On s'expliquera facilement cela en remarquant que cette armée était composée de troupes qui venaient de Rome, Florence, Milan, Venise, Gênes et Marseille, et que presque la totalité de l'état-major venait de Paris. Le mécompte était général, et le mécontentement s'accrut encore pendant la marche d'Alexandrie pour arriver à travers le désert jusqu'au Nil.
Avant de quitter Alexandrie, le général Bonaparte fit entrer tous les bâtimens de convoi dans le port; il donna des ordres pour que l'escadre débarquât tout ce qui appartenait à l'armée, et lui donna, en la quittant, l'ordre d'entrer à Alexandrie, si les passes du port rendaient cette opération possible, et, dans le cas contraire, d'aller à Corfou, à l'entrée de l'Adriatique.
L'amiral Brueys, par un sentiment fort honorable sans doute, différa d'obtempérer à cet ordre, et vint prendre un mouillage à la pointe d'Aboukir, entre Alexandrie et Rosette, croyant que dans cette position il pourrait être utile à l'armée, dans le cas d'un revers, qu'il ne regardait peut-être pas comme impossible.
Il resta trop long-temps à ce mouillage, où nous le verrons bientôt succomber avec toute son escadre.
L'armée partit d'Alexandrie le soir du jour même où cette ville avait été occupée; elle était formée en cinq divisions que commandaient les généraux Desaix, Bon, Reynier, Dugua, et Vial, qui remplaçait Kléber.
Les trois dernières prirent la route d'Alexandrie à Rosette par Aboukir, et les deux autres, celle d'Alexandrie à Damanhour, en suivant les bords du canal, qui, en traversant le désert, amène pendant les temps d'inondation les eaux du Nil à Alexandrie.
Le général Bonaparte resta encore quelques jours à Alexandrie pour y créer une administration; il en donna le commandement au général Kléber, qui avait besoin de se rétablir; il fit organiser une flottille de guerre et de transport, composée des bâtimens les plus légers et les plus petits, qui avaient été amenés par son ordre et dans ce but, par les convois de guerre de Civitta-Vecchia, tels que les deux demi-galères du pape, quelques bricks, avec des chaloupes canonnières.
Après avoir fait embarquer sur cette petite escadrille les munitions de guerre et de bouche dont l'armée aurait pu avoir besoin pour les premières opérations, il y fit aussi mettre tout le personnel de l'administration, ainsi que les hommes à pied de la cavalerie.
Puis il fit sortir cette escadrille devant lui, et lui donna ordre d'aller prendre l'embouchure du Nil, qu'elle devait remonter, toujours à la hauteur de l'armée.
Il laissa à Alexandrie la commission des savans, qu'il ne devait appeler près de lui qu'après son arrivée au Caire.