Quand Clément VII négociait le mariage de Catherine de Médicis, sa nièce, avec le fils du roi de France, les Génois, généralement favorisés par le pape, crurent trouver une occasion favorable d'obtenir de François un meilleur traitement. Laissés dans un état d'incertitude qui n'était ni la paix ni la guerre, et médiocrement protégés à cet égard par Charles dont l'intérêt n'était pas de les voir remis en grâce auprès de son rival, ils n'avaient pu rétablir leurs liaisons de commerce en Provence et en Dauphiné (1531). De temps en temps leurs navires étaient capturés. Mais François reportait la guerre en Italie sous prétexte d'attaquer les ducs de Milan et de Savoie, et se disposait à rompre avec l'empereur; dans ce renouvellement d'hostilités il paraît qu'il voulait forcer les Génois à prendre son parti; il voulait d'eux plus que la neutralité, objet de leurs sollicitations.
François suscitait un autre ennemi. Hariadan Barberousse, chef des forces maritimes du sultan Soliman, dominait dans la Méditerranée et venait souvent effrayer la Ligurie. Déjà plusieurs fois Doria s'était mesuré avec le courageux renégat (1530)1. Il avait même opéré un débarquement en Afrique, attaqué et occupé Cercel; mais le pillage fit débander ses gens, et les Mores, accourant en grand nombre, les surprirent et les chassèrent. Doria n'était pas revenu sans perte de cette expédition (1532); maintenant Barberousse avait dépossédé le roi more de Tunis; en ajoutant cette souveraineté à celle d'Alger dont il était déjà pourvu, il formait un établissement redoutable à la portée de l'Espagne, de la Sicile, au centre des mouvements de la navigation italienne. Charles se détermina à s'y opposer. Par son ordre Doria prépara un grand armement; Gênes y joignit douze galères: l'expédition fut glorieuse. On débarqua, on emporta le fort de la Goulette. Barberousse abandonna Tunis et se retira dans Alger (1535). Charles restitua sa conquête à l'ancien roi dépossédé par Hariadan.
Sur ces entrefaites le dernier Sforza mourut; cet événement fit éclater la guerre dont l'expédition des Français en Piémont n'avait été que le prélude. François, pressé de faire valoir ses prétentions sur le Milanais, y poussa ses troupes. Mais Charles le gagnant de vitesse s'empara du duché. Dans la prévoyance de l'imminente rupture, il avait attiré la plupart des puissances d'Italie dans une ligue qu'il se hâta de mettre en mouvement. Mais parmi les alliés plus d'un voyait avec jalousie et avec crainte l'empereur s'adjuger une grande souveraineté de plus. Il crut donc devoir protester qu'il ne s'emparait pas de Milan pour en faire sa proie. Il promettait d'en disposer en temps opportun au gré de ses amis et pour le plus grand bien de l'Italie.
La république de Gênes eût voulu rester neutre, ne fût-ce que pour être exempte de payer un contingent dans l'alliance, mais elle ne put se dispenser de figurer dans la ligue, et elle pensa en être la première victime. Charles, orgueilleux de quelques succès, s'obstina à l'invasion de la Provence. Doria et ses autres généraux les plus expérimentés tentèrent en vain de le détourner de cette dangereuse entreprise; il y précipita son armée. Tandis qu'elle s'y consumait de fatigue et de misère, un corps de troupes françaises qui s'était maintenu en Lombardie, réuni à la Mirandola, marchait pour couper le retour de France aux ennemis. Cette troupe se présenta devant Gênes. César Fregose était un des chefs de cette expédition; il tenta de s'emparer de la ville, essayant de favoriser l'attaque en réveillant les souvenirs attachés au nom de sa famille; la cité investie fut menacée d'un assaut. La confusion y fut grande, mais les précautions que le gouvernement avait prises suffirent pour résister à ce coup de main; les amis de Fregose, s'il en restait encore dans l'intérieur, ne firent aucun mouvement. Les assaillants se découragèrent, et, se remettant en marche, ils portèrent ailleurs leurs efforts. La ville reprit sa sécurité.
(1538) Cependant la médiation du pape fit conclure une longue trêve entre Charles et François. Paul était venu conférer à Nice avec ces deux rivaux, et les deux princes se revirent encore à Aigues-Mortes avec les apparences d'une cordialité chevaleresque. Dans cette dernière entrevue, François avait visité Charles sur la galère qui le portait. C'était celle de Doria. L'amiral, peu jaloux de se montrer entre eux, s'était tenu à l'écart; mais il fut appelé, présenté au roi et reçu par lui avec des marques singulières d'estime et de bienveillance.
Pendant cette paix avec la France, car c'était la paix sous le nom de trêve, Charles, encore fier du succès de Tunis, voulut en tenter un plus décisif sur Alger, afin de détruire entièrement la puissance que Barberousse avait établie en Afrique. Les préparatifs furent immenses, et parmi les ressources qui les défrayèrent, l'historien de Gênes ne saurait oublier la générosité d'Adam Centurione, l'ami de Doria. Les trésoriers espagnols lui avaient fait entendre qu'un prêt de 200,000 écus conviendrait extrêmement à leur maître. Il leur envoya la somme et en porta aussitôt une quittance à l'empereur. Frappé de ce noble procédé, Charles la jeta au feu et voulut rester débiteur. Suivant quelques narrateurs espagnols, ce fut Centurione qui, recevant une cédule de Charles pour titre de sa créance, la brûla devant lui, et l'empereur émerveillé se contenta de se chauffer, disait-il, à la chaleur d'une flamme si généreuse.
Enfin l'expédition partie, il sortit des portes de Gênes trente-cinq galères, un grand nombre de vaisseaux de transport, et quand cette flotte eut rallié aux îles Baléares les forces de l'Espagne, elle présentait plus de quatre cents voiles sous le commandement d'André Doria. Les vieilles bandes espagnoles, les régiments allemands, les levées italiennes concouraient à l'expédition. Charles s'était embarqué à la Spezia. On atteignit le rivage; le débarquement s'opérait. Tout à coup une tempête s'élève, les câbles sont brisés, les navires se heurtent et sont jetés contre le bord. La galère d'André qui portait l'empereur resta sur ses ancres, beaucoup d'autres échouèrent; celle de Gianettino Doria, qui était de ce nombre, fut immédiatement assaillie par une foule innombrable de Mores et d'Arabes. Un régiment italien commandé par Augustin Spinola, heureusement débarqué, vint au secours et tira les naufragés de ce double péril. Quatorze galères périrent dans cette journée; onze étaient la propriété de Doria. Tout le reste fut maltraité, et l'armée se vit sur une côte ennemie sans provisions et sans munitions. Doria déploya son courage et son habileté dans cette fatale rencontre; mais il avertit l'empereur de la nécessité de retourner en arrière pour ne pas sacrifier toute son armée. Le naufrage, le fer des Mores, la misère qui accompagna le retour exercèrent de tels ravages que de vingt-quatre mille hommes embarqués, Charles, dit-on, n'en ramena pas dix mille.
Un si grand échec à sa puissance fournissait à François une occasion propice de tenter encore sa fortune après tant de sujets de plaintes réciproques et une si longue rivalité.
Ce renouvellement des hostilités était odieux à la république qui avait vu son commerce détruit au milieu des chocs répétés de ces grandes puissances. Les circonstances étaient funestes. Une affreuse disette avaient pesé sur l'Italie; et, pour juger de la décadence de la navigation mercantile des Génois, il suffit de voir cette époque donner naissance à la fois à deux administrations ou magistratures, l'une pour prendre soin des pauvres (1539), l'autre, dite de l'annona, pour se procurer des grains. Ainsi à la première saison rigoureuse, dans ce port où jusque-là ses navires faisaient affluer en tribut les biens et les denrées de toutes les terres, le commerce devenait impuissant pour assurer les subsistances dans la ville, et une population industrieuse et sobre était tombée en état de mendicité. On faisait des plans pour ordonner le défrichement général des terres de Corse, ressource difficile à exploiter et qu'un peuple navigateur avait aussi peu comptée jusque-là que la culture des roches de son propre territoire. Dans cette situation et à la nouvelle rupture, les Génois désiraient par-dessus tout la neutralité. Ils la souhaitaient d'autant plus que les derniers procédés de la France les flattaient d'y rentrer en grâce. Dans leur détresse ils avaient obtenu la permission d'y acheter des grains: un généreux patron s'était trouvé pour eux dans cette cour, c'était César Fregose, ce banni qui un peu auparavant avait assiégé leurs murailles. De retour à Paris et pendant la paix il leur avait prodigué ses bons offices. Les relations commerciales, interdites depuis 1528, avaient été rétablies. Une ambassade génoise était allée remercier François de son indulgente bienveillance. Gênes aurait voulu n'en pas perdre tout le bienfait quand à la suite de l'assassinat de ce même Fregose la guerre recommençait.
Mais Charles n'avait rien négligé pour assurer sa prépondérance dans Gênes. Il comptait sur l'influence de Doria pour lui répondre de tous les conseils de la république. Elle avait pour surveillant habituel l'Espagnol Gomès, ministre résident de l'empereur qui entendait exercer une sorte de tutelle; un lien plus fort peut-être, l'intérêt, mettait les principaux personnages dans la dépendance. Ils prêtaient leurs capitaux au roi d'Espagne, qui leur donnait pour gage les revenus de ses États et les riches produits qu'envoyait l'Amérique. Dans l'occasion présente la république osa insister sur la justice et sur la nécessité de la laisser se soustraire aux calamités de la guerre nouvelle. Après l'échec d'Alger, ses forces maritimes épuisées, loin d'offrir aucune coopération utile, ne suffisaient pas à la défense de son littoral, tandis qu'en vertu de l'alliance du roi de France avec Soliman (1543), la flotte de Barberousse, combinée avec celle de François, stationnait dans la mer de Provence et de Ligurie. L'État de Gênes, borné presque à son rivage, était ainsi vulnérable sur tous les points; et attirer des hostilités c'était appeler le ravage sur soixante lieues de côtes, c'était livrer les populations entières non pas aux calamités communes de la guerre, mais à la férocité des Turcs et à l'esclavage. Les Génois obtinrent enfin de se déclarer neutres; Charles le permit, François en agréa l'assurance. Quelques violences avaient déjà été exercées par Barberousse; le roi envoya à Gênes pour les désavouer et pour promettre qu'elles ne se répéteraient point. En même temps certaines insinuations furent faites de sa part à la république. On demandait l'entrée des ports pour les flottes du roi; on se proposait d'envoyer un ministre français résider à Gênes: François demandait aux Génois, pour gage de leur neutralité, de lui accorder des emprunts comme Charles en levait chez eux. Les Génois répondirent que tous les ports seraient ouverts aux Français, mais à eux seuls toutefois, et nullement à leurs alliés turcs, qu'on ne pourrait recevoir sans anxiété et sans péril. On désirerait qu'un ambassadeur de France pût venir à Gênes, mais on était astreint à de grands ménagements, et l'on craindrait que sa présence n'entraînât quelques difficultés avec les ministres impériaux. Quant aux emprunts, le trésor n'était pas assurément en situation de prêter ni à l'empereur ni au roi. Charles avait emprunté chez des particuliers, ce que le gouvernement ne pouvait ni ordonner ni défendre. Benoît Centurione fut envoyé pour porter ces réponses au roi, et, comme on peut le croire, le messager et le message furent mal accueillis. Cependant la Ligurie fut ménagée. Barberousse fit de son chef assurer le gouvernement qu'il se conformerait aux intentions bienveillantes du roi de France, et qu'il se comporterait envers les Génois en ami. Quelques relations de bons procédés s'établirent entre Doria et lui. Bientôt mécontent des Français (1544), il se sépara d'eux et se prépara à retourner en Orient. Il vint dans la rade de Vado. Le sénat lui envoya des rafraîchissements et des présents. En partant il ne s'en empara pas moins d'un navire richement chargé qui se rencontra sur sa route; enfin il s'éloigna après avoir commis sur les côtes de Toscane les dévastations que Gênes s'était heureusement épargnées.