Convaincu par des conseillers raisonnables de l'irréalisation des projets trop hardis de Léonard, le roi peu à peu s'en désintéressa et bientôt les oublia. L'artiste comprit qu'en dépit de toute son affabilité, il ne devait attendre de François Ier rien de plus que de Ludovic, de César, de Soderini, de Léon X et de Médicis. Son dernier espoir d'être compris, de donner aux gens une petite partie de sa science, de ce qu'il avait amassé durant sa vie, ce dernier espoir le trahissait. Il décida de se renfermer en lui-même et de renoncer à toute action.
Au début du printemps 1517, Léonard revint au château de Cloux, malade, miné par la fièvre des marais. En été un mieux sensible se produisit, mais c'en était fait de sa santé.
L'artiste commença un étrange tableau.
A l'ombre de hauts rochers, parmi des plantes fleuries, un dieu couronné de raisin, les cheveux longs, efféminé, le visage pâle et langoureux, drapé dans une peau de daim, tenant un tyrse dans ses mains, les jambes croisées, écoutait, la tête inclinée, un sourire énigmatique sur les lèvres.
Dans la cassette de Beltraffio, Léonard avait trouvé une améthyste sculptée—probablement un cadeau de monna Cassandra—représentant Dionysos. A cette pierre étaient joints les vers d'Euripide: Les Bacchantes, traduits du grec et copiés par Giovanni. A plusieurs reprises Léonard relut ces fragments.
«O étranger, disait ironiquement Panthée au dieu méconnu, tu es superbe et possèdes tout ce qu'il faut pour fasciner les femmes: tes cheveux longs encadrent ton visage langoureux; tu te caches du soleil comme une vierge et gardes dans l'ombre la fraîcheur de ta peau, afin de séduire Aphrodite.»
Le chœur des Bacchantes, en opposition au roi irrespectueux, louait Bacchus «le plus terrible et le plus miséricordieux entre les dieux, donnant aux mortels l'ivresse de la joie parfaite».
Sur les mêmes feuillets, à côté des vers d'Euripide, Giovanni avait inscrit des passages du Cantique des Cantiques: «Buvez et enivrons-nous, bien-aimés.»
Laissant Bacchus inachevé, Léonard commença un tableau plus étrange encore: saint Jean-Baptiste. Il y travaillait avec un tel acharnement et une telle rapidité, qu'on aurait pu croire que ses jours étaient comptés, que chaque jour diminuait ses forces et qu'il avait hâte de dévoiler son plus secret mystère, celui que, durant toute sa vie, non seulement il n'avait confié à personne, mais qu'il n'avait même pas osé s'avouer.
En quelques mois le travail était assez avancé pour permettre de deviner la pensée de l'artiste. Le tableau représentait cette grotte obscure excitant la peur et la curiosité, et dont il avait souvent entretenu monna Lisa. Mais cette obscurité qui, tout d'abord, paraissait impénétrable, au fur et à mesure qu'on la contemplait devenait plus transparente, et les ombres les plus noires conservant leur mystère se fondaient avec le jour le plus clair, glissaient et s'anéantissaient en lui, comme une fumée, ou bien comme le son d'une lointaine musique. Et semblable au miracle, mais plus réel que tout ce qui puisse en approcher, plus vivant que la vie même, ressortait de cette obscurité le visage et le corps d'un adolescent nu, féminin, étrangement et séduisamment beau, rappelant les paroles de Panthée: