Mais Doria y avait pourvu. Le temps de son engagement avec la France allait expirer. Philippin avait reçu l'ordre secret d'abaisser le jour même le pavillon français, d'abandonner le siège et le reste de la flotte, et de revenir immédiatement à Lerici en se tenant sur ses gardes pour éviter la rencontre des Français. Cet ordre fut exécuté à l'improviste, à la surprise et à l'extrême regret de Lautrec. Philippin ramena neuf galères à la Spezia, abandonnant à elles-mêmes les huit françaises qui étaient sous son commandement avec celles de son oncle. Les historiens français disent qu'il fit retenir celle du roi par Antoine Doria, mais ce fait ne semble pas exact.
L'amiral ayant déclaré au roi de France qu'il renonçait à son service, offrit à Clément VII de rentrer au sien. Le pape, qui était peu en état d'accepter, lui envoya son secrétaire pour traiter avec lui, mais essentiellement pour l'empêcher de se mettre à la solde de l'empereur; car Colonna et del Vasto, prisonniers et commensaux de Doria, l'obsédaient sans cesse pour donner à Charles V un serviteur et un auxiliaire si puissant. La négociation fut poursuivie avec ardeur. On offrait à Doria l'assistance impériale pour s'emparer de la seigneurie de Gênes. Il refusa obstinément. Il convint de travailler à l'expulsion des Français, mais il stipula clairement l'indépendance et la liberté de sa patrie, et Charles V promit de n'y jamais attenter. Il exigea aussi que l'empereur garantît l'intégralité du territoire et particulièrement la domination sur Savone. Les Génois durent être traités pour leurs personnes et pour leur commerce, dans tous les États de l'empereur, à l'égalité de ses propres sujets.
Doria personnellement recevait toute abolition pour les hostilités qu'il avait pu exercer contre les impériaux, et, par une clause singulière, il n'était pas tenu de mettre en liberté ceux des prisonniers qui étaient enchaînés sur ses galères. Il devait seulement les rendre par échange à mesure qu'on lui fournirait des esclaves turcs ou des galériens condamnés. Il était nommé amiral et lieutenant de l'empereur. Il mettait à la solde de Charles V douze galères moyennant soixante mille écus par an. On lui donnait des assignations de fonds cautionnées par des maisons de commerce de sa confiance. Un port lui était assigné dans le royaume de Naples pour y faire stationner sa flotte, et, sous prétexte de se réserver les moyens d'assurer ses approvisionnements de bouche, il avait le droit d'extraire tous les ans dix mille salmes de froment de la Pouille ou de la Sicile.
Aussitôt que ce traité signé à Madrid eut été rapporté à Doria et avant qu'il fût public, il s'embarqua. Il allait tenter de se rendre maître des galères françaises dont Philippin s'était séparé devant Naples. Les Français prévenus tirèrent le canon contre lui, mais bientôt Lautrec mourut de maladie, son armée se dissipa, les galères du roi quittèrent une entreprise désormais perdue et se retirèrent vers Gênes et vers la France.
Doria se hâta de regagner la Ligurie; il crut que le moment était arrivé d'ôter Gênes aux Français, de faire coïncider cette délivrance avec le plan d'union qu'il avait embrassé avec chaleur, et de fonder enfin un gouvernement solide et indépendant.
Les citoyens étaient d'avance dans les mêmes dispositions. Une baillie, qui d'abord n'avait paru chargée que d'organiser le concours de la ville aux opérations militaires et maritimes des Français, n'avait pas tardé à traiter de l'union, des moyens de l'amener et du gouvernement à donner à la république. Trivulze inattentif n'en avait pris aucune alarme; il ne s'agissait encore que de réformer les lois sous le bon plaisir du roi. C'était en implorant la bonté et la sagesse royale qu'Augustin Pallavicini, dans une assemblée solennelle tenue en présence du gouverneur et où toutes les magistratures s'étaient réunies, avait prononcé un discours grave et mesuré, mais appelant une réforme immédiate. Toutes les opinions avaient concouru dans le même sens; et la baillie, prête à mettre son travail au jour, avait annoncé le terme précis auquel les nouvelles lois seraient publiées. Le redoublement de l'épidémie cruelle qui ravageait l'Italie avait retardé la conclusion de cette grande entreprise. La querelle de Savone, celle de Doria étaient venues dans l'intervalle faire secrètement penser que ce ne serait pas sous l'autorité française qu'on pourrait opérer pleinement une révolution si difficile à mener à bien dans un État dépendant. L'ambassadeur génois écrivait de Paris qu'il n'obtenait plus d'audiences et qu'elles étaient prodiguées aux députés de Savone. Le roi était plus éloigné que jamais d'écouter les plaintes; les ministres étaient de plus en plus partiaux; il fallait s'attendre à voir Savone devenir la capitale de la Ligurie. Il n'y avait plus rien à espérer ni de la justice ni de la clémence du monarque, détourné par les intrigues et la haine de ses favoris. Il était temps que les citoyens pensassent à pourvoir à leurs intérêts par leur propre résolution.
Le désastre de Naples, la nouvelle force que Doria s'était acquise vinrent relever le courage et pousser à suivre ce conseil. Doria parut avec treize galères et jeta l'ancre à l'entrée du port. Trivulze en fut alarmé, il descendit du Castelletto où il avait établi sa demeure pendant la contagion; il vint avec peu de suite, se montrer sur la place de Banchi, caresser les citoyens, les remercier de leur fidélité, leur demander d'y persévérer. Il ne pensait pas qu'André Doria pût avoir aucune vue hostile, et il désirait que des hommes sages allassent lui parler et l'invitassent à ne rien faire contre la paix de sa patrie.
Des députés allèrent trouver l'amiral sur son bord et lui représenter que s'il se livrait à des mouvements imprudents il travaillerait à la ruine de la ville qu'il voulait servir. Le comte de Saint-Pol était en Lombardie avec une forte armée; une entreprise hasardée l'attirerait nécessairement sur Gênes. Tel était le langage ostensible des députés: ils étaient secrètement chargés par la baillie d'encourager André, et l'un d'eux, J.-B. Doria, son parent, devait concerter toutes choses avec lui. L'amiral affecta de répondre qu'ayant appris qu'une armée étrangère dévastait de nouveau la Lombardie et menaçait Gênes, il venait offrir à sa patrie son bras et ses forces; que néanmoins il déférerait aux conseils modérés de si sages citoyens. Trivulze parut content de la réponse qui lui fut rapportée et remonta paisiblement au Castelletto, mais il expédia aussitôt au comte de Saint-Pol pour lui demander de prompts secours, et il fit appeler tout ce qu'il put trouver de soldats dans le voisinage.
Doria, à son tour, avait déjà envoyé des émissaires dans la ville, d'autres dans les campagnes pour faire trouver à Gênes les personnages notables que la crainte de la contagion avait éloignés. Tout s'emploie dans les intrigues politiques, et avec plus d'astuce que de bonne foi: cette contagion, cette peste, la populace était persuadée que les Français l'avaient introduite à dessein pour affaiblir la ville.
Ces précautions prises et les plans arrêtés, Doria se préparait à un débarquement qui devait s'effectuer en dehors du môle, quand, la nuit, une flotte française qui était dans le port fit un mouvement et se porta sur lui avec une vive canonnade. Il crut avoir à combattre; ce n'était qu'une fausse attaque pour masquer une retraite. Les Français avaient craint de faire enfermer leurs vaisseaux dans le port et ils avaient résolu d'en sortir. Doria fut en doute de leur dessein jusqu'au jour. Il les vit se retirer en hâte. Rien ne l'empêcha plus de pénétrer à l'intérieur, il arbora le pavillon de l'empereur, et c'était celui même que Philippin avait enlevé sur la galère de Moncade.