De l'amphithéâtre du Jardin des Plantes, l'École normale, réorganisée en 1808, fut transférée rue des Postes, puis au Collége du Plessis, rue Saint-Jacques, et enfin rue d'Ulm.
L'abbé Sicard fut également admis, à l'occasion de la création de l'Institut de France, à faire partie, avec Garat, de la section de grammaire générale, à la même époque où le Directoire nommait dans la section de poésie Chénier et Lebrun.
Plus tard, quand vint l'arrêté consulaire de réorganisation de l'an XI, il fut désigné pour la classe de littérature avec Andrieux, François de Neufchâteau, Collin d'Harleville, Legouvé, Arnault, Fontanes et autres contemporains illustres.
Pour défendre la cause des prêtres insermentés, il coopéra activement aux Annales religieuses, politiques et littéraires. Toutefois, désormais prudent et circonspect, il se contenta d'y insérer quelques articles signés tantôt de son nom, tantôt de son anagramme Dracis. La publication d'une feuille conçue dans cet esprit ne pouvait passer inaperçue sous le Directoire: un arrêté du 18 fructidor an V (5 septembre 1797) l'inscrivit sur la liste des journalistes qui devaient être déportés à Sinamari. Heureusement, il évita le coup qui le menaçait en se réfugiant dans le faubourg Saint-Marceau.
Là, il employa plus de deux ans à composer sa Grammaire générale et son Cours d'instruction d'un sourd-muet de naissance.
Jean Massieu, cinquième sourd-muet de naissance dans la même famille, offrit plusieurs fois à son maître de partager ses modiques honoraires.
«Mon père n'a rien, répétait-il en ses gestes rapides, c'est à moi de le nourrir, de le vêtir, de le soustraire au sort cruel qui le poursuit.»
L'abbé Sicard, las de languir dans la retraite, et désireux de reprendre ses travaux favoris, chercha à se laver de l'accusation d'ultramontanisme, qui pesait sur lui, quoiqu'il ne fît que partager au fond les doctrines de Port-Royal. Mais en vain protesta-t-il hautement de sa soumission au nouveau gouvernement de la France.
Ne pouvant rien obtenir, il se décida à consigner, dans l'Ami des lois, feuille publiée par l'ex-bénédictin Paultier, membre du Conseil des Cinq-Cents, un désaveu formel de la part qu'il avait prise aux Annales catholiques. Cette protestation, jointe aux supplications de ses élèves pour ravoir leur maître, et aux sollicitations d'amis dévoués pour qu'il fût réintégré dans ses fonctions, échouèrent devant l'inflexibilité d'un pouvoir ombrageux et la persistance du nommé Alhoy[9] à se maintenir à sa place.
Deux ans plus tard seulement, après la révolution du 18 brumaire an VIII (9 novembre 1799), l'abbé Sicard fut rendu à ses fonctions.