Quelques années auparavant, le parlement avait mis à prix la tête de Coligny. «Il est impossible de savoir, dit Voltaire, s'il est vrai que l'on envoya la tête de l'amiral à Rome. Ce qu'il y a de bien certain, c'est qu'il y a à Rome, dans le Vatican, un tableau où est représenté le massacre de la Saint-Barthélemy avec ces paroles: Le pape approuve la mort de Coligny.»
Le jeune Henri de Navarre, depuis Henri IV, fut épargné, moins par compassion que par politique; il fut retenu prisonnier jusqu'à la mort du roi, comme caution de la soumission des protestans. Quelque temps avant la Saint-Barthélemy, Jeanne d'Albret, mère d'Henri IV, était morte presque subitement. Le bruit courut alors qu'elle avait été empoisonnée par l'odeur d'une paire de gants de senteur, que lui avait vendue Réné, Italien, grand scélérat, et parfumeur attaché à la cour de Catherine de Médicis. Quoique cette opinion ne fût pas ridicule, il paraît qu'elle était fausse. Le corps de la princesse fut ouvert, et les chirurgiens rapportèrent qu'ils n'y avaient point trouvé de marques de poison.
Le massacre de la Saint-Barthélemy ne se borna pas à la ville de Paris. Les mêmes ordres de la cour furent envoyés à tous les gouvernemens des provinces de France. Le massacre s'exécuta dans plusieurs villes, entre autres à Lyon et à Toulouse, où le parti des Guises dominait. Dans cette dernière ville, le 3 septembre, on fit arrêter tous les religionnaires qui n'avaient pas pris la fuite, et on les entassa dans les prisons de la Conciergerie; sur des ordres secrets de la cour, sept à huit assassins, armés de haches et de coutelas, furent introduits dans les prisons, le 4 octobre, avant le lever du soleil, se firent amener, l'un après l'autre, tous les prisonniers qui y étaient rassemblés, et les massacrèrent impitoyablement sur les degrés du palais, au nombre de trois cents environ, parmi lesquels se trouvaient trois conseillers au parlement, deux conseillers au sénéchal et plusieurs autres personnes de distinction. Après cette sanglante exécution, on dépouilla entièrement les cadavres des malheureuses victimes, et on les laissa tout nus pendant deux jours, exposés à la vue du peuple, excepté les trois conseillers au parlement, qui, revêtus de leurs robes rouges, furent pendus à l'ormeau du palais. Deux jours après on creusa des fosses dans la cour de la sénéchaussée, située dans le voisinage, et on y jeta pêle-mêle toutes les victimes, après qu'on eut saccagé leurs maisons et celles des autres religionnaires.
Mais, dans un grand nombre de villes, les chefs catholiques s'opposèrent à l'exécution de ces ordres sanguinaires. Parmi ces hommes courageux, on doit citer le comte de Tende, en Provence; Gordes, de la maison de Simiane, en Dauphiné; Saint-Hérem, en Auvergne; Charni, de la maison de Chabot, en Bourgogne; La Guiche, à Mâcon; le brave d'Ortez, à Bayonne; Villars, consul de Nîmes.
«On attribue communément les forfaits de Catherine de Médicis, dit Saint-Foix, à l'ambition de gouverner, et à l'embarras où elle se trouvait entre les Guises et les chefs du parti calviniste; pour moi, continue-t-il, après avoir lu, examiné et discuté tout ce qui a été écrit pour et contre, je pense que, formée pour brouiller et détruire, il en était de son âme comme d'un être infecté dans son germe, et qui devint un fléau; qu'une autorité sans trouble ne l'eût point flattée; qu'elle ne se plaisait qu'au milieu des orages, et qu'elle aurait semé la discorde et la division dans la cour la plus tranquille et la plus soumise. Rien ne dévoile mieux toute l'horreur de son caractère, que l'éducation de ses enfans. Elle voulait que des combats de coqs, de chiens et d'autres animaux, fussent une de leurs récréations ordinaires. S'il y avait quelque exécution considérable à la Grève, elle les y menait. Et, pour les rendre aussi lascifs que sanguinaires, elle donnait de temps en temps de petites fêtes, où ses filles d'honneur, les cheveux épars, couronnées de fleurs, servaient à table à demi nues. Charles IX, avec le caractère le plus impétueux, avait d'ailleurs de grandes qualités; l'éducation le pervertit entièrement. Papire Masson rapporte qu'un des grands plaisirs de ce prince était de montrer son adresse à abattre d'un seul coup la tête des ânes et des cochons qu'il rencontrait dans son chemin, en allant à la chasse; et qu'un jour, Lansac, un de ses favoris, l'ayant trouvé l'épée à la main contre son mulet, lui demanda gravement: Quelle querelle est donc survenue entre sa majesté très-chrétienne et mon mulet?
«Catherine de Médicis, les Guises, le chancelier de Birague et les Gondis étaient des étrangers qui gouvernaient le royaume: ils formèrent et dirigèrent le complot du massacre de la Saint-Barthélemy. Il me semble, ajoute Saint-Foix, qu'on doit en reprocher un peu moins l'horreur à notre nation, que celle des proscriptions aux Romains; Sylla et Auguste étaient Romains.»
Quoi qu'il en soit, environ soixante-dix mille Français furent égorgés au sein de la capitale, sans compter ceux qui furent assassinés dans les provinces, ceux qui périrent les armes à la main, et les protestans immolés au massacre de Vassy, qui avait été comme le prélude de celui de la Saint-Barthélemy.
Enfin, quoique de fanatiques historiens aient été les apologistes de cette infernale journée, quoiqu'on ait loué à Rome le zèle pieux de Charles IX, et le terrible exemple qu'il avait fait, disait-on, des hérétiques; quoique le cardinal Baronius ait dit que cette action était nécessaire; quoique le parlement de Paris ait ordonné alors une procession annuelle en mémoire de cette exécution; quoique le pape Grégoire XIII (Buoncompagno) ait été transporté de la joie la plus vive lorsqu'il en reçut la nouvelle, et en ait fait rendre grâce à Dieu; il n'en est pas moins vrai qu'aujourd'hui il n'est plus qu'une opinion sur cette infâme journée; on ne se la rappelle qu'avec une horreur profonde; l'on s'indigne, et l'on tremble pour l'humanité, quand on voit la dissimulation, jointe au fanatisme et à la cruauté, produire de si grands attentats.
Cette Saint-Barthélemy, au moyen de laquelle on croyait extirper toutes les causes de troubles, n'eut pas même l'avantage de produire l'effet qu'on s'en était promis. La guerre civile éclata de nouveau avec plus de fureur; les protestans échappés au massacre coururent à la vengeance. Ils combattirent avec ce désespoir qui fait acheter chèrement le triomphe aux vainqueurs.