Cependant Héloïse, élue par ses compagnes prieure de l'abbaye, est expulsée avec ses religieuses de la maison d'Argenteuil. Elles errent de village en village, réduites à implorer la charité publique.
Abailard apprend ce nouveau malheur; il va au-devant d'Héloïse, et après douze ans d'absence et d'infortune, ils se rencontrent sur le chemin de l'exil et de la pauvreté. Abailard conduit Héloïse et ses compagnes dans son nouveau séjour, dont il leur fait l'abandon, et leur apprend qu'il se nomme le Paraclet, ou le consolateur.
Peu après, Abailard reçut des députés du monastère de Saint-Gildas, qui lui apprirent que leur chapitre l'avait élu abbé de cette maison. Les moines de Saint-Gildas vivaient dans le désordre et les excès les plus scandaleux. Abailard réforma leurs mœurs, et il s'attira leur haine. On prépara plus d'une fois contre lui le fer et le poison. Les moines allèrent même jusqu'à empoisonner le vin du calice dont le malheureux Abailard devait se servir dans la célébration des mystères, et plusieurs fois ils armèrent contre lui des assassins. Leurs complots furent découverts: les plus criminels furent dégradés; mais ils parvinrent à corrompre les autres, et tous ensemble, le poignard à la main, ils entrèrent dans la chambre d'Abailard, qui n'échappa à leur rage que par miracle. Enfin, ses derniers écrits ayant été dénoncés au pape, le souverain pontife les fit brûler, et donna l'ordre d'emprisonner leur auteur.
Abailard vint, en cette extrémité, demander un asyle au monastère de Cluny, où il trouva des consolations et un appui dans les bras de Pierre-le-Vénérable. Un ami d'Abailard, que le sort n'avait pas non plus épargné, lui ayant écrit pour épancher ses douleurs et lui demander des conseils, l'amant d'Héloïse ne crut pas pouvoir mieux faire que de lui adresser le récit fidèle de ses maux. Cette lettre touchante parvint jusqu'à la tendre Héloïse, dont les chagrins, les larmes et l'absence n'avaient pas diminué la constance et l'amour. Ce fut alors qu'elle écrivit à Abailard ces lettres latines dont nous avons parlé, modèle de sentiment et de chaleur.
Dans ces lettres éloquentes et passionnées, Héloïse fait l'aveu de la persévérance opiniâtre de son amour, de ses désirs, des premiers feux de sa tendresse. «Le souvenir, écrit-elle à Abailard, le souvenir de ces plaisirs délicieux auxquels nous nous abandonnâmes l'un et l'autre est si présent à ma mémoire, que je ne puis l'en écarter un seul instant; partout il me suit, il m'obsède, et la nuit il revient troubler mon sommeil avec des illusions et des songes. Au milieu des solennités et des mystères de l'Église, alors que la prière doit être plus pure, que l'âme, plus dégagée de la terre, doit, libre de ses liens, s'élancer vers l'Éternel, ces désirs séditieux me captivent tout entière; je n'entends plus la pieuse oraison et les hymnes des chœurs sacrés; je ne vois plus les feux de l'autel, ni l'encens qui fume autour de moi; épouse adultère de Jésus-Christ, loin de gémir sur ma faute, j'ose regretter de ne pouvoir plus en commettre.»
Après de nouveaux malheurs, Abailard mourut dans l'abbaye de Saint-Marcel, âgé de soixante-trois ans. Héloïse était séparée de lui depuis vingt ans, et pourtant cette nouvelle la plongea dans un affreux désespoir. Le corps d'Abailard fut reçu au Paraclet au son des instrumens religieux et des chants lugubres d'un clergé nombreux. Héloïse resta évanouie une journée entière, et elle ne recouvra ses sens que pour tomber dans une morne stupeur. Dès lors, et jusqu'à la fin de sa vie, une pâleur mortelle couvrit ses traits, et elle ne sortait de son appartement que pour aller gémir sur la tombe de son cher Abailard, ou prier pour lui aux autels. Elle s'éteignit ainsi dans les pleurs, et les derniers mots qui sortirent de sa bouche furent pour supplier ses compagnes de l'inhumer avec son époux. Il existe une tradition merveilleuse, fondée sur la constance inaltérable de ces deux amans, qui rapporte qu'Abailard parut se ranimer au moment où l'on ouvrit sa tombe, et qu'il ouvrit les bras pour recevoir son Héloïse.
Le lecteur nous pardonnera sans doute tous ces détails sur les amours d'Héloïse et d'Abailard, et sur les malheurs qui en furent la suite. Cette marche nous a un peu éloigné du plan que nous nous sommes tracé; mais il nous a semblé que toutes ces circonstances, d'ailleurs si intéressantes, tenaient si étroitement au crime de Fulbert, qu'il était impossible de les en séparer sans atténuer de beaucoup l'impression du récit.