Huss répondit qu'il ne pouvait pas abjurer ce qu'il n'avait pas enseigné, et qu'il était contre sa conscience de nier la vérité de doctrines dont on ne lui avait pas prouvé la fausseté. On l'invita à se soumettre dans le moment; on lui promit d'adoucir les termes du désaveu qu'il devait signer. Toutes les représentations, toutes les prières, le trouvèrent insensible; il déclara que Dieu jugerait entre le concile et lui, et fut ramené dans sa prison.
L'empereur Sigismond semble avoir redouté l'influence d'un particulier qui jouissait d'une popularité si grande en Bohême et même en Pologne. Quel que soit le motif de son changement, il conseilla aux cardinaux de ne pas croire Jean Huss, s'il rétractait ses opinions, et de le condamner comme hérétique. Si on le laissait retourner en Bohême, il détacherait de l'Église cette contrée tout entière et la Pologne, où son hérésie avait pénétré; il ne fallait pas différer son supplice, il voulait y assister et il promettait le même traitement à Jérôme de Prague, le plus ardent et le plus capable de ses disciples. Ces paroles, si agréables aux cardinaux, furent entendues des nobles de la Bohême qui avaient accompagné Jean Huss, et de Pierre Mladenowicz, disciple de Huss. Ce dernier avait suivi son maître à Constance, il assista à son procès et à son supplice, et a laissé une histoire de ce procès, à laquelle nous avons emprunté notre récit. Les nobles et Pierre Mladenowicz allèrent immédiatement prévenir Jean Huss du sort qui l'attendait, et l'exhorter, puisqu'il devait sceller de sa mort ses opinions, à ne pas céder sur un seul point à ses adversaires. Avec le caractère de Jean Huss, la recommandation était superflue. Ils firent connaître aussi à leurs partisans de Bohême la conduite de l'empereur. Cette nouvelle souleva de grandes agitations, on tint des assemblées dans plusieurs villes et on envoya au concile des représentations qui devaient être aussi inutiles que les précédentes.
Les lettres que de sa prison Jean Huss adressait à ses partisans, devenaient plus ardentes à mesura que sa fin approchait. Il les exhortait sans cesse à ne croire que la parole du Christ, à résister fermement au concile, qui traitait les Bohémiens en ennemis en refusant de les convaincre par le raisonnement, et à rester fidèlement attachés à la communion sous les deux espèces que le Christ et ses apôtres avaient introduite. Jean Huss insista davantage sur cette doctrine, lorsque le concile eut rendu un décret pour interdire aux laïques l'usage du calice, et déclaré hérétiques tous ceux qui résisteraient à sa décision.
Le concile présenta à Jean Huss différentes formules d'abjuration où il rétractait ses opinions et se soumettait à l'Église.
Les plus illustres cardinaux le visitèrent souvent dans sa prison, et par la persuasion, les promesses et les offres de toute sorte, essayèrent d'obtenir de lui une rétractation. Plusieurs députations du concile discutèrent avec lui sur les points condamnés, mais ne purent ébranler les convictions qu'il avait de leur vérité. Il leur demandait des preuves tirées de l'Écriture ou du sens commun, tandis qu'ils ne lui apportaient que des décisions de conciles et lui demandaient une soumission absolue à leur autorité.
Le 1er juillet, Jean Huss envoya au concile sa dernière déclaration: il ne pouvait pas, il ne voulait pas abjurer aucune de ses opinions, avant qu'on lui eût prouvé leur erreur l'Écriture à la main.
Le concile ayant perdu l'espoir d'amener Huss à une rétractation, fixa son supplice au 6 juillet 1415. En ce jour, une immense réunion de princes et de seigneurs ecclésiastiques et laïques, eut lieu sous la présidence de l'empereur, dans la cathédrale de Constance. On avait dressé dans la nef un échafaud élevé, avec une petite cellule en bois où étaient suspendus les vêtements d'un prêtre catholique romain. À la vue de cet appareil, Huss comprit ce qu'il signifiait. Il se jeta alors à genoux, et se mit à prier, prosterné à terre. Pendant ce temps, l'évêque de Londres adressait à l'empereur, assis sur un trône, un long discours qui se terminait ainsi:
«C'est pour cette sainte œuvre que vous avez été choisi par Dieu, élu dans le ciel plutôt que sur la terre, placé sur le trône par le Roi du ciel plutôt que par les princes de l'Empire, c'est pour détruire par le glaive impérial les hérésies et les erreurs que nous avons condamnées. Dieu vous a accordé pour l'accomplissement de cette sainte mission, la sagesse de la divine vérité, le pouvoir de la majesté royale, en vous disant: «Je place ma parole dans ta bouche, et je t'inspire ma sagesse, je t'ai élevé au-dessus des nations et des royaumes, je t'ai soumis les peuples pour que tu exécutes mes jugements et détruises l'iniquité.» Frappez donc les hérésies et les erreurs, frappez surtout cet hérétique obstiné, dont la méchanceté et la pestilence ont infecté plusieurs royaumes. Voilà l'œuvre qui vous est assignée, glorieux prince, voilà l'œuvre que vous devez accomplir, puisque l'autorité de la justice vous appartient. La bouche des enfants et des nouveau-nés chantera elle-même vos louanges, et votre mémoire vivra éternellement pour avoir détruit de si grands ennemis de la vraie foi: puisse Jésus-Christ vous accorder la grâce d'accomplir votre pieuse mission.»
Après ces odieuses paroles, on lut du haut de la chaire, le résumé du procès de Jean Huss. Jean Huss essaya en vain de présenter quelques observations relatives à divers passages de ce résumé, puis, reconnaissant l'inutilité de ses efforts, il se mit à genoux et se recommanda à Dieu et à son Sauveur. Mais un évêque l'ayant accusé de s'être donné pour la quatrième personne de la Divinité, il défia l'évêque de lui citer personne qui l'ait entendu s'exprimer ainsi, et comme l'évêque ne pouvait répondre, il s'écria: «Quel est mon malheur d'entendre de tels blasphèmes! j'en appelle à vous, ô Christ, dont ce concile condamne publiquement la parole.» On lut ensuite la sentence du concile qui condamnait au feu les écrits de Jean Huss, le dégradait lui-même de la dignité ecclésiastique, et le livrait au pouvoir temporel. Après la lecture de la sentence, sept évêques s'approchèrent de Jean Huss et l'invitèrent à se revêtir des vêtements sacerdotaux. Ils l'engagèrent ensuite à rétracter ses erreurs, au nom de son honneur et de son salut éternel. Jean Huss monta sur l'échafaud sans répondre et s'adressa ainsi à la foule qui se pressait dans l'Église: «Les évêques m'ordonnent de confesser devant vous mes erreurs; si cette rétractation n'eût entraîné que la perte de mon honneur mortel, peut-être m'auraient-ils persuadé de satisfaire leur désir. Mais je suis ici sous les yeux du Dieu Tout-Puissant, et je ne puis les contenter sans déshonorer son nom et sans m'exposer moi-même aux reproches de ma conscience. Je n'ai jamais enseigné ce qu'on me reproche: j'ai toujours cru, écrit, enseigné et prêché le contraire. Pourrais-je lever les yeux au ciel, pourrais-je regarder en face ceux que ma voix a instruits et dont le nombre est si grand, si j'avais ébranlé dans leur cœur des croyances aussi saintes? Mon exemple a-t-il jeté dans le doute et l'incertitude tant d'âmes, tant de consciences, éclairées par les propres paroles de la Sainte-Écriture, par la pure doctrine de l'Écriture, et ainsi mises en garde contre les atteintes du mal? Non, non, j'ai toujours regardé le salut de tant d'âmes comme plus précieux que la conservation de leur corps périssable.» Les évêques interrompirent ses paroles, le firent descendre et le dégradèrent de sa dignité sacerdotale. Un évêque lui prit des mains le calice en disant: «Ô Judas, maudit pour avoir abandonné les voies de paix et conspiré avec les Juifs, nous te retirons la coupe du salut.» Huss, répondit: «J'ai confiance dans Dieu le Père et dans Jésus-Christ, je souffre en leur nom, et ils ne me retireront pas la coupe du salut. J'ai même la ferme assurance de m'y abreuver aujourd'hui dans son royaume.» Chaque évêque s'approchait de lui à son tour et lui retirait un vêtement sacerdotal en maudissant ses hérésies. À chacun, Huss répondait qu'il souffrait patiemment ces blasphèmes en considération de Jésus-Christ, son divin maître. À la fin de la cérémonie, quand il s'agit d'enlever la tonsure cléricale, quelques évêques voulaient se servir de rasoirs, les autres employer des ciseaux. Huss se retourna du côté de l'empereur qui, de son trône, voyait cette contestation, et lui dit avec calme: «Je m'étonne, qu'étant aussi cruels les uns que les autres, ils ne soient pas même d'accord sur leurs cruautés.» Enfin, ils se décidèrent à couper avec des ciseaux la peau du sommet de la tête. Après cette cruelle opération, ils annoncèrent que l'Église, l'ayant privé de tous ses ornements et priviléges, ils n'avaient plus qu'à le livrer à l'autorité temporelle. Ils se rappelèrent, cependant, qu'ils avaient oublié quelque cérémonie, et ils apportèrent un capuchon en papier où l'on avait représenté trois horribles figures de démons avec cette inscription: «Hérésiarque.» Huss s'écria en voyant le capuchon: «Notre Seigneur Jésus-Christ a porté pour moi une couronne d'épines, pourquoi ne porterais-je pas pour la glorification de son nom cet ignominieux capuchon.» Les évêques lui posèrent le bonnet sur la tête en disant: «Nous livrons ton corps aux flammes et ton âme aux démons.» Huss se contenta de lever les yeux et de dire: «Ô Jésus-Christ, je remets entre tes mains mon âme que tu as rachetée.»
Les évêques retournèrent alors trouver l'empereur, et livrèrent Jean Huss au pouvoir séculier. Sigismond ordonna au duc de Bavière, qui était placé à ses pieds, le globe impérial dans la main, de recevoir Jean Huss des mains des évêques, et de le livrer aux exécuteurs.