Les interpellateurs eux-mêmes, MM. Gayraud, républicain catholique, M. X. Reille, M. de Grandmaison, M. Grousseau (de même nuance) reconnaissaient que la conduite du gouvernement depuis un an menait droit à la séparation et que, sans en être partisans, ils s'y résignaient sans crainte. M. Combes parla. Pour la première fois, il laissa entrevoir la séparation comme pouvant entrer dans les prévisions des hommes politiques. Il se plaignit de la rébellion de l'Église; il exprima cette idée que le Concordat n'avait pas donné à l'État des armes suffisantes contre l'Église et il envisagea la séparation comme possible en s'exprimant ainsi: «Devant le spectacle de cette rébellion, l'opinion publique s'interroge avec inquiétude et, pour peu que ce spectacle se prolonge, elle sera fatalement amenée à rejeter sur le Concordat la responsabilité d'un état de choses où les écarts de conduite sont encouragés par l'insuffisance même des moyens de répression. L'opinion sera ainsi amenée à considérer que le Concordat de 1801 a fait son temps, et à envisager une de ces deux solutions: ou bien la séparation de l'Église et de l'État...»
On l'interrompit, on lui cria: «des Églises!» Il en profita pour bien montrer que ce qu'il désirerait, le cas échéant, c'était bien la séparation d'avec l'État de l'Église catholique seule, de telle sorte que l'Église protestante et l'Église juive devinssent religions d'État et l'Église catholique religion privée; car il reprit ainsi: «... de l'Église catholique et de l'État; ou bien, si elle pense que cette séparation n'a pas été suffisamment préparée, à une révision sérieuse et efficace des règlements sur la police des cultes.»
La Chambre n'accepta point la proposition tendant à la séparation et vota un ordre du jour conciliateur de M. Étienne; mais la question était posée et le gouvernement, pour la première fois, avait eu un sourire favorable pour la séparation.
S'il n'avait pas été plus loin, c'est que le parti républicain, comme tous les autres, du reste, était divisé sur cette question et d'ailleurs, comme tous les autres, l'est encore. Il y a des républicains antiséparatistes; il y a des libéraux antiséparatistes et il y a des réactionnaires séparatistes. Les républicains séparatistes sont des autoritaires qui ne prennent la séparation que pour une mesure de spoliation à l'égard de l'Église (suppression du budget des cultes) et pour une mesure qui permettra de traiter l'Église séculière comme on a traité l'Église régulière, en s'appuyant sur les mêmes arguments. Pour eux, la séparation est une préface de l'extermination.
Les républicains antiséparatistes (M. Thézard par exemple, dans un remarquable discours prononcé devant ses commettants en août 1903 et qu'il a repris en le développant devant le Sénat en novembre 1905) sont des autoritaires aussi, fidèles à la conception napoléonienne et qui se disent que la séparation, c'est, quoi qu'on fasse, la liberté et qu'avec la liberté on ne sait jamais ce qui peut arriver; que la séparation, quelque complétée qu'elle puisse être par toutes les mesures possibles d'extermination, commence toujours par mettre l'Église hors des mains de l'État et que cela seul est déjà dangereux; que mieux vaut garder un esclave enchaîné que l'affranchir en se promettant de l'assommer ensuite. Ces considérations n'ont jamais été sans faire hésiter un peu les plus séparatistes des républicains.
Les libéraux antiséparatistes (M. Ribot) sont des hommes qui, d'une part, n'aiment jamais les résolutions extrêmes et qui, d'autre part, savent très bien qu'une séparation ne pourrait être libérale que faite par eux, et que faite par des radicaux, elle n'est qu'une mesure de guerre ajoutée à d'autres et devant être suivie par d'autres indéfiniment; et que, par conséquent, il n'y a que des raisons théoriques et il n'y a aucune raison pratique à affranchir l'esclave pour qu'il soit assommé le lendemain.
Les libéraux séparatistes, dont je suis, n'ont pas la naïveté de croire qu'une séparation faite par des républicains despotistes puisse être à arrière-pensée libérale et sont parfaitement convaincus qu'elle est toujours à arrière-pensée d'écrasement. Seulement ils croient que, même organisée contre la religion et destinée à être complétée dans le même sens, la séparation vaut mieux que la domestication, parce qu'elle est la liberté, la liberté très menacée, mais encore la liberté. Ils disent: «Malo periculosam libertatem.» Ils croient que dans cette liberté même périlleuse, que dans cette liberté de combat, l'Église puisera des forces nouvelles et qui sont celles mêmes qui font qu'une Église est vivante. En un mot, ils croient qu'une Église est une force autonome, indépendante de l'État, ou qu'elle n'est rien. Ils croient encore que l'Église indépendante de l'État, même tourmentée, même persécutée, suscitera à l'État, sans même le vouloir, mais parce que l'État en France sera toujours autoritaire, de tels embarras, lui donnera de telles impatiences, que lui-même en reviendra, comme en 1801, à désirer passionnément un Concordat, ce qu'ils ne souhaitent pas, mais ce qu'ils prévoient. En somme, ils raisonnent exactement, pour conclure à la séparation, comme les républicains antiséparatistes pour la repousser.
Et enfin les réactionnaires séparatistes raisonnent comme les libéraux séparatistes, pendant que les réactionnaires antiséparatistes, timorés ou prudents, traitent leurs amis séparatistes de «risquons-tout» et de «casse-cou».
Voilà quel est encore, voilà quel était en mai 1903 l'état des partis dans cette question.
Il y avait donc hésitation un peu partout. Que les républicains en sortissent, cela dépendait du gouvernement; car M. Combes inspirait une extraordinaire confiance à un parti peu intelligent, peu réfléchi et que la violence d'attitudes et de paroles séduit presque toujours. Or M. Combes, très peu séparatiste au début de son ministère, très peu séparatiste encore en mai 1903, comme on vient de le voir, inclina très rapidement vers la séparation, comme un homme que mènent les circonstances interprétées par un tempérament colérique. Il eut avec la cour de Rome quelques démêlés qu'un gouvernement conciliant ou simplement maître de soi, non seulement aurait résolus en quelques minutes, mais même aurait considérés comme n'existant pas; car en vérité ils n'étaient que de très légers dissentiments. Deux évêques, M. Geay, évêque de Laval, M. Le Nordez, évêque de Dijon, étaient agréables au gouvernement français et suspects, soit pour leur conduite privée, soit pour leur administration, à la Curie. De Rome on avertit M. Le Nordez de se démettre de ses fonctions. La lettre romaine fut communiquée par l'évêque au gouvernement français, qui protesta auprès du Saint-Siège, alléguant que, d'après le Concordat, les nominations des évêques devant être faites par le gouvernement français, sauf institution canonique réservée au Saint-Siège, il en devait être des révocations comme des nominations et que le Saint-Siège n'avait pas le droit de déposer un évêque français. Exactement la même procédure avait été suivie à l'égard de M. Geay et exactement les mêmes protestations, relativement à l'affaire de M. Geay, étaient faites par le gouvernement français. En même temps, ordre était donné par le gouvernement français et à M. Geay et à M. Le Nordez d'avoir à ne pas quitter leurs postes.