Le signe marquant la division des deux mondes ne subsiste plus maintenant dans cette église que grâce à la grille qui entoure le chœur et limite les deux zones, celle de Dieu et celle des hommes, dit saint Grégoire de Nazianze, dans un poème cité par l’abbé Thiers.
De son côté, l’abside, qui s’arrondit derrière le sanctuaire et affecte dans la plupart des cathédrales la forme d’un demi-cercle, rappelle la couronne d’épines sur laquelle s’appuya, lorsqu’elle fut sur le gibet, la tête ensanglantée du Christ.
Dans la majeure partie des temples, la chapelle du fond est dédiée à la Vierge, afin d’attester, par cette position même qu’elle occupe, que Marie est le dernier refuge des pécheurs, mais, ici, où tout l’édifice lui est voué, elle n’a pas de chapelle spéciale à la fin du chevet et l’espace qui ne lui est pas consacré est tenu par un oratoire où l’on garde les réserves du Saint-Sacrement.
Si l’abside, située derrière le maître-autel, signifie le douloureux diadème qui ceignit le chef vivant du Christ, l’autel même est sa tête, comme les bras étendus du transept sont ses bras, comme les portes ouvertes au bout des deux allées de ce transept sont les plaies de ses mains, comme les portes du grand porche d’entrée sont les blessures de ses pieds percés de clous.
Enfin si l’on se place dans la nef de Notre-Dame l’on peut remarquer que l’axe du chœur incline légèrement sur la gauche.
Cette inflexion, nous la retrouvons presque partout, à Saint-Ouen et à la cathédrale de Rouen, à Saint-Jean de Poitiers, à Notre-Dame de Chartres et de Reims, à Saint-Gatien de Tours, à Saint-Germain-des-Prés, à Paris, à Saint-Nicolas-du-Port, près de Nancy, dans presque toutes les grandes basiliques du moyen âge.
La répétition constante de cet artifice est donc voulue et elle a sa raison d’être.
Or, jusqu’à présent, il était admis que cette déviation de l’axe du chœur était une allusion à l’attitude de Jésus expirant sur le bois du supplice ; c’était la traduction, en langue architecturale, du passage de l’Evangile selon Saint-Jean : « Et inclinato capite, tradidit spiritum. »
Mais l’Ecole des Chartes, qui est devenue, depuis la mort de Léon Gautier et de Lecoy de La Marche, une sorte d’officine de Juivophiles et de protestants, dont le but semble être de déprécier le moyen âge que ses professeurs de jadis exaltèrent, a tout changé.