Ce fut probablement sous le vicomte Bernard Aton ou, au plus tard, sous Roger III, vers 1130, que le château fut élevé et les murailles des Visigoths réparées. Les tours du château, par leur construction et les quelques sculptures qui décorent les chapiteaux des colonnettes de marbre servant de meneaux aux fenêtres géminées, appartiennent certainement à la première moitié du XIIe siècle. En parcourant l'enceinte intérieure de la cité, ainsi que le château, on peut facilement reconnaître les parties des bâtisses qui datent de cette époque; leurs parements sont élevés en grès jaunâtre et par assises de 0m,15 à 0m,25 de hauteur, sur 0m,20 à 0m,30 de largeur, et grossièrement appareillés.

Le 1er août 1209, le siège fut mis devant Carcassonne par l'armée des croisés, commandée par le célèbre Simon de Montfort.

Le vicomte Roger avait fait augmenter les défenses de la cité et celle des deux faubourgs de la Trivalle et de Graveillant, situés entre la ville et l'Aude, ainsi que vers la route de Narbonne.

Les défenseurs, après avoir perdu les faubourgs, manquant d'eau, furent obligés de capituler. Le siège entrepris par l'armée des croisés ne dura que du 1er au 15 août, jour de la reddition de la place. On ne peut admettre que pendant ce court espace de temps les assiégeants aient pu exécuter les travaux de mine ou de sape qui ruinèrent une partie des murailles et tours des Visigoths; d'autant qu'il existe des reprises faites pendant le XIIe siècle pour consolider et surélever les tours visigothes qui avaient été fort compromises par la sape et la mine.

Il faut donc admettre que les travaux de siège et les brèches dont on signale la trace, notamment sur le côté nord, sont dus aux Maures d'Espagne, lorsqu'ils conquirent ce dernier boulevard des rois visigoths. Bernard Aton ne peut être, non plus, l'auteur de ces travaux de mine, car le traité qui lui rendit la cité occupée par ses sujets révoltés n'indique pas qu'il ait eu à faire un long siège et que les défenseurs fussent réduits aux dernières extrémités.

Le vicomte Raymond Roger, au mépris des traités et de la capitulation qui rendait la cité de Carcassonne aux croisés, était mort en prison dans une des tours en novembre 1209. Depuis lors, Raymond de Trincavel, son fils, avait été dépouillé, en 1226, par Louis VIII de tous ses biens reconquis sur les croisés. Carcassonne alors fit partie du domaine royal, et un sénéchal y commandait pour le roi de France.

En 1240, ce jeune vicomte Raymond de Trincavel, dernier des vicomtes de Béziers, et qui avait été remis en 1209 aux mains du comte de Foix (il était alors âgé de deux ans), se présente tout à coup dans les diocèses de Narbonne et de Carcassonne avec un corps de troupes de Catalogne et d'Aragon. Il s'empare, sans se heurter à une sérieuse résistance, des châteaux de Montréal, des villes de Montolieu, de Saissac, de Limoux, d'Azillan, de Laurens et se présente devant Carcassonne.

Il existe deux récits du siège de Carcassonne entrepris par le jeune vicomte Raymond en 1240, écrits par des témoins oculaires: celui de Guillaume de Puy-Laurens, inquisiteur pour la Foi dans le pays de Toulouse et celui du sénéchal Guillaume des Ormes, qui tenait la ville pour le roi de France. Ce dernier récit est un rapport, sous forme de journal, adressé à la reine Blanche, mère de Louis IX.

Cette pièce importante nous explique toutes les dispositions de l'attaque et de la défense[3]. À l'époque de ce siège, les remparts de Carcassonne n'avaient ni l'étendue ni la force qui leur furent données depuis par Louis IX et Philippe le Hardi. Les restes encore très-apparents de l'enceinte des Visigoths, réparée au XIIe siècle, et les fouilles entreprises en ces derniers temps, permettent de tracer exactement les défenses existant au moment où le vicomte Raymond de Trincavel prétendit les forcer.

Nous donnons ci-après, figure 2, le plan de ces défenses, avec les faubourgs y attenant, les barbacanes et le cours de l'Aude.