Le gouvernement, sûr de la Chambre et encore plus, s'il était possible, du Sénat, allait droit de l'avant, ne gardant aucune mesure dans les actes, comme aucune forme, même hypocrite, dans les paroles.
Il y eut une insurrection, oratoire du moins, des républicains libéraux et même des républicains les plus authentiquement radicaux. Non seulement M. Charles Benoist, mais M. Gabriel Monod, M. René Goblet protestèrent. M. Gabriel Monod écrivit: «Ceux qui, comme moi, sont partisans d'une liberté absolue d'association et en même temps de la séparation de l'Église et de l'État, persuadés qu'alors c'est l'Église même qui imposerait des limites au développement indéfini des ordres religieux, sont effrayés et navrés de voir les anticléricaux d'aujourd'hui manifester à l'égard de l'Église catholique des sentiments et des doctrines identiques à ceux que les catholiques ont manifestés naguère à l'égard des protestants et des hérétiques de tout ordre. On lit aujourd'hui dans certains journaux qu'il n'est pas possible de laisser l'Église continuer à élever la jeunesse française dans l'erreur; j'ai même lu «qu'il n'était pas possible d'admettre la liberté de l'erreur». Comme si la liberté de l'erreur n'était pas l'essence même de la liberté! Et dire que ceux qui écrivent ces phrases protestent contre le Syllabus, tout en le copiant! Sommes-nous condamnés à être éternellement ballottés entre deux incohérences? et le cri de «Vive la liberté!» ne sera-t-il jamais que le cri des oppositions persécutées, au lieu d'être la devise des majorités triomphantes?»
De son côté, M. Goblet écrivait: «... Je ne souhaite même pas la suppression complète des congrégations enseignantes, non seulement parce qu'il n'existe pas actuellement assez d'écoles et de maîtres laïques pour recueillir tous les enfants qui reçoivent l'instruction congréganiste; mais parce que je suis un partisan déterminé de la liberté d'enseignement et que, tout en demandant que l'État ouvre aussi largement que possible ses établissements à tous les enfants, je ne lui reconnais pas le droit d'empêcher les parents de faire donner, s'ils le préfèrent, l'instruction à leurs enfants dans des établissements privés, même tenus par des religieux... Comment donc est-ce que j'entends qu'on peut combattre le cléricalisme? D'abord en faisant ce qui a toujours été un des articles essentiels du programme républicain: la séparation des Églises et de l'État; en enlevant aux Églises la force qu'elles tirent de leur union avec l'État et les ressources qu'elles puisent dans le budget, et en laissant aux associations le soin de subvenir aux besoins des différents cultes... En second lieu, je voudrais qu'on laissât les congrégations libres de se former moyennant une simple déclaration; mais en réservant le droit d'inspection de l'État et en limitant strictement leur faculté d'acquérir et de posséder... Et je persiste à penser que le régime de liberté, joint à l'exacte application des lois scolaires, servirait infiniment mieux la cause de la République et de la laïcité que le système de contrainte, je ne veux pas dire de persécution, irritant autant qu'inefficace, dans lequel je vois avec regret le parti républicain s'engager.»
Ces avertissements, comme il arrive quand on a affaire à de certaines gens, ne servirent qu'à pousser plus vivement le parti despotiste dans le «système de contrainte» et dans la «manière forte». Les fermetures de couvents se multiplièrent pendant toute l'année 1902; et M. Combes, dans ses discours-manifestes, étalait avec orgueil les chiffres de 22.000 ou 23.000 couvents mis sous scellés et annonçait le jour prochain où il n'y aurait plus un moine en France, ce qui ferait de la France la première nation du monde.
Cependant restait la question des demandes d'autorisation. D'après la loi de 1901, il fallait une disposition législative pour décider de l'autorisation à accorder ou à refuser à une congrégation qui l'aurait demandée. M. Combes, qui avait déjà montré par ses actes qu'il estimait la loi de 1901 beaucoup trop libérale, trouva que discuter chaque demande d'autorisation, alors qu'on voulait n'autoriser personne, était une grande perte de temps. Il fit donc décider par le Parlement qu'on n'examinerait point du tout les demandes d'autorisation, je veux dire qu'on ne les examinerait point séparément, ce qui était sans doute la seule manière de les examiner, mais qu'on répartirait en trois groupes les congrégations demandant à être autorisées: congrégations enseignantes, congrégations prédicantes, congrégations commerçantes; puis que, sur chacun de ces groupes, pris en bloc, on prendrait une détermination. C'était les trois charrettes, et à la façon dont on les aménageait et attelait, il n'était pas difficile de voir où l'on voulait qu'elles conduisissent.
Cette application de la loi de 1901 parut une violation de la loi de 1901 à l'auteur de la loi de 1901. M. Waldeck-Rousseau protesta contre la manière de sa créature, M. Combes. Il dit au Sénat: «L'application de la loi de 1901 soulève, à l'égard de toutes les congrégations en instance d'autorisation, une même question. Il faut considérer les garanties qu'elles présentent, leur utilité au point de vue matériel et moral. C'est là un examen individuel dont aucune ne doit être dispensée et dont aucune ne peut être exclue. La loi de 1901, étant une loi de procédure en même temps qu'une loi de principe, ce serait la méconnaître que d'opposer à une demande d'autorisation une sorte de question préalable. Ce serait la méconnaître aussi que d'admettre l'autorisation sans examiner, comme on n'a jamais manqué de le faire sous le régime antérieur à 1901, quel est le véritable caractère de la congrégation et si elle est en mesure de réaliser son objet...»
Mais M. Waldeck-Rousseau était depuis longtemps dépassé; il n'avait plus qu'une faible autorité; il avait ouvert les outres; et si M. Combes effrayait M. Waldeck—patrem suus conterruit infans—la majorité du parti républicain ne suivait plus que M. Combes, que méconnaissait l'œil de son père. Successivement le Sénat et la Chambre adoptèrent la «manière forte» de M. Combes.
A la Chambre ce fut surtout M. Ferdinand Buisson qui exposa en toute sa précision la théorie despotiste. Pour lui, au fond, la loi de 1901 n'existait pas. Ce qui était toujours en vigueur c'était la législation de 1792, qui avait supprimé toutes les congrégations, quelles qu'elles fussent. La loi de 1901 avait supposé, sans doute, que des congrégations pouvaient être autorisées; mais elle n'obligeait nullement à en autoriser une seule. Et, de fait, il n'en fallait pas autoriser une seule, parce que toutes étaient «en dehors de la vie familiale et de la vie sociale».
Et c'était un argument à faire frémir les célibataires, lesquels, vivant en dehors de la vie familiale, pouvaient s'attendre à être chassés du territoire français pour cause de conduite antisociale.
Pour ce qui est de la liberté du père de famille, M. Buisson répondait, en bon platonicien, que «l'enfant n'appartient pas aux parents; mais à l'État, que l'État est son tuteur et doit le défendre comme il doit défendre tous les faibles.»