aspirant qu'à y demeurer fidèle.
Il serait intéressant de saisir les traces de l'allègement que purent apporter aux rigueurs du sort de Charlotte de Bourbon ses relations avec quelques notables personnalités du protestantisme français, dont, antérieurement à l'année 1572, la sympathie et les encouragements la soutinrent, probablement, dans ses efforts pour sortir de la vie monastique; mais les traces historiques sur ce point sont extrêmement rares; elles se limitent à peu près à une correspondance de Jeanne d'Albret, que nous reproduirons plus loin, et à une déclaration des religieuses de Jouarre, portant: que Charlotte recevait, à l'abbaye, quelques personnes professant la religion réformée, et spécialement les sieurs François et Georges Daverly, «qui étoient ordinairement à son conseil, et auxquels elle accordoit grande faveur[23].»
Réduit, en dehors de la correspondance et de la déclaration dont il s'agit, à de simples conjectures, nous ne pouvons que supposer l'existence, d'ailleurs fort naturelle, d'un affectueux appui accordé à la jeune abbesse, dans l'isolement où la laissait la mort de sa mère, soit, avant tout, par sa sœur aînée, la duchesse de Bouillon[24], et peut-être même par une autre de ses sœurs, Anne de Bourbon, mariée en 1561 au jeune duc de Nevers, soit par sa cousine et son cousin, la princesse et le prince de Condé, soit par Mmes de Roye, de Coligny, d'Andelot, et autres femmes chrétiennes, d'une condition analogue à celle de ces dames.
Quoi qu'il en soit à cet égard, une chose demeure certaine: c'est que, dans le laps ci-dessus indiqué de onze années (1561 à 1572), Charlotte de Bourbon suivit avec un intérêt toujours croissant la marche des circonstances extérieures, dont quelques-unes devaient, à un moment donné, influer sur sa destinée. Les principaux acteurs du grand drame religieux et politique dont la France fut alors le théâtre, la préoccupaient fortement, en deux sens opposés: les uns, les persécuteurs, ne lui inspiraient qu'aversion et qu'effroi; les autres, les persécutés, que sympathie et que respect. Au premier rang des généreux défenseurs de ces derniers apparaissait à ses yeux l'amiral de Coligny, duquel elle se montra toujours sincère admiratrice.
D'une autre part, alors que ses pensées se reportaient vers les divers membres de sa famille, qu'elle savait être plus ou moins engagés dans le conflit des événements contemporains, à peine osait-elle s'arrêter à la constatation, poignante pour son cœur de fille, des cruautés commises par le duc de Montpensier, devenu, dans son fanatisme, l'implacable ennemi des réformés, et, dans sa servilité, le suppôt des Guises, surtout à dater de 1562[25].
Avec les culpabilités de la vie publique d'un tel homme devait inévitablement coïncider la dépression de sa vie privée; aussi, que fut-il désormais comme père?
S'agissait-il de son fils: il restait sans autorité morale pour le guider dans la carrière dont l'accès lui avait été ouvert. Afin d'y marcher avec honneur, il fallait à ce fils autre chose que l'exemple des déviations paternelles.
Quant aux cinq filles, quelle était vis-à-vis d'elles, la contenance du duc?
Deux d'entre elles s'étant, si ce n'est peut-être de leur plein gré, du moins sans aucun murmure, pliées à la vie du cloître, ce dont son bigotisme s'applaudissait, il n'eut d'autre souci que celui d'aviser à ce qu'elles y restassent indéfiniment confinées; comme il laissa confinée dans son deuil une autre de ses filles, la duchesse de Nevers, devenue veuve en 1562.