Le chapitre de la cathédrale réduit à un petit nombre de membres, n'ayant plus de revenus suffisans pour subsister, s'était éteint insensiblement. Sa dernière assemblée capitulaire était du 10 septembre 1773; le dernier chanoine était mort en 1796.
Du consentement de la cour de Rome et de sir Guy Carleton, un coadjuteur avait été nommé en 72 à l'évêque, qui en avait toujours eu un depuis pour le remplacer après sa mort ou sa résignation. M. Plessis faisait ensuite observer à sir George Prévost que les évêques avaient fait et faisaient encore profession de la loyauté la plus scrupuleuse envers le gouvernement, et avaient cherché en toute occasion à la graver profondément dans l'esprit du clergé et du peuple confié à leurs soins.
Comme l'on savait très bien, qu'ils ne prétendaient exercer d'autorité qu'au spirituel et seulement sur les sujets catholiques de leur diocèse, on ne leur avait contesté ni leur juridiction, ni leur titre d'évêque jusqu'à ces dernières années, où des esprits jaloux se couvrant du spécieux prétexte du zèle pour les intérêts et les prérogatives de la couronne, avaient commencé à élever des doutes sur l'exercice d'une autorité toute canonique et inoffensive de sa nature.
Au mois d'avril 1806, un officier de la couronne avait filé dans une des cours, une requête tendante à troubler cette jouissance, à mettre en force certains statuts impériaux, fruits malheureux des animosités religieuses du 16e siècle, à anéantir l'autorité et le titre de l'évêque catholique, à faire déclarer nulle la seule ordonnance qui eut reconnu cette autorité, et à prétendre faussement que même avant la conquête, l'évêque de Québec n'avait pas droit d'ériger de paroisses dans son diocèse. Ces avancés répétés dans les cours avaient été artificieusement répandus dans les papiers publics.
L'évêque concluait par demander que lui et ses successeurs fussent civilement reconnus pour évêques catholiques de Québec ayant sous leur juridiction épiscopale les catholiques des colonies de l'Amérique britannique du nord; en attendant que par un accord entre Rome et l'Angleterre il fût érigé d'autres évêchés catholiques dans ces contrées, avec tous les droits qu'ils avaient exercés jusqu'à ce jour; qu'aucune paroisse catholique ne pût être érigée sans l'intervention préalable de l'évêque; qu'il fût maintenu dans la possession où il était de proposer aux cures et aux missions catholiques; que la propriété du palais épiscopal lui fût confirmé et qu'il fût autorisé à acquérir à l'avenir. Enfin, sans demander une assignation de revenus, il annonçait que ce serait un avantage pour le gouvernement s'il recevait une gratification, et si le clergé catholique était représenté dans les conseils exécutif et législatif par son chef.
Ces demandes appuyées par le zèle qu'il avait montré de tout temps et qu'il inspirait à tout son clergé pour exciter le peuple à soutenir avec vigueur la cause anglaise dans la guerre avec la république américaine, furent accordées plus tard. Et l'on verra que lorsqu'il passa en Europe pour les affaires de son diocèse, le gouvernement anglais le reçut avec de grands égards, et lui accorda presque tout ce qu'il demandait.
La nécessité où l'Angleterre se trouvait alors, comme elle l'avait été en 75, de prêter une oreille favorable aux Canadiens et d'être juste à leur égard, ne devrait pas être perdue pour elle; car sa situation devient de jour en jour plus difficile à mesure que les Etats-Unis et ses colonies s'accroissent en population, en richesses et en puissance. L'Océan qui sépare les deux mondes est une barrière naturelle beaucoup plus forte que la limite qui sépare le Canada de la république voisine et, l'on s'en apercevra un jour.
La nationalité des Canadiens donne encore de la force à cette limite et la guerre dont nous allons nous occuper le prouva. On en appela à leurs institutions et à leurs autels pour exciter leur zèle, et cet appel du représentant de l'Angleterre à la défense de son empire au cri si saint pour eux de leur religion et de leurs lois, était un engagement d'honneur d'autant plus sacré qu'il était pris au moment du danger.
Les Canadiens ne demandèrent pas d'autre garantie, pour courir aux armes. Ce que sir George Prévost donna à entendre à leurs représentans et à leur clergé, fut interprété de la manière la plus généreuse; tout le monde songea à faire son devoir, et l'ennemi put se convaincre que la défection qu'il attendait ne se réaliserait point.
Le gouverneur dirigea les troupes vers les frontières et confia la garde de Québec, la clef du pays, aux milices représentées peu de temps auparavant comme rebelles ou comme animées de dispositions fort suspectes. Les patriotes Bédard et autres furent rétablis dans leur grade militaire avec ostentation par un ordre du jour.