L'auteur se demande quelle sera la bonne méthode, l'ontologique ou la psychologique?
La première convenait à l'enfance des sociétés, quand l'homme portait son attention vers le monde extérieur. Mais à présent qu'il la replie sur lui-même nous croyons la seconde plus scientifique et Bouvard et Pécuchet se décidèrent pour elle.
Le but de la psychologie est d'étudier les faits qui se passent au sein du moi; on les découvre en observant.
—Observons! Et pendant quinze jours, après le déjeuner habituellement, ils cherchaient dans leur conscience, au hasard—espérant y faire de grandes découvertes, et n'en firent aucune—ce qui les étonna beaucoup.
Un phénomène occupe le moi, à savoir l'idée. De quelle nature est-elle? On a supposé que les objets se mirent dans le cerveau; et le cerveau envoie ces images à notre esprit, qui nous en donne la connaissance.
Mais si l'idée est spirituelle, comment représenter la matière? De là scepticisme quant aux perceptions externes. Si elle est matérielle, les objets spirituels ne seraient pas représentés? De là scepticisme en fait de notions internes. D'ailleurs qu'on y prenne garde! cette hypothèse nous mènerait à l'athéisme! car une image étant une chose finie, il lui est impossible de représenter l'infini.
—Cependant objecta Bouvard quand je songe à une forêt, à une personne, à un chien, je vois cette forêt, cette personne, ce chien. Donc les idées les représentent.
Et ils abordèrent l'origine des idées.
D'après Locke, il y en a deux, la sensation, la réflexion—Condillac réduit tout à la sensation.
Mais alors, la réflexion manquera de base. Elle a besoin d'un sujet, d'un être sentant; et elle est impuissante à nous fournir les grandes vérités fondamentales: Dieu, le mérite et le démérite, le juste, le beau, etc., notions qu'on nomme innées, c'est-à-dire antérieures à l'Expérience et universelles.