Ils se préparaient à marcher vers la pointe de Brondolo, dont le chemin leur était ouvert. Les Génois ne les attendirent pas. Ils mirent le feu au couvent déjà ruiné par l'artillerie. Ils détruisirent leurs machines. Enfin ils incendièrent douze galères qu'ils avaient encore dans le canal. Après cette destruction chacun chercha à se sauver en gagnant dans quelque canot Padoue ou les terres voisines. Dix galères se trouvaient aussi auprès des moulins de Chioggia. Pisani les fit attaquer, les équipages les abandonnèrent, elles furent prises sans combat et conduites à Venise avec tout leur armement encore à bord.
Chioggia eût été conquise si les Vénitiens l'eussent attaquée dans ce moment de trouble et de stupeur. Ils se contentèrent d'un blocus très- resserré. Ils fermèrent toutes les issues. Il ne passait plus un de ces bateaux qui par le fleuve avaient toujours entretenu quelques approvisionnements. Il ne pénétrait plus un seul message. Les habitants furent mis à la ration. Les femmes et les enfants furent renvoyés hors de la ville; le doge les fit recueillir avec humanité.
Une seule fois Carrara, profitant d'une négligence des ennemis, força un passage et fit parvenir à Chioggia un convoi de vivres et surtout de poudre dont on manquait. Ce secours, qui ne put se renouveler, grâce à la vigilance de Zeno, donna un répit de plusieurs mois aux assiégés, sans rien changer à leur position.
Quand ces dernières provisions commencèrent à s'épuiser, on ne put se dissimuler l'issue nécessaire d'une situation désespérée. Une première négociation s'entama, mais elle fut inutile. La fatale réponse de Doria, quand c'était aux Vénitiens de demander grâce, fut durement reprochée aux Génois. On leur déclara que pas un d'eux ne sortirait de Chioggia que ce ne fût pour entrer dans les prisons de Venise. Cette sentence ranima les courages; on supporta les privations; on attendit la délivrance de quelque heureux hasard; et six mois encore se passèrent ainsi.
Le gouvernement de Gênes, sur la nouvelle de la mort de Pierre Doria, avait d'abord nommé pour lui succéder Gaspard Spinola de Saint-Luc. Il partit par terre, il parvint à Padoue, mais il ne put pénétrer jusqu'à Chioggia.
Une flotte de treize galères fut expédiée avec l'espérance qu'elle porterait un secours efficace. Mathieu Maruffo, plébéien considérable, la commandait. En passant vers la Sicile il avait trouvé Thaddée Giustiniani envoyé à Manfredonia avec six galères qui devaient faire charger et escorter douze cargaisons de grains. Maruffo attaqua le convoi et l'escorte. Giustiniani, ne pouvant résister, brûla ses vaisseaux et ses galères, et tomba lui-même avec deux cents prisonniers aux mains des Génois. Le reste de son monde s'était sauvé à terre. Une autre division de cinq galères partit de Gênes à la suite de celle de Maruffo; toutes ces forces parurent devant Chioggia au mois de juin.
Leur vue excitait des transports de joie chez ceux de la ville, ils montaient sur le toit des maisons, ils agitaient des drapeaux; ils saluaient leurs compatriotes, et leur demandaient de prompts secours. Une fatale barrière les séparait; elle rendait inutiles ces forces déployées, et encore plus déplorable la catastrophe qu'elles ne pouvaient empêcher. Les Vénitiens ne quittaient pas leurs postes. Ils ne s'avançaient point hors des embouchures dont ils étaient maîtres. Les provocations, les outrages des équipages de Maruffo ne purent les attirer en pleine mer. Des flottilles de bateaux venaient escarmoucher avec les Génois; les galères ne se commettaient point.
La garnison fit un dernier effort pour regagner Chioggia la Petite; si elle avait pu se rétablir sur la rive, elle aurait en quelque sorte donné la main à Maruffo, et quelque voie de salut eût pu s'ouvrir. Cette tentative fut inutile. De cette époque on vit les assiégés disposés à entrer en pourparler avec quiconque s'approchait de leurs murailles. Ils avaient cessé de tirer sur tout ce qui paraissait à portée. Ils avaient déjà repris leur finesse à la place de leur hauteur: pour conjurer s'il se pouvait quelques-unes des conséquences de leur mauvais sort, ils s'efforçaient d'opposer à la haine des Vénitiens qui les voulaient captifs dans Venise, l'avidité de ces compagnies de mercenaires pour qui la guerre n'était qu'un commerce de butin et de rançons. Ils les flattaient de se rendre à eux et ils traitaient d'avance de leur rachat. Cette politique pensa les bien servir.
Leurs députés en venant proposer de capituler s'adressèrent non-seulement à Zeno, mais officiellement aux capitaines des auxiliaires. Le sénat, mécontent de la part que ceux-ci se disposaient à prendre au traité, envoya des commissaires à l'armée pour s'emparer de la négociation et pour déclarer avant tout à leurs soldats qu'aucun prisonnier génois ne leur serait laissé, qu'aucun ne serait mis à rançon, parce que tous devaient entrer et rester dans les prisons de la république. Cette déclaration pensa causer un soulèvement; une extrême dextérité fut nécessaire pour négocier avec les compagnies avant d'entendre à un traité avec les assiégés. Enfin, avec assez de peine, on parvint à un accord sur le partage des fruits de la victoire, et il fut solennellement convenu que le gouvernement parlementerait seul avec les Génois pour leur reddition.
Après cet incident une nouvelle députation vint auprès de Zeno implorer dans les termes les plus humbles une capitulation. Le général leur confirma que, pour toute grâce, ils iraient à Venise prisonniers et que rien ne les sauverait de cette humiliation.