Trivulce avait trop peu d'hommes pour pouvoir se défendre contre une population de trois cent mille âmes. Ayant fait établir les canons sur les tours, les gueules dirigées sur la foule, avec ordre de tirer au premier signal, il sortit désirant faire une dernière tentative de conciliation. La populace faillit le lapider, le bloqua dans l'hôtel de ville et l'eût mis à mort si n'était arrivé à son secours un détachement de mercenaires suisses commandés par le seigneur de Coursinges.
Alors, commencèrent les incendies, les meurtres, les vols, la mise à la question des Français qui tombaient entre les mains des révoltés et des citoyens soupçonnés de sympathiser avec les conquérants.
Dans la nuit du 1er février, Trivulce quitta secrètement le fort, le laissant sous la garde des capitaines D'Espy et Codebecquart. Cette même nuit, Ludovic, revenu de Germanie, était acclamé par les habitants de Côme. Les citoyens de Milan l'attendaient comme un libérateur.
Léonard, durant les derniers jours de la révolte, craignant le feu intermittent des canons qui avaient détruit plusieurs maisons voisines, s'était installé dans ses caves. Il avait passé adroitement par des conduits de chauffage et avait installé plusieurs chambres. Comme dans un petit fort, on avait transporté là tout ce qui était précieux: les tableaux, les dessins, les manuscrits, les livres, les appareils scientifiques.
A ce moment, il se décidait à entrer au service de César Borgia. Mais avant de se rendre en Romagne, où, d'après le contrat convenu avec messer Agapito, il devait arriver pour l'été de 1500, il avait l'intention de passer quelque temps chez son vieil ami Girolamo Melzi, afin d'attendre la fin de la guerre et de la révolte, dans sa solitaire villa Vaprio, près de Milan.
Le 2 février au matin, jour de la Chandeleur, fra Luca Paccioli vint chez l'artiste et déclara que le palais était inondé: le milanais Luigi da Porto, au service des Français, avait passé au camp des révoltés et, durant la nuit, avait ouvert les écluses des canaux qui alimentaient les fossés du fort. L'eau avait monté, détruit le moulin du parc Rocchetto, pénétré dans les caves où étaient amoncelés la poudre, l'huile, le pain, le vin et autres fournitures; si bien que si les Français, à grand'peine, n'avaient pu sauver une partie de ces provisions, la faim les aurait forcés à se rendre—ce sur quoi comptait messer Luigi. Au moment de l'inondation, les canaux voisins de ceux du fort avaient débordé dans la partie basse des portes Vercelli et recouvert les marais où se trouvait le couvent Delle Grazie. Fra Luca communiqua à l'artiste ses craintes au sujet de la Sainte-Cène et proposa à Léonard d'aller voir avec lui si le tableau n'avait subi aucun dégât.
Avec une indifférence feinte, Léonard répondit qu'il n'en avait guère le temps en ce moment et que la Sainte-Cène n'avait pu être atteinte, car elle était placée à un endroit trop élevé; l'humidité ne pouvait lui avoir occasionné aucun tort.
Mais dès que Paccioli fut parti, Léonard courut au couvent.
En entrant dans le réfectoire, il vit sur le parquet de brique, de larges plaques, restes de l'inondation. Cela sentait l'humidité. Un moine lui dit que l'eau avait monté à un quart de coudée.
Léonard s'approcha du mur de la Sainte-Cène.