Le mariage fut célébré en octobre 1236, sous les auspices du roi et de la reine de France. C'est ainsi que Jeanne devint, par alliance, la tante de saint Louis. A l'occasion de cette union, Marguerite, sœur de la comtesse et son héritière présomptive, consentit qu'une pension viagère de six mille livres monnaie d'Artois, à percevoir sur les domaines de Flandre et sur le tonlieu de Mons, fût attribuée au comte pour le cas où Jeanne mourrait sans progéniture et avant son mari. C'était un revenu qui équivaudrait aujourd'hui à cinq cent mille francs environ. Plus tard, lorsque Marguerite eut succédé à sa sœur, elle racheta cette rente moyennant soixante mille livres.
Au mois de décembre 1237, Thomas et Jeanne allèrent à Compiègne pour rendre hommage au roi Louis IX. Là, s'éleva une difficulté. Le roi prétendit que le comte devait jurer d'observer le traité de Melun, avant de faire hommage de la Flandre. Le comte disait, au contraire, et il avait raison, qu'il ne devait et ne pouvait rien promettre avant d'avoir, au préalable, satisfait à l'observance d'une formalité essentielle de la constitution féodale; que, tant qu'il n'était reconnu pour comte de Flandre, il ne pouvait, à l'égard du roi, s'engager en cette qualité. Ce différend fut remis à l'arbitrage de trois pairs du royaume, Anselme, évêque de Laon, Robert, évêque de Langres, et Nicolas, évêque de Noyon, qui statuèrent en faveur du comte. Il est à remarquer qu'en prêtant foi et hommage, Thomas et Jeanne donnèrent au roi les sûretés exorbitantes réclamées par le traité primitif de Melun, du mois d'avril 1225, tout en jurant de ne jamais revenir sur ce qui s'était passé antérieurement à la paix de 1226[168]. Mais tout cela n'était plus que de forme et ne tirait pas aux mêmes conséquences qu'en 1225, où il y avait un comte de Flandre à faire sortir de prison et une somme de cinquante mille livres à payer au roi. Ce que Louis IX voulait, c'était de déterminer les limites de son autorité comme suzerain à l'égard des comtes de Flandre, et surtout de prévenir les envahissements du vassal le plus puissant et le plus à craindre qu'allait bientôt avoir la couronne de France. Saint Louis, comme ses prédécesseurs, en avait eu le pressentiment.
Thomas de Savoie venait à peine d'être reconnu par les barons et les communes de Flandre et de Hainaut, en qualité de souverain des deux comtés, ou, pour mieux dire, de bail et mainbour, suivant le protocole du temps, lorsque l'occasion se présenta pour lui d'appeler aux armes les hommes de guerre de sa nouvelle patrie. Guillaume de Savoie, son frère, élu évêque de Liège, était alors en butte aux agressions violentes de Waleran, duc de Limbourg. Thomas s'avança pour porter secours au prélat; mais Waleran n'attendit pas que le comte de Flandre fût arrivé pour faire sa paix, et la chose en resta là.
Il n'y eut pas d'autres expéditions guerrières en Flandre jusqu'en 1242. La paix y régna, sans être troublée par aucune espèce d'événements fâcheux. Cette période de six ans de calme non interrompu permit à Jeanne et à son mari de s'occuper efficacement des réformes politiques que réclamaient la constitution du pays et les progrès sociaux.
Nous avons déjà dit que le Hainaut devait à Bauduin IX, père de la comtesse, des lois générales dont il fit jurer l'observance par les nobles du pays, lois qui peuvent être regardées comme la base du droit public, civil et criminel de ce pays. Jeanne n'eut donc pas à refaire pour le Hainaut ce qui était déjà fait. Aussi ne s'occupa-t-elle que des villes flamandes, qui, du reste, sous tous les rapports, étaient aussi les plus importantes. Comme on l'a vu plus haut, Gand, Bruges, Ypres, Lille, Douai, Seclin, etc., avaient déjà leurs chartes et leurs libertés municipales. De 1239 à 1241, elle confirma, de concert avec le comte Thomas, son époux, les privilèges précédemment accordés à la ville de Damme; lui en concéda de nouveaux, ainsi qu'à la ville de Caprick; réforma l'échevinage de Bruges[169], et donna en juillet 1240, à la châtellenie de Bourbourg, à celle de Furnes, et à la terre de Berghes-Saint-Winoc, une keure remarquable, contenant toutes les dispositions de police applicables aux mœurs et aux besoins du temps[170].
Nous l'avons dit déjà, ces keures, ces chartes d'affranchissement ne furent pas le résultat de l'insurrection. On ne trouve aucune trace en Flandre, à cette époque, de commotions populaires dont le but aurait été d'obtenir par la force un accroissement de privilèges. Il n'en était pas besoin. En affranchissant les communes, les comtes faisaient tout à la fois preuve de justice et acte de bonne politique. Pour ne parler que de Jeanne, elle avait certes plus à se défier de la noblesse que de la bourgeoisie, comme le prouvent la présence de plusieurs barons flamands dans les rangs de l'armée royale à Bouvines, et l'intrigue dont le faux Bauduin n'avait été que le prétexte et l'instrument.
Cependant la santé de Jeanne, ébranlée par les secousses, les émotions de toute nature qu'elle avait subies durant le cours de sa vie, était fort gravement compromise. La comtesse se retira à l'abbaye de Marquette, qu'elle avait placée sous le vocable touchant de Notre-Dame du Repos et qu'elle affectionnait d'une façon toute singulière; où se trouvait déjà le tombeau de son malheureux époux, le comte Fernand, et où elle se plaisait à résider dans les dernières années de son règne. Elle y avait même fait bâtir un hôtel qu'on voyait encore au XVIIe siècle; c'est là qu'elle allait se reposer des affaires et se livrer à la prière et à la méditation au milieu des religieuses dont elle avait maintes fois ambitionné l'existence pleine de calme et de bonheur. Jeanne envisagea, sans crainte comme sans regrets, la mort qui s'approchait. Lorsque, jetant un regard vers le passé, elle interrogea les souvenirs de sa vie publique et privée, rien ne dut venir troubler sa conscience, car c'est avec une confiante tranquillité d'âme qu'elle attendit le moment suprême.
Lorsque les mires et fisiciens, comme s'appelaient alors les médecins, lui eurent, d'après ses ordres, déclaré que le mal était sans remède, elle se fit revêtir d'un habit de novice et transporter dans l'intérieur du couvent[171]. Elle vécut encore quelque temps de la sorte, priant et méditant sous la robe de bure, au milieu de la communauté qu'elle édifiait par son exemple. Plus humble que la dernière des humbles filles de ce monastère, la comtesse de Flandre et de Hainaut ne faisait rien sans l'autorisation de l'abbesse. Elle n'ouvrait pas même la bouche pour parler sans permission, au dire des chroniques auxquelles nous empruntons ces détails[172].
Cependant, la maladie faisant des progrès rapides, la comtesse dicta son testament en présence d'une noble assemblée. Le comte Thomas, son mari, et Marguerite, sa sœur, étaient là près de son lit, et, à côté d'eux, le prieur de l'ordre des Frères Prêcheurs de Valenciennes, avec trois religieux du même ordre, Pierre d'Esquermes, frère Michel et frère Henri du Quesnoi; le prévôt de Marchiennes, le doyen de la Salle, le seigneur Fastré de Ligne, le seigneur Watier de Lens et plusieurs autres barons. Une seule pensée de justice et de charité présida à cet acte suprême, que nous croyons devoir reproduire en substance:
«Au nom du Père et du Fils et de l'Esprit-Saint, ainsi soit-il. Moi, Jeanne, comtesse de Flandre et de Hainaut, pour le salut de mon âme et de celles de mes prédécesseurs et successeurs, je fais mon testament sous la forme ci-après, et je veux qu'il ait force comme testament, sinon, comme codicille, sinon, comme expression de la dernière volonté d'une mourante.—J'entends, par-dessus tout, que mes dettes, de quelque nature qu'elles puissent être, soient pleinement acquittées. Si j'ai injustement occupé l'héritage d'autrui, ou si j'ai détenu des biens pris indûment par mes prédécesseurs, je veux qu'ils soient rendus et restitués partout où ils se trouveront, et je donne pouvoir à mes exécuteurs testamentaires, plus bas nommés, de remettre en leur possession ceux qui auraient des droits à une restitution; je veux aussi qu'ils soient entièrement satisfaits de tous dommages et intérêts.—(Suivent les recommandations et les dispositions les plus scrupuleuses pour que personne n'ait rien à réclamer contre sa mémoire et celle de ses ancêtres. Elle règle ensuite la situation de tous ses serviteurs, en assurant à chacun une honorable aisance. Enfin elle termine en ces termes):—Je veux en outre et j'ordonne que tous mes joyaux, mes reliques, mes livres, mes vases d'or et d'argent, tous les objets et ornements de ma chapelle, tout ce qui sert à ma table, à ma chambre à coucher, à ma cuisine, et autres choses affectées spécialement à mon service, soient remis entre les mains et à la disposition de mes exécuteurs testamentaires, afin qu'ils en usent selon leur conscience pour le bien de mon âme, etc.—Libre d'esprit, jouissant du sain usage de ma raison, j'ai ordonné ce qui vient d'être dit, et j'ai constitué et je constitue expressément pour les exécuteurs de mon testament mes révérends seigneurs en Jésus-Christ, les évêques de Cambrai et de Tournai quels qu'ils soient à l'heure de ma mort, et vénérables et discrètes personnes, le seigneur Watier, abbé de Saint-Jean en Valenciennes; maître Gérard, écolâtre de Cambrai, et maître Eloi de Bruges, prévôt de Saint-Pierre de Douai, etc.—Je veux que ces mêmes exécuteurs testamentaires procèdent pour les restitutions et l'acquit de mes legs, suivant droit et justice et de la manière qui sera la plus profitable au salut de mon âme. Ainsi, qu'ils satisfassent tout d'abord les pauvres, les indigents, et ceux envers lesquels je suis le plus obligée. L'illustre et très cher seigneur, mon époux Thomas, comte de Flandre et de Hainaut, et ma très chère sœur Marguerite, dame de Dampierre, ont promis, de bonne foi, d'observer fermement et inviolablement toutes les dispositions susdites.—Enfin, je supplie ma très chère sœur, mes exécuteurs testamentaires, tous mes fidèles et mes amis, d'agir avec telle diligence et promptitude pour l'exécution de ma volonté que mon âme ne puisse souffrir dommage d'aucun retard.—(Suivent les noms des témoins.)—Fait en l'an du Seigneur 1244, le second dimanche de l'Avent[173].»