M. Béraud répondit que Rome était l'unique objet de son ressentiment et qu'il s'agissait d'arracher la jeunesse française à l'étreinte jésuitique.
M. Eugène Lintilhac, avec citation d'Aristote, reproduisit l'argumentation de M. Ferdinand Buisson, affirma que l'État avait tous les droits, que le libéralisme était une utopie dangereuse et que le père de famille n'avait pas le droit monstrueux de mettre son fils en travers de la route que suit l'humanité.
M. Thézard, rapporteur de la commission, mit une fois de plus en avant «l'unité morale», en affirmant qu'avant 1850 l'unité morale existait en France; mais que depuis 1850 elle n'existait plus, ce qui était d'un généralisateur hardi et d'un artiste amoureux de la symétrie, mais d'un historien peut-être insuffisamment informé.
M. Clémenceau osa se moquer de M. Lintilhac, dire que la citation d'Aristote, rapportée du reste sous forme de rébus, lui avait paru être de Loyola. Il osa peut-être plus, c'est à savoir qu'il se permit de dire que les anticléricaux ne faisaient que «transférer la puissance spirituelle du pape à l'État». Et ainsi, «pour éviter la Congrégation, nous faisons de la France une immense congrégation... Nos pères ont cru qu'ils faisaient la Révolution pour s'affranchir; nullement: c'était pour changer de maîtres... Aujourd'hui, quand nous avons détrôné les rois et les papes, on veut que nous fassions l'État roi et pape. Je ne suis ni de cette politique ni de cette philosophie.»—En conséquence, et cette logique particulière n'étonnera aucun de ceux qui sont familiers avec la mentalité anticléricale, M. Clémenceau concluait à interdire l'enseignement à tout congréganiste, tout congréganiste étant un «morceau de la société romaine et non de la société française».
M. Waldeck-Rousseau vint une fois de plus, peut-être avec je ne sais quoi qui ressemblait un peu à du ridicule, gémir sur l'éclosion de l'oiseau qu'il avait couvé. L'intention (que venait de manifester le président du conseil) d'interdire l'enseignement à tout congréganiste était contraire au texte et à l'esprit de la loi de 1901. Celle-ci n'avait pas indiqué ni entendu que certaines congrégations fussent autorisées sauf déduction du droit d'enseigner. On s'appuyait sur la loi de 1901 pour en tirer des conséquences qui allaient contre elle.
Cruellement, M. Clémenceau répliqua que M. Waldeck-Rousseau avait tort de s'en prendre aux autres quand il n'avait à s'en prendre qu'à lui-même: qu'il avait ouvert la voie de telle sorte qu'il était difficile qu'on n'allât point jusqu'au bout du chemin, et au delà des prévisions que M. Waldeck-Rousseau avait eu le tort de ne point avoir; que, si M. Combes avait mal appliqué la loi de M. Waldeck, la faute en était à M. Waldeck qui avait confié à M. Combes le soin d'appliquer la loi de M. Waldeck, alors que rien ni personne n'avait empêché M. Waldeck de l'appliquer lui-même.—A quoi M. Waldeck trouva certainement quelque chose à répondre, mais ne répondit rien.
Finalement le projet Chaumié, très transformé et très aggravé, contenant notamment un paragraphe exigeant que tout Français voulant ouvrir un établissement libre d'instruction doit produire la déclaration qu'il n'appartient pas à une congrégation, fut voté par le Sénat. La question de savoir si le droit d'enseigner serait accordé ou refusé aux membres du clergé séculier était réservée.
Du reste, ce qui restait de liberté dans la loi votée par le Sénat en première lecture en 1903 n'était garanti par rien, puisqu'il avait été stipulé par cette loi même que le gouvernement peut fermer toute école libre, même contre l'avis du conseil supérieur, si l'enseignement de cette école lui paraît contraire à la morale, à la constitution et aux lois. Or aucun homme sensé ne veut qu'une école puisse donner un enseignement contraire à la constitution, à la morale et aux lois; mais tout homme sensé veut que ce soit un tribunal ou un arbitre quelconque, indépendant du gouvernement, et non le gouvernement lui-même, qui soit juge en cette question.
La loi revint en seconde lecture au Sénat en 1904. Le débat fut court. Il porta sur l'interdiction d'enseigner faite à tout congréganiste, et cette interdiction fut maintenue. M. Chaumié, s'appropriant les idées philosophiques de M. Buisson, assura que les congréganistes n'étaient point mis hors la loi à cause de leurs sentiments religieux, ce qui serait contraire à la liberté de conscience, laquelle est sacrée; ni à cause de leur incapacité, car il y en a de bien intelligents; mais parce qu'ils sont dociles et qu'ils obéissent à leurs chefs et qu'ils ne sont pas «des êtres d'évolution». Qu'ils cessent d'être congréganistes et alors ils seront des êtres d'évolution et pourront enseigner.—La capacité d'enseigner se mesurant à l'indocilité, on peut espérer que le gouvernement républicain donnera un avancement rapide à tout professeur de l'Université enseignant des choses désagréables au gouvernement.
Le débat porta encore sur l'article qui permettait au gouvernement de fermer les établissements d'enseignement libre, même contre l'avis du conseil supérieur, en cas d'enseignement contraire à la morale, à la constitution et aux lois. Cet article donnait pleine faculté d'arbitraire et de bon plaisir au gouvernement. Mais M. Thézard ayant déclaré, comme s'il l'avait su, que le gouvernement ne fermerait qu'exceptionnellement un établissement contrairement à l'avis du conseil supérieur, le Sénat fut pleinement rassuré et l'article fut maintenu. Bref, la loi fut votée en seconde lecture telle qu'elle l'avait été en première.