La faiblesse de Catherine de Médicis dans cette affaire, sembla autoriser les bruits que les Espagnols faisaient courir pour atténuer l'odieux de leur conduite. Ils assuraient que Charles IX s'était entendu avec leur roi, son beau-frère, pour exterminer les Huguenots établis à la Floride. Quoiqu'il se soit refusé à demander satisfaction de cette horrible violation du droit des gens, et que d'autres actes de son règne ternissent encore beaucoup plus sa mémoire, il est impossible d'ajouter foi à de pareils rapports sans des témoignages clairs et précis qui les rendent indubitables.
En formant des établissemens de protestans français dans le Nouveau-Monde, Coligny exécutait un projet patriotique, projet dont l'Angleterre sut ensuite profiter, et dont nous voyons aujourd'hui les immenses résultats. Il voulait ouvrir en Amérique à tous ceux qui s'étaient séparés de la religion établie du royaume, un asile, où, tout en formant partie du même empire, et en augmentant son étendue et sa puissance, ils pourraient jouir des avantages que possédaient les fidèles de l'ancienne religion dans la mère-patrie. Ce projet est vraiment une des plus belles et des plus nobles conceptions modernes; et s'il n'a pas réussi, quoiqu'il eût d'abord l'appui du gouvernement, c'est parce que le parti catholique, qui eut toujours la principale influence sur le trône, s'y opposa sans cesse, tantôt sourdement, tantôt ouvertement. Il en fut ainsi surtout vers le temps où nous sommes arrivé. La longue période qui s'écoula depuis l'expédition de Roberval jusqu'à celle du marquis de la Roche en Acadie, en 1598, est entièrement remplie par la lutte avec l'Espagne et l'Empire, et par les longues et sanglantes guerres de religion rendues si tristement fameuses par le massacre de la St.-Barthélemi, et que termina le traité de Vervins. Durant tout ce temps, l'attention des chefs de l'Etat fut absorbée par ces événemens mémorables, qui ébranlèrent la France jusqu'en ses fondemens.
Ce ne fut qu'après cette triste époque, et lorsque Henri IV fut solidement établi sur le trône, que l'on revint aux desseins que l'on avait formés sur le Canada et les pays voisins, et auxquels on paraît en général avoir tenu jusque-là plus par esprit d'imitation et par fantaisie, que par ambition ou par intérêt bien entendu.
Mais tandis que le reste des Français travaillait à s'entre-détruire avec un acharnement qu'on a peine à concevoir aujourd'hui, pour des croyances dont ces massacres mêmes prouvaient que Dieu seul pouvait être le juge, et qui devront servir de salutaire exemple dans tous les temps aux peuples de ce continent, où il y a tant de religions diverses, les Normands, les Basques et les Bretons continuaient de faire la pêche de la morue et de la baleine, comme si leur pays eût joui de la plus grande tranquillité. Tous les jours ils agrandissaient le cercle de leur navigation. C'était à eux que l'on devait cette pêche qu'ils avaient créée à une époque reculée, et qui augmentait d'une manière si considérable l'industrie française. Ils l'avaient d'abord commencée sur le grand banc de Terreneuve; ils l'étendirent graduellement sur les côtes voisines et dans le golfe et le fleuve St.-Laurent. En 1578, cent cinquante navires français vinrent à Terreneuve. Un autre négoce non moins profitable qui s'était établi avec les Indigènes des côtes, est celui des pelleteries, lequel se faisait avec une grande facilité et avec avantage pour la France. Les trafiquans de fourrures furent attirés à la recherche de cette marchandise, le long d'une grande partie des rivages de l'Amérique du nord, et dans les rivières qui tombent dans la mer. Ils remontaient le fleuve St.-Laurent jusqu'au-dessus de Québec, côtoyaient les îles du golfe et des environs, et les pays voisins. C'est à ce commerce enfin que sont dûs en grande partie les premiers établissemens que l'on va voir bientôt se former au Canada et dans l'Acadie.
Jacques Noël et Châton, neveux et héritiers de Cartier, avaient continué ses entreprises, et s'étaient livrés au commerce des pelleteries qui rendait de grands bénéfices; ils excitèrent à tel point la jalousie des autres traitans, que ceux-ci brûlèrent trois ou quatre de leurs pataches. Afin de ne plus être exposés aux mêmes attaques, ils sollicitèrent du roi le renouvellement des priviléges qui avaient été accordés à leur oncle, dans la vue de former une habitation dans la Nouvelle-France, avec le droit exclusif de commercer avec les Sauvages durant 12 ans, et d'exploiter les mines qu'ils avaient découvertes. En considération des services de leur oncle, des lettres-patentes leur furent accordées à cet effet en 1588. Cependant, dès que les marchands de St.-Malo eurent appris ce qui venait de se passer, et l'existence du privilége qui les privait d'un négoce lucratif, ils se plaignirent hautement. Ils se pourvurent au conseil privé du roi, pour faire révoquer les lettres-patentes, et obtinrent un arrêt favorable à leur demande sans beaucoup de difficultés.
Dans l'année même du rétablissement de la paix (1598), le marquis de la Roche, de la province de Bretagne, se fit confirmer par le roi dans la charge de lieutenant-général du Canada, de l'Acadie et des pays adjacens, que lui avait accordée Henri III, et dont les troubles du royaume l'avaient probablement empêché de prendre possession. Ses pouvoirs avaient la même étendue que ceux de Roberval. Il était autorisé à prendre dans les ports de France, les navires, capitaines et matelots dont il pourrait avoir besoin; à lever des troupes, faire la guerre et bâtir des villes dans les limites de sa vice-royauté; à y promulguer des lois et les faire exécuter; à concéder les terres aux gentilshommes, à titre de fiefs, seigneuries, baronnies, comtés, etc. Le commerce était laissé également sous son contrôle absolu.
Revêtu ainsi d'une autorité aussi despotique que vaine et imaginaire, il partit pour le Nouveau-Monde avec 60 hommes. Aucun marchand n'osa élever la voix contre le monopole accordé à ce seigneur, comme on l'avait fait contre les neveux de Cartier: son rang leur imposa silence.
Le marquis de la Roche, soit qu'il craignit la désertion de ses gens, composés de repris de justice, soit qu'il crut ce lieu plus à la main en attendant qu'il eût trouvé dans la terre ferme un territoire propre à son dessein, les déposa dans l'île de Sable. Cette île, en forme de croissant, étroite, aride et d'un aspect sauvage, ne porte ni arbres, ni fruits; il n'y pousse qu'un peu d'herbe, et l'on n'y trouve qu'un lac d'eau douce au centre.
Après avoir ainsi débarqué ses colons sur cette terre désolée, entourée d'écueils battus par la mer, il passa en Acadie. En revenant, il fut surpris par une furieuse tempête qui le chassa en dix ou douze jours sur les côtes de France. Il n'eut pas plutôt mis pied à terre, qu'il se trouva enveloppé dans une foule de difficultés. Le duc de Mercoeur, qui commandait en Bretagne, le garda aussi prisonnier quelque temps. Ce ne fut que cinq ans après, qu'il put raconter au roi qui se trouvait à Rouen, ce qui lui était arrivé dans son voyage. Le monarque, touché du sort des malheureux abandonnés dans l'île de Sable, ordonna au pilote qui y avait conduit le marquis de la Roche, d'aller les chercher. Il n'en trouva plus que douze sur quarante qui y avaient été débarqués.
Dès qu'ils avaient été livrés à eux-mêmes, ces hommes, accoutumés à donner libre cours à la fougue de leurs passions, n'avaient plus voulu reconnaître de maître. La discorde les avait armés bientôt les uns contre les autres, et plusieurs avaient péri dans des querelles qui empirèrent encore leur triste position. A la longue cependant la misère dompta leur caractère farouche, et ils prirent des habitudes plus paisibles, et que nécessitait d'ailleurs l'intérêt de leur conservation.