L'exécution avait été fixée au 23 mai 1498, à neuf heures du matin, sur la place de la Seigneurie, devant le Palazzo Vecchio, à l'endroit même où avaient eu lieu «le bûcher des vanités» et le «duel du feu».
Un grand bûcher avait été dressé, et au-dessus une potence, un large tronc d'arbre planté en terre avec une planche transversale supportant trois cordes et des chaînes. En dépit des efforts des charpentiers, qui raccourcissaient ou rallongeaient la transversale, la potence avait l'aspect d'une croix.
Une foule aussi compacte que le jour du duel du feu avait envahi la place, les fenêtres, les loggia et les toits des maisons. Du palais sortirent les accusés: Girolamo Savonarole, Domenico Buonvincini et Silvestro Maruffi.
Lorsqu'ils eurent fait quelques pas, ils s'arrêtèrent devant la tribune de l'ambassadeur du pape Alexandre VI. L'évêque se leva, prit le frère Savonarole par la main et récita les paroles d'excommunication d'une voix mal assurée, sans lever les yeux sur le moine qui le fixait. Il intervertit la dernière phrase:
—Separo te ab Ecclesia militante atque triumphante. Je te sépare de l'Eglise combattante et triomphante.
—Militante, non triumphante—hoc enim tuum non est. Combattante mais non triomphante, cela n'est pas en ton pouvoir, rectifia Savonarole.
On arracha les vêtements des accusés, leur laissant seulement la chemise, et ils continuèrent leur chemin. Ils s'arrêtèrent par deux fois encore, d'abord devant la tribune des commissaires apostoliques pour entendre la lecture de l'arrêt, enfin devant la tribune des Huit Notables de la république Florentine, qui déclarèrent la peine de mort au nom du peuple.
Durant ce trajet, fra Silvestre, buttant, faillit tomber. Domenico et Savonarole également. On découvrit par la suite que les gamins, anciens soldats de l'armée sacrée, cachés sous le plancher, avaient introduit des pointes de lance dans les interstices pour blesser les condamnés.
Fra Silvestro Maruffi devait monter le premier à la potence. Il conservait son expression indifférente, comme s'il ne s'en rendait pas compte, et grimpa les marches. Mais lorsque le bourreau lui passa la corde au cou, il s'accrocha à l'échelle, leva les yeux au ciel et cria:
—Entre tes mains, Seigneur, je remets mon âme!