Saint Aubert remplaça les ermites de l'abbaye de Mandane par douze chanoines, et détacha de son propre patrimoine les villages d'Huysnes et de Genest, pour les ériger en dotation de la nouvelle communauté. Le bruit s'étant répandu que des miracles se produisaient en cet endroit, les pèlerins y accoururent en foule, apportant aux chanoines leurs offrandes, qui servirent à développer les constructions de l'abbaye. Les monarques ne dédaignèrent pas de suivre la foule, et le Mont reçut la visite de Childebert II, de Charlemagne, dont un ancien roman de chevalerie dit:
Au Mont s'en va le bon roy de saison,
A Saint-Michel faire son oraison.
de Robert le Diable, de saint Louis, Louis XI, François Ier, etc.
Par sa position, le Mont devint bientôt un lieu de refuge pour les populations de la Neustrie occidentale que les ravages des Normands refoulaient dans les endroits inaccessibles. Ce furent les premières origines du bourg établi au pied du rocher, vers la fin du IXe siècle.
Le contact de ces nouveaux habitants ayant apporté quelque relâchement dans la vie cénobitique des chanoines, le duc de Normandie, Richard Ier dit Sans-Peur, fils de Guillaume Longue-Epée, fit abattre l'oratoire de saint Aubert et construire, à sa place, en 963, sur le faîte même de la pyramide de granit, une vaste église entourée de bâtiments spacieux. Puis, dans une charte qu'il fit ratifier par le roi Lothaire et par une bulle du pape Jean XIII, il y établit des moines bénédictins du Mont-Cassin, déclara l'abbé électif par ses religieux, et l'investit de la pleine et entière juridiction temporelle sur les habitants du Mont.
De 1017 à 1023, Richard II, fils du précédent, fait jeter les fondements d'un édifice plus vaste encore. D'épaisses voûtes, audacieusement élevées à l'est, au sud et à l'ouest de la cime du rocher, en élargissent la surface. Ces constructions souterraines, qui supportent la masse de l'église, existent encore aujourd'hui. Leur partie la plus remarquable est celle connue sous le nom de voûte des Gros-Piliers. C'est le reste de construction le plus ancien qui subsiste au Mont.
Depuis cette époque, il semble que la principale préoccupation des abbés, presque tous hommes des plus remarquables, ait été d'élever lentement, à travers les siècles, l'édifice que nous admirons aujourd'hui. Bernard le Vénérable fit même construire en 1197, au sommet du rocher de Tombelaine, une belle chapelle et des lieux réguliers, avec un jardin, une citerne et toutes choses nécessaires pour une communauté de dix ou douze religieux qu'il y entretenait sous l'autorité d'un prieur ou prévôt. Ce prieuré était très fréquenté et une forteresse fut bâtie à proximité par Philippe-Auguste. Au temps de la guerre de Cent Ans, une poignée de braves y abrita, de 1418 à 1444, les lys étouffés ailleurs par les Anglais. Quoi qu'ils fissent durant vingt-six années, Saint-Michel resta terre française et le flot de l'invasion se brisa contre ses remparts. Il n'y a pas, dans les annales des sièges, exemple d'une résistance aussi longue que celle qu'opposèrent aux Anglais quelques gentilshommes normands ou bretons groupés. Pour demeurer fidèles au roi, ils souffrirent la ruine et bravèrent la mort pendant un quart de siècle. Cet épisode de notre histoire étant assez peu connu, je le retracerai d'après un résumé publié par le général baron Rebillot dans la Revue du T.C.F. «Durant cette lutte si longue, la garnison de la forteresse, plus ou moins étroitement bloquée, subit les vicissitudes de la lutte poursuivie par ailleurs, et son effectif ne dépassa pas deux cents gentilshommes avec leur suite d'écuyers. Le premier qui dirigea la lutte fut un jeune homme de vingt-quatre ans nommé Jean d'Harcourt; il fut nommé capitaine du Mont en 1420, et infligea aux envahisseurs deux sanglants échecs, l'un à Montaigu dans l'Avranchin, l'autre à Bressinières dans le Maine. Il périt en 1424 à la bataille de Verneuil. Son successeur fut le bâtard d'Orléans qui transmit le commandement qu'il ne pouvait exercer en personne, à l'un des plus puissants barons du Cotentin, Paynel ou Pesnel, seigneur de Bricqueville, dont la tâche fut des plus ardues. Assailli à la fois par terre et par mer, il parvint à repousser l'assaut donné au Mont par l'amiral de Normandie. L'année suivante, le successeur de Pesnel fut battu et emmené prisonnier. Les Anglais revinrent à la charge avec vingt navires, mais, à leur tour, ils furent repoussés, grâce à messire Louis d'Estouteville, seigneur d'Auzebosc et gendre du baron de Bricqueville, qui, au dire des chroniqueurs du temps, fut le plus ferme soutien de la forteresse attaquée.
Tandis qu'autour de l'indolent roi de Bourges, Charles VII, s'entrecroisaient des intrigues que l'histoire a fait connaître, la garnison du Mont Saint-Michel, sous la direction de son nouveau chef qui sut s'imposer par l'ascendant de son mérite, donnait à la France envahie un admirable et réconfortant spectacle.