En Flandre et en Hainaut, plus que partout ailleurs à cette époque, la fusion du principe municipal avec le système féodal avait produit une administration, sinon très régulière, du moins libérale et forte. C'était comme une grande famille unie par les liens d'une hiérarchie bien tranchée. La comtesse avait son bailli, sorte de ministre responsable, représentant ordinaire du souverain dans toute espèce de juridiction; puis, un conseil d'hommes sages qu'elle consultait quand il s'agissait d'un acte politique quelconque[90]. La cour suprême féodale, formée des hauts barons des deux comtés, statuait sur les affaires d'administration générale, en prenant toutefois l'adhésion du magistrat des bonnes villes dont l'assemblée portait le nom d'échevins de Flandre et de Hainaut. Ces états aidaient la comtesse et la dirigeaient en ses résolutions. Mais Jeanne, on en trouve souvent la preuve, conservait sur eux une très haute influence qu'elle puisait dans la sagacité naturelle de son esprit, dans sa fermeté de caractère, dans l'exemplaire austérité de sa vie publique et privée.
Au milieu des graves préoccupations du pouvoir, la comtesse de Flandre n'oublia jamais un seul instant qu'elle avait, comme épouse, un grand devoir à remplir, et elle le remplit tant que dura la captivité de Fernand. Chaque année, sans se laisser décourager par les refus obstinés du roi de France, elle faisait de nouvelles tentatives pour tirer son mari de la tour du Louvre, empruntant à des taux énormes les sommes destinées à la rançon de son mari[91]. Elle employa aussi l'entremise du pape Honorius, puis celle du cardinal-légat, puis enfin celle des évêques de Cambrai, de Tournai et de Térouane; ce fut toujours en vain. Chaque fois, les négociateurs trouvèrent Philippe inébranlable[92].
Soit qu'il s'agisse d'administration intérieure, soit qu'il s'agisse d'affaires diplomatiques, on la trouve toujours pleine d'habileté et de résolution. En voici la preuve. On sait que les comtes de Flandre n'étaient pas seulement grands vassaux et pairs du royaume de France, mais qu'ils relevaient aussi, pour certaines portions de pays, de l'empereur d'Allemagne. Il paraît qu'au milieu des préoccupations dont elle avait toujours été accablée, Jeanne négligea de prêter foi et hommage à l'empereur, ainsi que le devaient faire les comtes de Flandre à leur avènement. Sous ce prétexte, Frédéric II confisqua la Flandre impériale dans une diète solennelle tenue à Francfort en 1218.
C'était une très grave affaire en ce qu'elle devait, un jour ou l'autre, rallumer la guerre en Flandre, car l'empereur avait concédé à Guillaume, comte de Hollande, les parties qui relevaient de l'empire. A chaque instant, ce dernier pouvait chercher à prendre possession des nouveaux domaines qu'on venait de lui octroyer. Jeanne déploya, dans cette circonstance délicate, tant d'habileté, qu'en définitive la chose tourna même à son profit. Deux ans ne s'étaient pas écoulés que l'empereur annulait la confiscation, en reconnaissant que les chemins étaient trop périlleux pour que la jeune femme eût pu se rendre en Allemagne pendant la captivité de son mari; qu'ainsi elle était excusable de n'avoir pas rendu son hommage[93], etc. L'année suivante, en 1221, son fils Henri VII faisait plus encore. En déclarant de nouveau rapportée la sentence de 1218, en confirmant la comtesse dans la possession des fiefs impériaux, il forçait le comte de Hollande à subir et à reconnaître derechef sa dépendance de la Flandre[94].
Une pensée prédomine dans toute la conduite politique de Jeanne relative au gouvernement de ses domaines; c'était d'accroître le pouvoir municipal, et par là de contre-balancer l'influence des hauts barons qui commençait à se montrer plus menaçante que jamais. L'omnipotence des châtelains surtout devenait très dangereuse pour le peuple et pour le souverain. Sans parler des violences et des rapines qu'on leur avait reprochées de tout temps, ils avaient trouvé moyen de s'affranchir tellement de la domination du comte lui-même, qu'à la bataille de Bouvines on en vit combattre audacieusement parmi les chevaliers de l'armée française. C'était là un révoltant abus. Jeanne mit tout en œuvre pour le réprimer, et si elle ne parvint pas tout à fait à anéantir l'influence des châtelains, elle l'amoindrit beaucoup.
En 1218, elle donnait à la ville de Seclin la même charte d'affranchissement dont jouissait déjà la ville de Lille, charte très sage et très libérale qui devait singulièrement atténuer l'importance du châtelain de cette dernière ville[95]; et, en même temps, elle négociait avec le connétable de Flandre, Michel de Harnes, l'échange de la châtellenie de Cassel[96]. Un peu plus tard, en 1224, elle se fit vendre par Jean de Nesle, pour 23,545 livres parisis, la châtellenie de Bruges, l'une des plus considérables de Flandre[97]. La comtesse eut même à ce sujet, avec Jean de Nesle, un procès fameux qui fut vidé à Paris devant la cour des pairs du royaume, Jeanne ne pouvant être jugée que par cette cour, en vertu des lois de la hiérarchie féodale. Lorsque son procès fut gagné contre le châtelain, elle institua à Bruges la fête du Forestier, destinée à perpétuer le souvenir d'un événement qui consacrait l'affranchissement de cette belle cité. La prospérité de Bruges, comme celle des principales villes flamandes, du reste, ne prit le développement considérable qu'elle acquit au moyen âge qu'à partir de la disparition des châtelains, ou du jour que ces despotes perdirent le pouvoir exorbitant qu'ils s'étaient arrogé et dont ils avaient trop longtemps abusé.
Ainsi, tandis qu'elle travaillait à l'affaiblissement d'une aristocratie si souvent envahissante et despotique, la comtesse de Flandre augmentait le bien-être des bourgeois et du peuple. Les droits politiques d'un grand nombre de communes dans les deux comtés avaient été consacrés et reconnus par ses prédécesseurs ou par elle. Elle ne s'en tint pas là; elle voulut aussi favoriser de tout son pouvoir le commerce et l'industrie. En mai 1233, Jeanne confirme le privilège que Philippe, comte de Flandre et de Vermandois, son grand-oncle, avait accordé à l'abbaye de Saint-Bertin, d'établir un marché à Poperingue et d'y faire construire un canal[98]. Dans l'année 1224, on la voit affranchir de toutes charges, tailles et exactions, les cinquante ouvriers qui viendront s'établir à Courtrai pour y travailler la laine[99]; de sorte qu'on peut dire que c'est à Jeanne que les fabriques de cette ville doivent, sinon leur naissance, du moins les premiers éléments de leur prospérité.
Au milieu de ses douleurs patriotiques causées par la guerre et de ses incessantes sollicitudes pour réparer les maux de la patrie et améliorer le sort de ses peuples, nous avons dit qu'un profond chagrin domestique était venu l'accabler. Rappelons-en les causes.
L'on a vu qu'au moment de partir pour la croisade, le comte Bauduin avait confié à son frère, Philippe de Namur, la régence de ses Etats en même temps que la tutelle de ses deux jeunes filles, en lui adjoignant comme conseil un puissant seigneur du Hainaut appelé Bouchard. Ce personnage devait jouer un rôle funeste dans la vie, déjà si tourmentée, de la comtesse Jeanne, et le moment est venu de le mettre en scène.