La succession au comté de Namur avait forcé le comte de Flandre à entrer à main armée dans cette province en 1228; et c'est ce qui l'empêcha de prêter en ce moment-là une aide plus efficace à la régente. Fernand se croyait en droit d'élever des prétentions sur le Namurois, du chef de sa femme. Bauduin le Courageux, grand-père de Jeanne, avait, par testament, laissé le comté de Namur à Philippe, son second fils. Philippe, après avoir gouverné la Flandre et le Hainaut durant la minorité de Jeanne, sa nièce, était mort, comme nous l'avons dit, en 1213, sans laisser d'enfants de sa femme, Marie, fille du roi de France. Le Namurois était alors passé aux mains d'Yolande de Hainaut, sœur de Philippe, avec le consentement, au moins tacite, de Henri, son autre frère, élu empereur de Constantinople après la mort du malheureux Bauduin. Yolande était mariée à Pierre de Courtenai, comte d'Auxerre, lequel devait bientôt aussi monter sur le trône de Byzance. Namur fut donc dévolu successivement aux deux fils de Pierre, puis à leur sœur Marguerite de Courtenai, épouse de Henri, comte de Vianden. Ce fut lorsque ce dernier voulut prendre possession du Namurois que Fernand réclama l'héritage au nom de sa femme, nièce d'Yolande. Ses droits n'étaient guère fondés, comme on le voit. Néanmoins il essaya de les faire prévaloir par la force des armes. Il entra dans le comté de Namur, dont l'empereur Henri lui avait donné l'investiture[157], et s'empara de quelques villes, entre autres de Floreffe, qui soutint quarante jours de siège. Mais l'affaire s'arrangea en 1232 par la médiation du comte de Boulogne, ami des deux parties. Un traité fut conclu à Cambrai en vertu duquel Henri de Vianden conserva le comté de Namur, et Fernand eut pour lui les bailliages de Golzinne et de Vieux-Ville[158]. Quatre ans plus tard, Bauduin de Courtenai, empereur de Constantinople, fils de Pierre, revint en France, en Flandre et en Hainaut. Le roi de France lui rendit les domaines qu'il possédait dans le royaume, et la comtesse de Flandre lui remit également les possessions dont elle avait été investie lors du traité de Cambrai; elle l'aida même[159] à recouvrer le comté de Namur sur Henri de Vianden.
Tout le fardeau des grands et sérieux événements avait pesé sur Jeanne durant la captivité de son mari. Lorsque Fernand sortit de prison, la Flandre jouissait de tous les bienfaits du calme et de la paix. A part les guerres de peu d'importance qu'il dut soutenir, et dont il se tira avec honneur et profit, le comte de Flandre n'eut plus qu'à consolider avec sa femme l'œuvre que celle-ci avait si dignement commencée. Ils y travaillèrent tous deux avec zèle. Sans parler ici des fondations charitables ou pieuses faites avec autant de libéralité que de sagesse, des actes diplomatiques consommés avec beaucoup de prudence, nous devons mentionner le développement que, dans l'intérêt de la bourgeoisie et du peuple, ils s'efforcèrent de donner aux institutions politiques, en Flandre surtout; car en Hainaut, le comte Bauduin y avait pourvu avant de partir pour la croisade.
L'organisation et l'extension du pouvoir municipal, ce contre-poids si nécessaire des envahissements féodaux, paraît encore ici avoir été de leur part le but d'efforts qu'on voit, du reste, se renouveler pendant le règne de Jeanne à chaque intervalle de tranquillité publique. Dans la seule année 1228, le comte et la comtesse reconstituèrent le corps échevinal dans quatre des principales villes de Flandre: Gand, Ypres, Bruges et Douai. Un système électif assez compliqué forme la base de ce nouvel échevinage qui consacre et fixe pour la première fois, d'une manière bien stable, les droits de la bourgeoisie. Voici, pour exemple, les dispositions fondamentales du corps politique connu dans l'histoire sous le nom fameux des Trente-neuf de Gand.
L'élection des échevins de la ville de Gand se fera chaque année, le jour de l'Assomption de la Vierge, de la façon suivante:
Les échevins actuels (de l'année 1228) éliront, après serment prêté, cinq échevins ou bourgeois de Gand, qu'ils croiront les meilleurs. Si, dans l'élection, il survenait quelque difficulté, celui qui aura le plus de voix sera nommé.—Il ne pourra y avoir parmi ces cinq échevins de parents au troisième degré.—Ces cinq élus feront serment d'élire à leur tour trente-quatre autres échevins ou bourgeois qu'ils croiront les plus capables, ce qui formera le nombre de trente-neuf.—En cas de contestation, celui qui obtiendra le plus de voix aura toujours la préférence; mais le père et le fils ou deux frères ne pourront se trouver ensemble.—Ces trente-neuf échevins se diviseront en trois treizaines. La première formera l'échevinage proprement dit; la seconde, le conseil; la troisième restera sans fonctions.—La treizaine qui aura rempli l'échevinage pendant une année sera remplacée par la seconde, celle-ci par la troisième, et ainsi alternativement à perpétuité.—S'il arrive quelque vacance soit par mort ou par retraite, les échevins alors en place en éliront un autre, se conformant aux mêmes formalités et exceptions.—Les échevins prêteront serment entre les mains du bailli de Gand ou de celui qu'il aura légitimement préposé; en cas d'absence, entre les mains des échevins sortants[160].
Le comte Fernand eut sans doute, en 1230, le pressentiment d'une fin prochaine, car au mois de mars de cette même année, il fit son testament. Entre autres dispositions, on y remarque celle-ci: «Mes joyaux et tout ce qui appartient à mon écurie, à ma table, à ma cuisine, à ma chambre, seront mis à la disposition de mes exécuteurs testamentaires pour être vendus, à l'exception toutefois de ce qui aura été réservé par moi; le prix sera employé aux frais d'exécution du testament, et le surplus de l'argent devra être abandonné aux pauvres[161].»
Le 27 juillet 1233, comme il se trouvait à Noyon, il succomba aux progrès de la gravelle, maladie dont il avait contracté le germe durant sa longue captivité. Son cœur et ses entrailles furent ensevelis dans la cathédrale de cette dernière ville. Son corps fut, par les ordres de sa femme, rapporté en Flandre. La comtesse Jeanne lui fit élever un mausolée dans l'église du monastère de Marquette, qu'elle avait fondé près de Lille, et où elle avait résolu de reposer elle-même à la fin de ses jours, à côté de l'époux dont elle avait été si longtemps séparée sur la terre.