Quelques explications entre deux villes gibelines devaient les ramener à la paix; mais on reconnut qu'elles étaient irréconciliables. La conformité de parti en politique n'empêchait pas, à Gênes, que l'unanimité des voeux ne fût pour la guerre. Un conseil spécial de créance fut muni de grands pouvoirs pour la diriger. L'État n'avait alors en propriété que douze galères, le conseil ordonna d'en fabriquer cinquante. Saint-Pierre-d'Arène se couvrit de chantiers; des flottes nombreuses furent mises à la mer, tantôt armées à la solde du trésor public ou défrayées par une contribution générale extraordinaire1, tantôt composées des galères fournies par les armateurs particuliers, encouragés à concourir aux expéditions communes. A cette occasion il fut réglé que le titre d'amiral et le droit d'arborer le pavillon de saint George n'appartiendrait qu'au chef de dix galères au moins; le commandant d'un moindre nombre ne fut qualifié que de capitaine. Les efforts étaient considérables. On voit mettre à la mer de chaque côté des flottes de soixante et quatre-vingts galères. Les nobles et les populaires s'y embarquaient indifféremment; personne, dit l'annaliste génois, ne pouvait ni ne voulait s'en excuser.
Chaque année le nombre des armements se décidait d'après ce qu'on apprenait de ceux de l'ennemi; car l'usage avait continué d'expédier des explorateurs d'une ville à l'autre. Il restait même des anciennes relations de fréquentation réciproque, à Pise un greffier des Génois, et un greffier des Pisans à Gênes; mais, à l'occasion de la guerre présente, l'un et l'autre furent congédiés.
L'on se fit tout le mal que l'on put. On captura, on pilla de toutes parts. A chaque pas les annales font mention de cargaisons de grande valeur alternativement perdues ou gagnées. Les Génois ravagèrent à plusieurs reprises les îles d'Elbe et de Planuse. Les Pisans, unis en Sardaigne au juge d'Arborea, y ruinèrent les établissements génois; mais sur la mer la fortune ne fut pas favorable aux Pisans; chaque campagne est marquée par des désastres où l'ascendant de leurs rivaux est signalé.
Un convoi très-riche, escorté par des forces respectables, est rencontré par une flotte génoise. Une tempête violente empêche l'attaque; mais, bravant les vents déchaînés, l'amiral Thomas Spinola ne perd la trace de sa proie ni de jour ni de nuit. La tempête s'apaise. Les Pisans, ne pouvant éviter le combat, se serrent en une masse compacte, suivant la tactique de ce temps. Les Génois attaquent, abordent, s'emparent de tout; ils enlèvent tout ce qui peut s'emporter et mettent le feu aux bâtiments; ils rentrent à Gênes et remettent à la commune neuf cent trente prisonniers et 28,000 livres d'argent; 10,000 liv. de ces dépouilles pisanes servent à la fondation de la darse du port de Gênes sur l'emplacement où elle existe aujourd'hui.
Cinquante autres galères armées par le concours des nobles et des populaires de la cité et des rivières étaient sorties sous les ordres de Conrad Doria, fils de l'un des capitaines de la république. Il va droit dans le port pisan et y stationne un jour et une nuit à un jet de pierre des tours. Personne ne sort des enceintes intérieures pour le combattre. La flotte pisane était déjà en mer. Il va la chercher. Les vents l'avaient séparée. Signalée à son retour, Doria lui donne la chasse, en enlève nombre de galères et ramène à Gênes six cents captifs.
Henri de Mari attaque vingt-quatre galères, une est coulée à fond, huit sont conduites en triomphe à Gênes. Quand on a fait de telles prises, on les montre, dans le port de Pise, sous leur propre pavillon, et, à la faveur de cette supercherie, on fait prisonniers jusqu'aux magistrats qui se rendent à bord dans l'ignorance de la capture.
Tous les efforts d'un grand armement de soixante-quatre galères sorties de Pise se bornèrent à ravager Porto-Venere, bientôt secouru par le Génois. Cependant ce peu de succès ne décourage point. On promet dans Pise de venir incessamment assez près de Gênes pour jeter au-dessus de ses murs des pierres enveloppées d'écarlate. Sur cette bravade, Benoît Zacharie, l'un des plus hardis marins de Gênes, amiral de trente galères années par souscription, entre fièrement dans le port de Pise et s'y maintient quelques jours. Le capitaine de la république, Hubert Doria, sort de Gênes à la tête d'une flotte considérable. Zacharie va le rejoindre; ils unissent ensemble quatre-vingt-huit galères et sept vaisseaux. La flotte pisane était à la mer. On la cherche sur la Sardaigne; on y apprend qu'elle avait paru au cap Corse et qu'elle avait tourné ses proues pour regagner la Toscane. On fait voile pour lui couper le chemin; elle était déjà devant son port, et, quand les Génois parurent, elle se présenta valeureusement en bel ordre de bataille. Le podestat de Pise, Morosino, noble Vénitien, la commandait. Les forces paraissent avoir été à peu près égales. Jamais les deux ennemis ne s'étaient engagés dans un combat si général. Il fut horriblement acharné, mais décisif. Le champ de bataille s'étendit de l'embouchure de l'Arno à l'île Meloria, derrière laquelle, dit-on, Zacharie s'était posté en réserve et d'où il sortit au milieu de la mêlée pour mettre en déroute les Pisans. On s'aborda avec fureur. Le capitaine génois et Zacharie s'attachèrent à la galère du podestat pisan; celle qui portait le grand étendard de Pise fut attaquée par les autres membres de la famille Doria, réunis sous la bannière de Saint-Mathieu; l'une et l'autre furent prises, et leur capture fut le dernier signal d'une pleine défaite. Vingt-neuf galères tombèrent au pouvoir des Génois, sept furent submergées, le reste ne se sauva qu'à la faveur de la proximité du port et ne fut en sûreté que derrière les chaînes tendues à l'intérieur. Il périt, dit-on, cinq mille combattants; onze mille captifs furent emmenés par les vainqueurs, et l'Italie dit alors: «Qui veut voir Pise aille à Gênes.»
Pise ne se releva jamais de ce coup fatal, qui fut, au reste, l'occasion d'intrigues et de négociations nouvelles. Deux franciscains vinrent à Gênes demander la paix pour les Pisans et les mettre à la discrétion de leurs adversaires. Mais l'animosité était si grande qu'on ne voulut pas croire que cet abaissement ne cachât pas un piège. On prêta donc plutôt l'oreille aux négociateurs de Florence et de Lucques qui proposèrent une alliance de trente ans pour la ruine totale de Pise. Sienne, Pistoia entrèrent dans cette ligue. Mais les Toscans la tramaient sans bonne foi; il ne s'agissait pas pour eux de détruire la malheureuse cité des Pisans, ils ne voulaient que l'obliger à se jeter enfin entre leurs mains pour échapper aux Génois. Cette ruse eut son effet. On entrevit à Pise la possibilité de rompre cette alliance funeste en recherchant l'appui des guelfes. On eut recours au crédit du comte Ugolin, et ce nom rappelle une catastrophe horrible (1285). Né gibelin, il était connu pour avoir traité avec les guelfes, et l'on crut qu'il serait propre à réconcilier son pays avec les villes de ce parti, puisqu'on était forcé de mendier leur appui. On le mit à la tête du gouvernement. Il parut demander la paix aux Génois, et d'abord il avait offert de céder Castro (Castello) en Sardaigne, la forteresse voisine de Cagliari qui avait été l'objet des premières rivalités. Cette proposition fut au nombre de celles que le premier orgueil de la victoire fit rejeter. Cependant les nombreux prisonniers détenus à Gênes, parmi lesquels se trouvaient les personnages les plus importants, négociaient sans cesse pour racheter leur liberté et pour ménager une paix2. Ils représentaient aux Génois que leur absence seule faisait perdre Pise à la cause gibeline; leur retour ferait cesser les intrigues d'Ugolin, qui vendait leur patrie aux guelfes; et Ugolin, non moins prévoyant, se gardait bien de seconder leurs efforts. Au milieu de ces dispositions diverses, la haine nationale remportant sur l'intérêt de parti le plus évident, fit refuser tout traité et toute espèce de rançon pour ces malheureux captifs. Les écrivains étrangers attribuent aux Génois cette diabolique pensée, que retenir à jamais toute cette fleur de la population et de la jeunesse pisane loin de leurs foyers, c'était empêcher de naître une génération ennemie.
Dans l'état de dépression où les Pisans étaient réduits, le vainqueur les outrageait impunément. Henri Spinola allait ravager les côtes et détruire jusqu'aux défenses des ports (1286). Zacharie stationnait à plaisir dans celui de Pise, poursuivant partout les bâtiments qui s'exposaient encore sur la mer, et il alla réclamer jusqu'à Tunis comme ses prisonniers les hommes qui s'y étaient réfugiés.
(1288) Cependant une paix que les prisonniers pisans avaient trouvé le moyen de conclure après de longs traités, attendait depuis treize mois la ratification de leur république. Ugolin avait tout fait pour éviter cet accord qui, en ramenant tant de gibelins considérables, allait renverser son empire. Mais enfin il n'avait pu s'empêcher d'accéder à la paix demandée avec des instances si pressantes; ce fut toutefois avec la malheureuse espérance de la faire rompre. Tandis que de Gênes on expédiait de tous côtés pour faire cesser les captures maritimes et pour rappeler les flottes, Ugolin faisait tenir à son fils, qui commandait à Oristano et à Cagliari, en Sardaigne, l'ordre de continuer les hostilités. Beaucoup de bâtiments furent victimes de cette mauvaise foi. Ugolin s'excusa sur un malentendu passager, mais les déprédations continuaient. Gênes envoya trois galères en Sardaigne afin de se faire justice. Les ordres portaient de détruire les corsaires et de ne faire aucun mal aux autres Pisans. Ce nouveau cours d'hostilité excita dans Pise un soulèvement. L'archevêque se mit à la tête du peuple; on alla arracher de sa demeure le perfide Ugolin et les siens. On voulait les livrer à Gênes comme les otages responsables de la paix violée: les Génois refusèrent, en se contentant de cette réparation. Le malheureux comte, deux de ses fils, ses deux petits-fils, furent jetés dans une tour; elle fut murée sur eux….. Le Dante a immortalisé leurs souffrances. Ils moururent de faim3.