Cela nous suffit pour juger qu'une transformation réelle s'était opérée alors dans l'âme de la duchesse, et que cette transformation dérivait de sa récente adhésion aux principes évangéliques, remis en honneur, au sein de la France, par les réformés. Cette adhésion, quelque restreinte peut-être qu'en ait été originairement la manifestation, n'en constitue pas moins, à nos yeux, un fait capital, que nous tenons d'autant plus à mettre en relief que les écrivains contemporains se sont bornés à l'énoncer transitoirement, sans en apprécier d'ailleurs la portée considérable.
Du fait générique d'une transformation ainsi opérée, sous l'influence du sentiment religieux, découlèrent, comme autant de corollaires, divers faits particuliers, dont chacun, dans sa spécialité, était singulièrement expressif. Leur énumération doit trouver ici sa place.
Tandis que le duc de Montpensier n'obéissait qu'à une aveugle ambition, qui, d'accord avec les suggestions de son étroit bigotisme, l'abaissait au niveau d'une honteuse servilité vis-à-vis des Guises et du gouvernement espagnol[11], Jacqueline de Long-Vic devenait un modèle de droiture, de tolérance et de dévouement. L'histoire la représente, au milieu des agitations de l'époque, comme une femme «d'un courage et d'une prudence au-dessus de son sexe, qui ne cherchoit que la paix et la tranquillité publique[12].»
Catherine de Médicis, qui la savait attachée à la religion réformée, ne l'en tenait pas moins pour «l'une de ses plus privées amies[13]». On lit dans une relation de l'ambassadeur vénitien J. Michiel[14]: «Le duc de Montpensier ne se mêle pas des affaires, mais, en revanche, sa femme le fait bien pour lui. Elle est gouvernante et première dame d'honneur de la reine, très familière avec elle, et elle en obtient tout ce qu'elle veut.»
Lors de la trame ourdie, en 1560, par la cour, à Orléans, contre Louis Ier et Antoine de Bourbon, Marillac, archevêque de Vienne, rappelant à la duchesse de Montpensier, dont il possédait toute la confiance, une promesse qu'elle lui avait faite naguère, de s'opposer, en temps opportun, aux desseins des Guises, lui signala les mesures à prendre pour tenter de détourner le coup que voulaient frapper les ennemis de la France et des princes du sang[15]. Il lui conseilla, entre autres choses, d'engager son gendre, le duc de Bouillon, à recevoir les enfants du prince de Condé dans Sedan et Jametz, et à consentir qu'on enfermât dans ces places les enfants ou les frères du duc de Guise, si l'on réussissait à les prendre, parce que leur vie répondrait de celle des Bourbons. La duchesse mit à exécution le conseil de Marillac, en envoyant un messager éprouvé au duc de Bouillon et aux princes protestants d'Allemagne, pour gagner leur concours à la cause des princes du sang.
Les rigueurs exercées, à ce moment, contre Antoine et Louis Ier de Bourbon, ainsi que contre la belle-mère de ce dernier, n'arrêtèrent ni le zèle ni le courage de Jacqueline de Long-Vic. Au risque de se voir, à son tour, traitée comme la comtesse de Roye, incarcérée alors au château de Saint-Germain, elle se prévalut de la familiarité, non ébranlée encore, de sa liaison avec Catherine de Médicis, pour plaider, en sa présence, la cause du prince de Condé, de sa belle-mère, et de son frère. Elle conjura la reine mère de se défier de l'arrogante puissance des Guises, de ne pas attendre que la mort du roi de Navarre et du prince l'eût portée au comble, et d'opposer aux Lorrains factieux la noblesse de France, qui, s'il le fallait, prendrait contre eux les armes[16].
Elle donna de nouveau ses conseils lorsque s'agita la question de savoir qui serait appelé aux fonctions de chancelier de France, en remplacement d'Olivier. «La duchesse de Montpensier, dit de Thou[17], favorite de la reine mère, princesse d'un esprit élevé, ne voyoit qu'avec peine, que la puissance des Lorrains croissoit de jour en jour; et communiquant ses chagrins à Catherine de Médicis, qui commençoit à redouter la violence de ces princes, elle persuada à cette reine ambitieuse que, si elle vouloit gouverner, elle devoit choisir un homme ferme et courageux qui s'opposât à leurs desseins,» en d'autres termes, Michel de l'Hospital. Ce fut, en effet, à cet homme si recommandable, à tant de titres, que les sceaux furent confiés.
Dans d'autres circonstances encore, la duchesse de Montpensier fit un noble usage du crédit dont elle jouissait.
Atteinte, en 1561, d'une grave maladie, elle donna de touchantes preuves de sa foi et de sa résignation, sous le poids de longues souffrances. Le ministre Jean Malot l'assista à ses derniers moments[18].
Elle succomba, le 28 août 1551, laissant après elle d'unanimes regrets.